seq1 = pF1KB7730.tfa, 1440 bp
seq2 = pF1KB7730/gi568815595r_128381022.tfa (gi568815595r:128381022_128587031), 206010 bp

>pF1KB7730 1440
>gi568815595r:128381022_128587031 (Chr3)

(complement)

1-229  (100001-100229)   100% ->
230-871  (100664-101305)   100% ->
872-1017  (103027-103172)   100% ->
1018-1143  (105088-105213)   100% ->
1144-1440  (105714-106010)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGTGGCGCCCGAGCAGCCGCGCTGGATGGCGCACCCGGCCGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGTGGCGCCCGAGCAGCCGCGCTGGATGGCGCACCCGGCCGTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAATGCGCAGCACCCCGACTCACACCACCCGGGCCTGGCGCACAACTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAATGCGCAGCACCCCGACTCACACCACCCGGGCCTGGCGCACAACTACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGAACCCGCGCAGCTGCTGCCTCCAGACGAGGTGGACGTCTTCTTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGAACCCGCGCAGCTGCTGCCTCCAGACGAGGTGGACGTCTTCTTCAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CACCTCGACTCGCAGGGCAACCCCTACTATGCCAACCCCGCTCACGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CACCTCGACTCGCAGGGCAACCCCTACTATGCCAACCCCGCTCACGCGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCGCGCGTCTCCTACAGCCCCGCGCACG         CCCGCCTGACCG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100201 GGCGCGCGTCTCCTACAGCCCCGCGCACGGTG...CAGCCCGCCTGACCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GAGGCCAGATGTGCCGCCCACACTTGTTGCACAGCCCGGGTTTGCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100676 GAGGCCAGATGTGCCGCCCACACTTGTTGCACAGCCCGGGTTTGCCCTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGGACGGGGGCAAAGCAGCCCTCTCTGCCGCTGCGGCCCACCACCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100726 CTGGACGGGGGCAAAGCAGCCCTCTCTGCCGCTGCGGCCCACCACCACAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCCCTGGACCGTGAGCCCCTTCTCCAAGACGCCACTGCACCCCTCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100776 CCCCTGGACCGTGAGCCCCTTCTCCAAGACGCCACTGCACCCCTCAGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CTGGAGGCCCTGGAGGCCCACTCTCTGTGTACCCAGGGGCTGGGGGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100826 CTGGAGGCCCTGGAGGCCCACTCTCTGTGTACCCAGGGGCTGGGGGTGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AGCGGGGGAGGCAGCGGGAGCTCAGTGGCCTCCCTCACCCCTACAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100876 AGCGGGGGAGGCAGCGGGAGCTCAGTGGCCTCCCTCACCCCTACAGCAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CCACTCTGGCTCCCACCTTTTCGGCTTCCCACCCACGCCACCCAAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100926 CCACTCTGGCTCCCACCTTTTCGGCTTCCCACCCACGCCACCCAAAGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGTCTCCTGACCCTAGCACCACGGGGGCTGCGTCTCCAGCCTCATCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100976 TGTCTCCTGACCCTAGCACCACGGGGGCTGCGTCTCCAGCCTCATCTTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GCGGGGGGTAGTGCAGCCCGAGGAGAGGACAAGGACGGCGTCAAGTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101026 GCGGGGGGTAGTGCAGCCCGAGGAGAGGACAAGGACGGCGTCAAGTACCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GGTGTCACTGACGGAGAGCATGAAGATGGAAAGTGGCAGTCCCCTGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101076 GGTGTCACTGACGGAGAGCATGAAGATGGAAAGTGGCAGTCCCCTGCGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CAGGCCTAGCTACTATGGGCACCCAGCCTGCTACACACCACCCCATCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101126 CAGGCCTAGCTACTATGGGCACCCAGCCTGCTACACACCACCCCATCCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 ACCTACCCCTCCTATGTGCCGGCGGCTGCCCACGACTACAGCAGCGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101176 ACCTACCCCTCCTATGTGCCGGCGGCTGCCCACGACTACAGCAGCGGACT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CTTCCACCCCGGAGGCTTCCTGGGGGGACCGGCCTCCAGCTTCACCCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101226 CTTCCACCCCGGAGGCTTCCTGGGGGGACCGGCCTCCAGCTTCACCCCTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 AGCAGCGCAGCAAGGCTCGTTCCTGTTCAG         AAGGCCGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 101276 AGCAGCGCAGCAAGGCTCGTTCCTGTTCAGGTA...CAGAAGGCCGGGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 TGTGTCAACTGTGGGGCCACAGCCACCCCTCTCTGGCGGCGGGACGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103038 TGTGTCAACTGTGGGGCCACAGCCACCCCTCTCTGGCGGCGGGACGGCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CGGCCACTACCTGTGCAATGCCTGTGGCCTCTACCACAAGATGAATGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103088 CGGCCACTACCTGTGCAATGCCTGTGGCCTCTACCACAAGATGAATGGGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 AGAACCGACCACTCATCAAGCCCAAGCGAAGACTG         TCGGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 103138 AGAACCGACCACTCATCAAGCCCAAGCGAAGACTGGTA...CAGTCGGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 GCCAGAAGAGCCGGCACCTGTTGTGCAAATTGTCAGACGACAACCACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105094 GCCAGAAGAGCCGGCACCTGTTGTGCAAATTGTCAGACGACAACCACCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CTTATGGCGCCGAAACGCCAACGGGGACCCTGTCTGCAACGCCTGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105144 CTTATGGCGCCGAAACGCCAACGGGGACCCTGTCTGCAACGCCTGTGGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 TCTACTACAAGCTGCACAAT         GTTAACAGGCCACTGACCATG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 105194 TCTACTACAAGCTGCACAATGTG...TAGGTTAACAGGCCACTGACCATG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 AAGAAGGAAGGGATCCAGACTCGGAACCGGAAGATGTCCAACAAGTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105735 AAGAAGGAAGGGATCCAGACTCGGAACCGGAAGATGTCCAACAAGTCCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 GAAGAGCAAGAAAGGGGCGGAGTGCTTCGAGGAGCTGTCAAAGTGCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105785 GAAGAGCAAGAAAGGGGCGGAGTGCTTCGAGGAGCTGTCAAAGTGCATGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 AGGAGAAGTCATCCCCCTTCAGTGCAGCTGCCCTGGCTGGACACATGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105835 AGGAGAAGTCATCCCCCTTCAGTGCAGCTGCCCTGGCTGGACACATGGCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 CCTGTGGGCCACCTCCCGCCCTTCAGCCACTCCGGACACATCCTGCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105885 CCTGTGGGCCACCTCCCGCCCTTCAGCCACTCCGGACACATCCTGCCCAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 TCCGACGCCCATCCACCCCTCCTCCAGCCTCTCCTTCGGCCACCCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105935 TCCGACGCCCATCCACCCCTCCTCCAGCCTCTCCTTCGGCCACCCCCACC

   1450     .    :    .    :    .
   1415 CGTCCAGCATGGTGACCGCCATGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||
 105985 CGTCCAGCATGGTGACCGCCATGGGC