seq1 = pF1KB7741.tfa, 1308 bp
seq2 = pF1KB7741/gi568815579f_19577863.tfa (gi568815579f:19577863_19780250), 202388 bp

>pF1KB7741 1308
>gi568815579f:19577863_19780250 (Chr19)

1-130  (100000-100128)   99% ->
131-191  (100864-100924)   100% ->
192-1308  (101319-102435)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACTCAGTGGCCTTTGAGGATGTGGCTGTGAACTTCACCCAGGAGGA
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GGACTCAGTGGCCTTTGAGGATGTGGCTGTGAACTTCACCCAGGAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTGGGCTTTGCTGAGTCCTTCCCAGAAGAATCTCTACAGAGATGTGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 GTGGGCTTTGCTGAGTCCTTCCCAGAAGAATCTCTACAGAGATGTGACGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGAAACCTTCAGGAACCTGGCCTCGGTCG         GAATCCAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100099 TGGAAACCTTCAGGAACCTGGCCTCGGTCGGTA...TAGGAATCCAATGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAAGACCAGGACATTGAGAATCTGTACCAAAACCTGGGGATTAAGCTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100875 AAAGACCAGGACATTGAGAATCTGTACCAAAACCTGGGGATTAAGCTAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192          AAGTCTGGTGGAGAGACTCTGTGGACGTAAAGAAGGGAATG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100925 GTA...TAGAAGTCTGGTGGAGAGACTCTGTGGACGTAAAGAAGGGAATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AACACAGAGAAACTTTCAGCCAGATTCCTGATTGTCACCTGAACAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101360 AACACAGAGAAACTTTCAGCCAGATTCCTGATTGTCACCTGAACAAGAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGTCAAACTGGAGTGAAACCATGCAAATGCAGCGTGTGTGGGAAAGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101410 AGTCAAACTGGAGTGAAACCATGCAAATGCAGCGTGTGTGGGAAAGTCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCTCCGTCATTCATTCCTGGACAGGCACATGAGAGCTCATGCTGGACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101460 CCTCCGTCATTCATTCCTGGACAGGCACATGAGAGCTCATGCTGGACACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AACGATCTGAGTGTGGTGGGGAATGGAGAGAGACGCCCCGTAAACAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101510 AACGATCTGAGTGTGGTGGGGAATGGAGAGAGACGCCCCGTAAACAGAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAACATGGGAAAGCCTCCATTTCCCCCAGTAGTGGTGCACGGCGCACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101560 CAACATGGGAAAGCCTCCATTTCCCCCAGTAGTGGTGCACGGCGCACAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AACACCAACTCGAAAGAGACCTTATGAATGCAAGGTGTGCGGGAAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101610 AACACCAACTCGAAAGAGACCTTATGAATGCAAGGTGTGCGGGAAAGCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TTAATTCTCCCAATTTATTTCAAATCCATCAAAGAACTCACACTGGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101660 TTAATTCTCCCAATTTATTTCAAATCCATCAAAGAACTCACACTGGAAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AGGTCCTATAAATGTAGGGAAATAGTGAGAGCCTTCACAGTTTCCAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101710 AGGTCCTATAAATGTAGGGAAATAGTGAGAGCCTTCACAGTTTCCAGTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CTTTCGAAAACATGGAAAAATGCATACTGGAGAAAAACGCTATGAATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101760 CTTTCGAAAACATGGAAAAATGCATACTGGAGAAAAACGCTATGAATGTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AATACTGTGGAAAACCTATCGATTATCCCAGTTTATTTCAAATTCATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101810 AATACTGTGGAAAACCTATCGATTATCCCAGTTTATTTCAAATTCATGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 AGAACTCACACTGGAGAAAAACCTTACAAATGTAAACAATGTGGTAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101860 AGAACTCACACTGGAGAAAAACCTTACAAATGTAAACAATGTGGTAAAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CTTCATTTCCGCAGGTTACCTTCGGACACATGAAATCAGATCTCACGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101910 CTTCATTTCCGCAGGTTACCTTCGGACACATGAAATCAGATCTCACGCGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TGGAGAAATCCCACCAATGTCAGGAATGTGGAAAAAAACTCAGTTGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 101960 TGGAGAAATCCCACCAATGTCAGGAATGTGGGAAAAAACTCAGTTGTTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 AGTTCCCTTCACAGACATGAAAGAACTCATAGTGGAGGAAAACTCTACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102010 AGTTCCCTTCACAGACATGAAAGAACTCATAGTGGAGGAAAACTCTACGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 ATGTCAAAAATGTGCCAAAGTCTTTAGATGTCCCACGTCCCTTCAAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102060 ATGTCAAAAATGTGCCAAAGTCTTTAGATGTCCCACGTCCCTTCAAGCAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 ATGAAAGAGCTCACACTGGAGAAAGACCTTATGAATGTAATAAATGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102110 ATGAAAGAGCTCACACTGGAGAAAGACCTTATGAATGTAATAAATGTGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 AAAACCTTCAATTATCCCAGTTGTTTTCGAAGACATAAAAAAACTCATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102160 AAAACCTTCAATTATCCCAGTTGTTTTCGAAGACATAAAAAAACTCATAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 TGGAGAAAAGCCATATGAATGTACAAGGTGTGGTAAAGCCTTTGGGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102210 TGGAGAAAAGCCATATGAATGTACAAGGTGTGGTAAAGCCTTTGGGTGGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 GCAGTTCCCTCCGAAGACATGAAATGACTCACACTGGAGAAAAACCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102260 GCAGTTCCCTCCGAAGACATGAAATGACTCACACTGGAGAAAAACCCTTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 GATTGTAAACAGTGTGGTAAAGTCTTTACTTTTTCAAATTACCTTAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102310 GATTGTAAACAGTGTGGTAAAGTCTTTACTTTTTCAAATTACCTTAGACT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 TCATGAAAGAACTCATTTGGCCGGGCGTAGCCAGTGCTTTGGCAGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102360 TCATGAAAGAACTCATTTGGCCGGGCGTAGCCAGTGCTTTGGCAGGAGGC

   1300     .    :    .    :    .
   1283 AGGGGGATCACCTGAGCCCAGGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||
 102410 AGGGGGATCACCTGAGCCCAGGAGTT