seq1 = pF1KB7725.tfa, 1269 bp
seq2 = pF1KB7725/gi568815579f_6975675.tfa (gi568815579f:6975675_7183741), 208067 bp

>pF1KB7725 1269
>gi568815579f:6975675_7183741 (Chr19)

1-31  (99401-99431)   100% ->
32-99  (100002-100069)   100% ->
100-226  (100707-100833)   100% ->
227-322  (105686-105781)   100% ->
323-405  (106296-106378)   100% ->
406-1269  (107204-108067)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCTGTCGTCCTGCCCCCAACTGCCG         CCTCTCAGCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
  99401 ATGGCGGCTGTCGTCCTGCCCCCAACTGCCGGTG...CAGCCTCTCAGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AGAAGGACACACAGAGGGCGGAGAGCTGGTTAATGAGCTCCTGAAAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100012 AGAAGGACACACAGAGGGCGGAGAGCTGGTTAATGAGCTCCTGAAAAGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGCTAAAG         GGCTTGGTGACCTTTGAGGATGTGGCCGTGGAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100062 GGCTAAAGGTG...TAGGGCTTGGTGACCTTTGAGGATGTGGCCGTGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TTCACCCAGGAGGAGTGGGCATTGCTGGACCCTGCCCAAAGGACACTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100740 TTCACCCAGGAGGAGTGGGCATTGCTGGACCCTGCCCAAAGGACACTGTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAGGGACGTGATGCTGGAGAACTGCAGGAACCTGGCCTCACTGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100790 CAGGGACGTGATGCTGGAGAACTGCAGGAACCTGGCCTCACTGGGTA...

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    227    GGAACCAAGTTGATAAACCTAGGCTGATCTCCCAGCTGGAGCAAGAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105683 CAGGGAACCAAGTTGATAAACCTAGGCTGATCTCCCAGCTGGAGCAAGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GATAAAGTGATGACAGAAGAGAGAGGAATTCTCTCAGGTACCTGTCCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 105733 GATAAAGTGATGACAGAAGAGAGAGGAATTCTCTCAGGTACCTGTCCAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    323         ATGTGGAGAATCCATTTAAAGCCAAAGGGTTAACTCCTAAGC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105783 TG...CAGATGTGGAGAATCCATTTAAAGCCAAAGGGTTAACTCCTAAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TGCATGTTTTTCGAAAAGAACAATCTAGAAATATGAAAATG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 106338 TGCATGTTTTTCGAAAAGAACAATCTAGAAATATGAAAATGGTA...TAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GAGAGGAATCATCTTGGAGCAACACTCAACGAATGTAATCAGTGTTTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107204 GAGAGGAATCATCTTGGAGCAACACTCAACGAATGTAATCAGTGTTTTAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AGTCTTCAGCACAAAATCTTCCCTTACACGGCACAGGAAGATTCATACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107254 AGTCTTCAGCACAAAATCTTCCCTTACACGGCACAGGAAGATTCATACTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GAGAAAGACCCTATGGCTGCAGTGAATGTGGGAAATCCTACAGCAGTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107304 GAGAAAGACCCTATGGCTGCAGTGAATGTGGGAAATCCTACAGCAGTAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TCTTACCTTGCTGTTCATAAGAGAATCCACAATGGGGAGAAACCCTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107354 TCTTACCTTGCTGTTCATAAGAGAATCCACAATGGGGAGAAACCCTATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 ATGCAATGACTGTGGGAAAACCTTCAGCAGCAGATCTTACCTTACTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107404 ATGCAATGACTGTGGGAAAACCTTCAGCAGCAGATCTTACCTTACTGTTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATAAGAGAATCCACAATGGGGAGAAACCCTACGAATGCAGTGACTGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107454 ATAAGAGAATCCACAATGGGGAGAAACCCTACGAATGCAGTGACTGTGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AAAACCTTCAGCAATTCCTCATACCTCAGACCGCACTTGAGAATTCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107504 AAAACCTTCAGCAATTCCTCATACCTCAGACCGCACTTGAGAATTCACAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGGAGAAAAACCGTACAAATGTAACCAGTGTTTTCGTGAGTTCCGCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107554 TGGAGAAAAACCGTACAAATGTAACCAGTGTTTTCGTGAGTTCCGCACTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AGTCAATCTTCACAAGGCACAAGAGAGTTCATACGGGGGAGGGTCATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107604 AGTCAATCTTCACAAGGCACAAGAGAGTTCATACGGGGGAGGGTCATTAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GTATGTAATCAGTGTGGAAAGGCTTTCGGCACGAGGTCATCTCTTTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107654 GTATGTAATCAGTGTGGAAAGGCTTTCGGCACGAGGTCATCTCTTTCTTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GCACTATAGCATTCATACAGGGGAGTACCCTTACGAATGCCACGATTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107704 GCACTATAGCATTCATACAGGGGAGTACCCTTACGAATGCCACGATTGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GGAGAACCTTCAGGAGGAGGTCGAATCTGACACAGCACATAAGAACTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107754 GGAGAACCTTCAGGAGGAGGTCGAATCTGACACAGCACATAAGAACTCAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 ACTGGAGAAAAACCCTACACATGTAATGAGTGTGGGAAATCCTTTACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107804 ACTGGAGAAAAACCCTACACATGTAATGAGTGTGGGAAATCCTTTACCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 TAGCTTTTCTCTTACAATTCACAGGAGAATACATAATGGAGAGAAATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107854 TAGCTTTTCTCTTACAATTCACAGGAGAATACATAATGGAGAGAAATCCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 ATGAGTGCAGTGATTGTGGAAAATCCTTTAATGTTCTCTCGTCCGTTAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 107904 ATGAGTGCAGTGATTGTGGAAAATCCTTTAATGTTCTCTCATCCGTTAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 AAACACATGAGAACTCACACTGGAAAAAAACCCTATGAATGTAATTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107954 AAACACATGAGAACTCACACTGGAAAAAAACCCTATGAATGTAATTATTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 CGGGAAATCCTTCACAAGTAACTCCTACCTTTCTGTGCATACGAGAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108004 CGGGAAATCCTTCACAAGTAACTCCTACCTTTCTGTGCATACGAGAATGC

   1300     .    :
   1256 ATAATAGGCAAATG
        ||||||||||||||
 108054 ATAATAGGCAAATG