seq1 = pF1KB7729.tfa, 1293 bp
seq2 = pF1KB7729/gi568815596f_48246215.tfa (gi568815596f:48246215_48475440), 229226 bp

>pF1KB7729 1293
>gi568815596f:48246215_48475440 (Chr2)

1-537  (100001-100537)   100% ->
538-638  (112833-112933)   100% ->
639-703  (116429-116493)   100% ->
704-772  (127078-127146)   100% ->
773-1293  (128706-129226)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTCCAGTAATTGGAATGACTCCAGATAAGAGAGCTGAAACCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGTCCAGTAATTGGAATGACTCCAGATAAGAGAGCTGAAACCCCAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCTGAAAAGATTGCAGGATTAAGCCAGATTTACAAAATGGGAAGCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGCTGAAAAGATTGCAGGATTAAGCCAGATTTACAAAATGGGAAGCTTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGAAGCTGTTGATGCTGCCAGGCCGAAGGCCACTCTAGTGGACAGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGAAGCTGTTGATGCTGCCAGGCCGAAGGCCACTCTAGTGGACAGTGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCAGCAGATGATGAACTCACAAACTTGAACTGGCTTCATGAAAGCACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCAGCAGATGATGAACTCACAAACTTGAACTGGCTTCATGAAAGCACTAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCTTCTAACAAACTTCAGCCTCGGAAGTGAGGGTCTTCCAATTGTTAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TCTTCTAACAAACTTCAGCCTCGGAAGTGAGGGTCTTCCAATTGTTAGTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CATTGTATGACATAGAGGGAGATGATGTGCCATCCTTTGGACCAGCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CATTGTATGACATAGAGGGAGATGATGTGCCATCCTTTGGACCAGCTTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TACCAGAACCCAGAAAAAAAATCAGCGACTTCAAAGCCCCCATACTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TACCAGAACCCAGAAAAAAAATCAGCGACTTCAAAGCCCCCATACTCCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TAGTCTTCTCATTTATATGGCCATTGAGCACTCTCCAAATAAATGTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TAGTCTTCTCATTTATATGGCCATTGAGCACTCTCCAAATAAATGTTTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CTGTCAAAGAAATTTATAGCTGGATTCTGGACCATTTTCCATATTTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CTGTCAAAGAAATTTATAGCTGGATTCTGGACCATTTTCCATATTTTGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ACTGCACCAACAGGCTGGAAGAATTCTGTTCGACATAATCTGTCCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ACTGCACCAACAGGCTGGAAGAATTCTGTTCGACATAATCTGTCCCTGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TAAATGTTTTCAGAAAGTGGAAAGAAGCCATGGCAAG         GTTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100501 TAAATGTTTTCAGAAAGTGGAAAGAAGCCATGGCAAGGTC...TAGGTTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ATGGAAAAGGTTCCTTATGGTGTGTTGATCCGGAATATAAACCCAATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112837 ATGGAAAAGGTTCCTTATGGTGTGTTGATCCGGAATATAAACCCAATCTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ATCCAGGCACTGAAGAAGCAACCTTTTTCTTCAGCATCTTCACAAAA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 112887 ATCCAGGCACTGAAGAAGCAACCTTTTTCTTCAGCATCTTCACAAAAGTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    639       TGGTTCTTTATCACCTCACTATTTAAGCTCTGTAATCAAGCAGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112937 ...CAGTGGTTCTTTATCACCTCACTATTTAAGCTCTGTAATCAAGCAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 ACCAGGTGCGAAACCTCAAAG         AATCTGATATTGATGCTGCT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 116473 ACCAGGTGCGAAACCTCAAAGGTA...CAGAATCTGATATTGATGCTGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GCTGCAATGATGCTTTTAAATACTTCTATAGAACAAGGAATTTTAGAAT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 127098 GCTGCAATGATGCTTTTAAATACTTCTATAGAACAAGGAATTTTAGAATG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    773         GTGAGAAGCCTCTTCCTCTTAAAACAGCATTGCAAAAAAAGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127148 TA...CAGGTGAGAAGCCTCTTCCTCTTAAAACAGCATTGCAAAAAAAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GGAGTTACGGCAATGCATTTCATCATCCCAGTGCTGTACGATTACAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128748 GGAGTTACGGCAATGCATTTCATCATCCCAGTGCTGTACGATTACAAGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 AGTGATTCTTTAGCCACCAGCATTGATCCAAAAGAAGATCACAATTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128798 AGTGATTCTTTAGCCACCAGCATTGATCCAAAAGAAGATCACAATTACAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TGCAAGTAGCATGGCAGCACAGCGTTGTGCATCCAGGTCTAGCGTGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128848 TGCAAGTAGCATGGCAGCACAGCGTTGTGCATCCAGGTCTAGCGTGTCTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CCCTGTCTTCTGTGGATGAGGTATATGAATTTATCCCAAAGAATAGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128898 CCCTGTCTTCTGTGGATGAGGTATATGAATTTATCCCAAAGAATAGTCAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GTGGGAAGTGATGGCAGTGAAGGATTTCACAGTGAAGAAGATACAGACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128948 GTGGGAAGTGATGGCAGTGAAGGATTTCACAGTGAAGAAGATACAGACGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 TGATTATGAAGATGATCCTCTTGGAGACAGTGGCTATGCATCACAGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128998 TGATTATGAAGATGATCCTCTTGGAGACAGTGGCTATGCATCACAGCCTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 GTGCAAAAATCTCTGAAAAAGGGCAGTCAGGCAAAAAGATGCGAAAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129048 GTGCAAAAATCTCTGAAAAAGGGCAGTCAGGCAAAAAGATGCGAAAACAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 ACATGTCAAGAAATTGATGAGGAGCTCAAAGAGGCAGCTGGATCTCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129098 ACATGTCAAGAAATTGATGAGGAGCTCAAAGAGGCAGCTGGATCTCTGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 CCACCTTGCTGGAATTCGTACATGTTTAGGTTCCCTAATAAGTACTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129148 CCACCTTGCTGGAATTCGTACATGTTTAGGTTCCCTAATAAGTACTGCAA

   1300     .    :    .    :    .
   1265 AGACACAAAATCAAAAGCAACGGAAAAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||
 129198 AGACACAAAATCAAAAGCAACGGAAAAAA