seq1 = pF1KB7740.tfa, 1446 bp
seq2 = pF1KB7740/gi568815586f_100403388.tfa (gi568815586f:100403388_100663486), 260099 bp

>pF1KB7740 1446
>gi568815586f:100403388_100663486 (Chr12)

1-109  (100001-100109)   100% ->
110-475  (107391-107756)   100% ->
476-616  (129071-129211)   100% ->
617-750  (131503-131636)   100% ->
751-849  (133125-133223)   100% ->
850-949  (133561-133660)   100% ->
950-1096  (137285-137431)   100% ->
1097-1210  (158498-158611)   100% ->
1211-1446  (159864-160099)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTAATGCAGTTTCAGGGGTTAGAAAATCCAATTCAAATTAGTCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTAATGCAGTTTCAGGGGTTAGAAAATCCAATTCAAATTAGTCCTCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGCAGCTGTACGCCGTCAGGATTTTTCATGGAAATGATGAGTATGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGCAGCTGTACGCCGTCAGGATTTTTCATGGAAATGATGAGTATGAAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGCGAAAG         GTGTTTTAACAGAACAAGTGGCAGGTCCTCTG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCGCGAAAGGTA...CAGGTGTTTTAACAGAACAAGTGGCAGGTCCTCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGACAGAACCTGGAAGTGGAACCATACTCGCAATACAGCAATGTTCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107423 GGACAGAACCTGGAAGTGGAACCATACTCGCAATACAGCAATGTTCAGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCCCCAAGTTCAACCACAGATTTCCTCGTCATCCTATTATTCCAACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107473 TCCCCAAGTTCAACCACAGATTTCCTCGTCATCCTATTATTCCAACCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTTTCTACCCCCAGCAGCCTGAAGAGTGGTACTCTCCTGGAATATATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107523 GTTTCTACCCCCAGCAGCCTGAAGAGTGGTACTCTCCTGGAATATATGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTCAGGCGTATGCCAGCTGAGACTCTCTACCAGGGAGAAACTGAGGTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107573 CTCAGGCGTATGCCAGCTGAGACTCTCTACCAGGGAGAAACTGAGGTAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGAGATGCCTGTAACAAAGAAGCCCCGCATGGGCGCGTCAGCAGGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107623 AGAGATGCCTGTAACAAAGAAGCCCCGCATGGGCGCGTCAGCAGGGAGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCAAAGGGGATGAGCTGTGTGTTGTTTGTGGAGACAGAGCCTCTGGATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107673 TCAAAGGGGATGAGCTGTGTGTTGTTTGTGGAGACAGAGCCTCTGGATAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CACTATAATGCACTGACCTGTGAGGGGTGTAAAG         GTTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 107723 CACTATAATGCACTGACCTGTGAGGGGTGTAAAGGTA...CAGGTTTCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CAGGAGAAGCATTACCAAAAACGCTGTGTACAAGTGTAAAAACGGGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129078 CAGGAGAAGCATTACCAAAAACGCTGTGTACAAGTGTAAAAACGGGGGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACTGTGTGATGGATATGTACATGCGAAGAAAGTGTCAAGAGTGTCGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129128 ACTGTGTGATGGATATGTACATGCGAAGAAAGTGTCAAGAGTGTCGACTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AGGAAATGCAAAGAGATGGGAATGTTGGCTGAAT         GCTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 129178 AGGAAATGCAAAGAGATGGGAATGTTGGCTGAATGTA...TAGGCTTGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AACTGAAATTCAGTGTAAATCTAAGCGACTGAGAAAAAATGTGAAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131510 AACTGAAATTCAGTGTAAATCTAAGCGACTGAGAAAAAATGTGAAGCAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ATGCAGATCAGACCGTGAATGAAGACAGTGAAGGTCGTGACTTGCGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131560 ATGCAGATCAGACCGTGAATGAAGACAGTGAAGGTCGTGACTTGCGACAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GTGACCTCGACAACAAAGTCATGCAGG         GAGAAAACTGAACT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 131610 GTGACCTCGACAACAAAGTCATGCAGGGTA...TAGGAGAAAACTGAACT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CACCCCAGATCAACAGACTCTTCTACATTTTATTATGGATTCATATAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133139 CACCCCAGATCAACAGACTCTTCTACATTTTATTATGGATTCATATAACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AACAGAGGATGCCTCAGGAAATAACAAATAAAATT         TTAAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 133189 AACAGAGGATGCCTCAGGAAATAACAAATAAAATTGTA...TAGTTAAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GAAGAATTCAGTGCAGAAGAAAATTTTCTCATTTTGACGGAAATGGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133567 GAAGAATTCAGTGCAGAAGAAAATTTTCTCATTTTGACGGAAATGGCAAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CAATCATGTACAGGTTCTTGTAGAATTCACAAAAAAGCTACCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 133617 CAATCATGTACAGGTTCTTGTAGAATTCACAAAAAAGCTACCAGGTA...

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    950    GATTTCAGACTTTGGACCATGAAGACCAGATTGCTTTGCTGAAAGGG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137282 TAGGATTTCAGACTTTGGACCATGAAGACCAGATTGCTTTGCTGAAAGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TCTGCGGTTGAAGCTATGTTCCTTCGTTCAGCTGAGATTTTCAATAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137332 TCTGCGGTTGAAGCTATGTTCCTTCGTTCAGCTGAGATTTTCAATAAGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 ACTTCCGTCTGGGCATTCTGACCTATTGGAAGAAAGAATTCGAAATAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137382 ACTTCCGTCTGGGCATTCTGACCTATTGGAAGAAAGAATTCGAAATAGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097          GTATCTCTGATGAATATATAACACCTATGTTTAGTTTTTAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137432 GTA...CAGGTATCTCTGATGAATATATAACACCTATGTTTAGTTTTTAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 AAAAGTATTGGGGAACTGAAAATGACTCAAGAGGAGTATGCTCTGCTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158539 AAAAGTATTGGGGAACTGAAAATGACTCAAGAGGAGTATGCTCTGCTTAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 AGCAATTGTTATCCTGTCTCCAG         ATAGACAATACATAAAGG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 158589 AGCAATTGTTATCCTGTCTCCAGGTA...CAGATAGACAATACATAAAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 ATAGAGAGGCAGTAGAGAAGCTTCAGGAGCCACTTCTTGATGTGCTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159882 ATAGAGAGGCAGTAGAGAAGCTTCAGGAGCCACTTCTTGATGTGCTACAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 AAGTTGTGTAAGATTCACCAGCCTGAAAATCCTCAACACTTTGCCTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159932 AAGTTGTGTAAGATTCACCAGCCTGAAAATCCTCAACACTTTGCCTGTCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CCTGGGTCGCCTGACTGAATTACGGACATTCAATCATCACCACGCTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159982 CCTGGGTCGCCTGACTGAATTACGGACATTCAATCATCACCACGCTGAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TGCTGATGTCATGGAGAGTAAACGACCACAAGTTTACCCCACTTCTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160032 TGCTGATGTCATGGAGAGTAAACGACCACAAGTTTACCCCACTTCTCTGT

   1500     .    :    .
   1429 GAAATCTGGGACGTGCAG
        ||||||||||||||||||
 160082 GAAATCTGGGACGTGCAG