seq1 = pF1KB7733.tfa, 1299 bp
seq2 = pF1KB7733/gi568815579f_57576146.tfa (gi568815579f:57576146_57778902), 202757 bp

>pF1KB7733 1299
>gi568815579f:57576146_57778902 (Chr19)

1-396  (100001-100396)   100% ->
397-562  (101769-101934)   100% ->
563-1299  (102021-102757)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTTTAGATCTAAGAACCATATTTCAGTGTGAACCATCCGAGAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTTTAGATCTAAGAACCATATTTCAGTGTGAACCATCCGAGAATAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTTGGATCAGAAAATTCAGCGTTTCAACAAAGCCAAGGACCTGCTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTTGGATCAGAAAATTCAGCGTTTCAACAAAGCCAAGGACCTGCTGTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGAGAGAAGAAGGGATTTCTGAGTTCTCAAGAATGGTGCTCAATTCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGAGAGAAGAAGGGATTTCTGAGTTCTCAAGAATGGTGCTCAATTCATTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAAGACAGCAATAATTCATATGCAAGGCAGGAATTGCAAAGACTTTATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAAGACAGCAATAATTCATATGCAAGGCAGGAATTGCAAAGACTTTATAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GATCTTTCACTCATGGCTGCAACCAGAAAAGCACAGCAAGGATGAAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GATCTTTCACTCATGGCTGCAACCAGAAAAGCACAGCAAGGATGAAATTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTTCTCTATTAGTCCTGGAGCAGTTTATGATTGGTGGCCACTGCAATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTTCTCTATTAGTCCTGGAGCAGTTTATGATTGGTGGCCACTGCAATGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AAAGCCAGTGTGAAAGAGAAATGGAAATCAAGTGGCAAAAACTTGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AAAGCCAGTGTGAAAGAGAAATGGAAATCAAGTGGCAAAAACTTGGAGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ATTCATAGAAGACCTGACTGATGACAGCATAAATCCACCTGCCTTA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100351 ATTCATAGAAGACCTGACTGATGACAGCATAAATCCACCTGCCTTAGTG.

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    397      GTCCACGTCCACATGCAGGGACAGGAAGCTCTCTTTTCTGAGGAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ..CAGGTCCACGTCCACATGCAGGGACAGGAAGCTCTCTTTTCTGAGGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ATGCCCTTAAGAGATGTCATTGTTCATCTCACAAAACAAGTGAATGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101814 ATGCCCTTAAGAGATGTCATTGTTCATCTCACAAAACAAGTGAATGCCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AACCACAAGAGAAGCAAACATGGGGACACCCTCCCAGACTTCCCAAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101864 AACCACAAGAGAAGCAAACATGGGGACACCCTCCCAGACTTCCCAAGATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CTTCCTTAGAAACAGGACAAG         GATATGAAGATGAACAAGAT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 101914 CTTCCTTAGAAACAGGACAAGGTA...CAGGATATGAAGATGAACAAGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GGCTGGAACAGTTCTTCGAAAACTACTCGAGTAAATGAAAATATTACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102041 GGCTGGAACAGTTCTTCGAAAACTACTCGAGTAAATGAAAATATTACTAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TCAAGGCAATCAAATAGTTTCCCTAATCATCATCCAGGAAGAGAACGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102091 TCAAGGCAATCAAATAGTTTCCCTAATCATCATCCAGGAAGAGAACGGTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CTAGGCCTGAAGAGGGAGGTGTTTCTTCTGACAACCCATACAACTCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102141 CTAGGCCTGAAGAGGGAGGTGTTTCTTCTGACAACCCATACAACTCAAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 AGAGCAGAGCTAGTCACTGCTAGATCTCAGGAAGGGTCCATAAATGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102191 AGAGCAGAGCTAGTCACTGCTAGATCTCAGGAAGGGTCCATAAATGGAAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CACTTTCCAAGGTGTCCCTATGGTGATGGGAGCAGGGTGTATCTCTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102241 CACTTTCCAAGGTGTCCCTATGGTGATGGGAGCAGGGTGTATCTCTCAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 CAGAGCAGTCCTCCCCTGAGTCTGCCCTTACCCACCAGAGCAATGAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102291 CAGAGCAGTCCTCCCCTGAGTCTGCCCTTACCCACCAGAGCAATGAGGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 AATTCCACATGTGAGGTACATCAGAAAGGATCCCATGGAGTCCAAAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102341 AATTCCACATGTGAGGTACATCAGAAAGGATCCCATGGAGTCCAAAAATC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 ATACAAATGTGAAGAATGCCCCAAGGTCTTTAAGTATCTCTGTCACTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102391 ATACAAATGTGAAGAATGCCCCAAGGTCTTTAAGTATCTCTGTCACTTAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 TAGCTCACCAGAGAAGACACAGGAATGAGAGGCCATTTGTTTGTCCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102441 TAGCTCACCAGAGAAGACACAGGAATGAGAGGCCATTTGTTTGTCCCGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 TGTCAAAAAGGCTTCTTCCAGATATCAGACCTACGGGTGCATCAGATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102491 TGTCAAAAAGGCTTCTTCCAGATATCAGACCTACGGGTGCATCAGATAAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 TCACACAGGAAAGAAGCCTTTCACATGCAGCATGTGTAAAAAGTCCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102541 TCACACAGGAAAGAAGCCTTTCACATGCAGCATGTGTAAAAAGTCCTTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 GCCACAAAACCAACCTGCGGTCTCATGAGAGAATCCACACAGGAGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102591 GCCACAAAACCAACCTGCGGTCTCATGAGAGAATCCACACAGGAGAAAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 CCTTATACATGTCCCTTTTGTAAGACAAGCTACCGCCAGTCATCCACATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102641 CCTTATACATGTCCCTTTTGTAAGACAAGCTACCGCCAGTCATCCACATA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 CCACCGCCATATGAGGACTCATGAGAAAATTACCCTGCCAAGTGTTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102691 CCACCGCCATATGAGGACTCATGAGAAAATTACCCTGCCAAGTGTTCCCT

   1300     .    :    .
   1283 CCACACCAGAAGCTTCC
        |||||||||||||||||
 102741 CCACACCAGAAGCTTCC