seq1 = pF1KB7732.tfa, 1446 bp
seq2 = pF1KB7732/gi568815579f_43960453.tfa (gi568815579f:43960453_44167274), 206822 bp

>pF1KB7732 1446
>gi568815579f:43960453_44167274 (Chr19)

8-142  (99998-100129)   97% ->
143-235  (100297-100389)   98% ->
236-1446  (105612-106822)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      8 TGTCCAAGGAGGCAGTGACCTTCAAGGATGTGGCAGTGGTCTTCACTGAG
        |||--|-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99998 TGT  A GGAGGCAGTGACCTTCAAGGATGTGGCAGTGGTCTTCACTGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     58 GAGGAGCTGGGGCTGCTGGACCTTGCCCAGAGGAAGCTGTATCGAGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100045 GAGGAGCTGGGGCTGCTGGACCTTGCCCAGAGGAAGCTGTATCGAGATGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    108 GATGCTGGAGAACTTCAGGAACCTGCTGTCAGTGG         GGCATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100095 GATGCTGGAGAACTTCAGGAACCTGCTGTCAGTGGGTG...CAGGGCATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    149 AACCATTCCACCGAGATACTTTCCACTTTCTAAGGGAGGAAAAGTTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100303 AACCATTCCACCGAGATACTTTCCACTTTCTAAGGGAGGAAAAGTTTTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    199 ATGATGGATATAGCAACCCAAAGAGAAGGGAATTCAG         GAGG
        ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||>>>...>>>||||
 100353 ATGATGGATATAGCAACCCAAAGGGAAGGGAATTCAGGTA...TAGGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    240 CAAGATCCAACCTGAGATGAAGACTTTTCCAGAAGCAGGACCACATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105616 CAAGATCCAACCTGAGATGAAGACTTTTCCAGAAGCAGGACCACATGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    290 GGTGGTCCTGCCAGCAGATCTGGGAAGAAATTGCAAGTGATTTAACCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105666 GGTGGTCCTGCCAGCAGATCTGGGAAGAAATTGCAAGTGATTTAACCAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    340 CCTCAAGACTCTACCATAAAGAGCTCTCAGTTCTTTGAACAGGGTGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105716 CCTCAAGACTCTACCATAAAGAGCTCTCAGTTCTTTGAACAGGGTGATGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    390 CCACTCCCAGGTTGAGGAAGGACTATCTATAATGCACACAGGACAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105766 CCACTCCCAGGTTGAGGAAGGACTATCTATAATGCACACAGGACAGAAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    440 CTTCCAATTGTGGGAAGTGTAAACAATCCTTCAGTGATATGTCCATCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105816 CTTCCAATTGTGGGAAGTGTAAACAATCCTTCAGTGATATGTCCATCTTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    490 GATCTTCCTCAGCAAATACGCTCAGCAGAGAAGTCTCATTCCTGTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105866 GATCTTCCTCAGCAAATACGCTCAGCAGAGAAGTCTCATTCCTGTGATGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    540 GTGTGGAAAAAGCTTCTGTTACATCTCAGCACTTCATATTCATCAGAGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 105916 GTGTGGAAAAAGCTTCTGTTACATCTCAGCGCTTCATATTCATCAGAGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    590 TCCACCTGGGAGAGAAACTCTTTAAGTGTGACGTGTGTGGTAAGGAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105966 TCCACCTGGGAGAGAAACTCTTTAAGTGTGACGTGTGTGGTAAGGAATTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    640 AGTCAGAGTTTACATCTGCAAACTCATCAGAGAGTCCATACTGGAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106016 AGTCAGAGTTTACATCTGCAAACTCATCAGAGAGTCCATACTGGAGAGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    690 ACCTTTCAAATGTGAACAATGTGGGAGAGGCTTCAGATGTAGATCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106066 ACCTTTCAAATGTGAACAATGTGGGAGAGGCTTCAGATGTAGATCAGCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    740 TTACAGTTCATTGCAAATTACACATGGGAGAGAAACATTATAATTGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106116 TTACAGTTCATTGCAAATTACACATGGGAGAGAAACATTATAATTGTGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    790 GCATGTGGGAGGGCCTTCATTCATGATTTCCAGCTTCAGAAACATCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106166 GCATGTGGGAGGGCCTTCATTCATGATTTCCAGCTTCAGAAACATCAGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    840 AATTCACACAGGGGAGAAGCCATTCAAATGTGAGATATGTAGTGTGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106216 AATTCACACAGGGGAGAAGCCATTCAAATGTGAGATATGTAGTGTGAGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    890 TCCGTCTTAGGTCAAGTCTTAATAGGCATTGTGTGGTCCACACAGGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106266 TCCGTCTTAGGTCAAGTCTTAATAGGCATTGTGTGGTCCACACAGGAAAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    940 AAACCAAACAGCACTGGGGAATATGGAAAAGGCTTCATTCGTAGGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106316 AAACCAAACAGCACTGGGGAATATGGAAAAGGCTTCATTCGTAGGCTGGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    990 TTTGTGTAAGCATCAGACGATCCACACAGGAGAGAAACCATATAATTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106366 TTTGTGTAAGCATCAGACGATCCACACAGGAGAGAAACCATATAATTGTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1040 AAGAATGTGGGAAGAGCTTCAGACGGTCCTCCTATCTTTTGATCCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106416 AAGAATGTGGGAAGAGCTTCAGACGGTCCTCCTATCTTTTGATCCATCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1090 CGAGTCCACACTGGAGAAAAGCCATACAAATGTGACAAGTGTGGGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106466 CGAGTCCACACTGGAGAAAAGCCATACAAATGTGACAAGTGTGGGAAGAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1140 CTACATTACTAAGTCAGGTCTTGACTTGCACCATAGAGCCCACACAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106516 CTACATTACTAAGTCAGGTCTTGACTTGCACCATAGAGCCCACACAGGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1190 AGAGACCTTATAACTGTGATGACTGTGGGAAGAGCTTTAGACAGGCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106566 AGAGACCTTATAACTGTGATGACTGTGGGAAGAGCTTTAGACAGGCCTCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1240 AGTATTTTGAATCATAAGAGACTCCATTGCCGAAAAAAACCATTCAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106616 AGTATTTTGAATCATAAGAGACTCCATTGCCGAAAAAAACCATTCAAATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1290 TGAGGATTGTGGAAAGAAGCTTGTATACCGGTCATACCGTAAAGACCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106666 TGAGGATTGTGGAAAGAAGCTTGTATACCGGTCATACCGTAAAGACCAAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1340 AAAAAAACCACAGTGGAGAAAATCCATCCAAATGTGAAGACTGTGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106716 AAAAAAACCACAGTGGAGAAAATCCATCCAAATGTGAAGACTGTGGGAAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1390 CGCTACAAGAGGCGCTTGAATCTTGATATAATTTTATCATTATTTTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106766 CGCTACAAGAGGCGCTTGAATCTTGATATAATTTTATCATTATTTTTAAA

   1450     .
   1440 TGACACG
        |||||||
 106816 TGACACG