seq1 = pF1KB7723.tfa, 1290 bp
seq2 = pF1KB7723/gi568815595f_143076408.tfa (gi568815595f:143076408_143277616), 201209 bp

>pF1KB7723 1290
>gi568815595f:143076408_143277616 (Chr3)

1-1290  (99919-101209)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGAACGGCTACTGGGGCCGCCCCCTCCAGGCGGGGGCC GGGGGG
        |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||-||||||
  99919 ATGGACTAACGGCTACTGGGGCCGCCTCCTCCAGGCGGGGCCCGGGGGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50 GCCTGGGATTGGTGAGTGGGGAGCCTGGGGGCCCTGGCGAGCCTCCCGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
  99969 GCCTGGGATTGGTGAGTGGGGAGCCTGGGGGCCCTGGCGAGCCTCCTGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100 GGCGGAGACCCCGGTGGGGGTAGCGGGGGGGTCCCGGGAGGCCGAGGGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 100019 GGCGGAGACCCCGGTGGGGGTAGCGGGGGGTTCCCGGGAGGCCGAGGGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    150 GCAAGACATCGGGGACATTCTGCAGCAGATAATGACCATCACCGACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100069 GCAAGACATCGGGGACATTCTGCAGCAGATAATGACCATCACCGACCAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    200 GCCTGGACGAGGCCCAGGCCAAGAAACACGCCCTAAACTGCCACCGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100119 GCCTGGACGAGGCCCAGGCCAAGAAACACGCCCTAAACTGCCACCGAATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    250 AAGCCTGCTCTCTTTAGCGTCCTGTGTGAAATCAAGGAGAAAACTGGCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 100169 AAGCCTGCTCTCTTTAGCGTCCTGTGTGAAATCAAGGAGAAAACCGGCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    300 CAGCATTCGGAGCTCCCAGGAGGAGGAGCCGGTGGACCCACAGCTGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100219 CAGCATTCGGAGCTCCCAGGAGGAGGAGCCGGTGGACCCACAGCTGATGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    350 GCTTGGACAACATGCTTCTGGCAGAGGGTGTGGCTGGGCCCGAGAAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100269 GCTTGGACAACATGCTTCTGGCAGAGGGTGTGGCTGGGCCCGAGAAAGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    400 GGCGGCTCAGCAGCAGCAGCTGCAGCCGCTGCAGCCTCTGGTGGTGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 100319 GGCGGCTCAGCAGCAGCAGCTGCAGCCGCTGCAGCCTCTGGTGGTGGCGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    450 GTCCCCTGACAACTCCATCGAACACTCGGACTATCGCAGCAAACTTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100369 GTCCCCTGACAACTCCATCGAACACTCGGACTATCGCAGCAAACTTGCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    500 AGATCCGTCACATATACCACTCGGAGCTGGAGAAGTATGAGCAGGCATGT
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 100419 AGATCCGTCACATATACCACTCGGAACTGGAGAAGTATGAGCAGGCATGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    550 AATGAGTTCACGACCCATGTCATGAACCTGCTGAGGGAGCAGAGCCGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100469 AATGAGTTCACGACCCATGTCATGAACCTGCTGAGGGAGCAGAGCCGCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    600 CAGGCCCGTGGCCCCCAAAGAGATGGAACGCATGGTGAGCATCATCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100519 CAGGCCCGTGGCCCCCAAAGAGATGGAACGCATGGTGAGCATCATCCATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    650 GAAAGTTCAGCGCCATCCAGATGCAGCTGAAGCAGAGCACCTGCGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100569 GAAAGTTCAGCGCCATCCAGATGCAGCTGAAGCAGAGCACCTGCGAGGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    700 GTGATGATCCTGCGCTCCCGTTTCCTGGATGCCAGACGAAAGCGCCGTAA
         ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100619 ATGATGATGCTGCGCTCCCGTTTCCTGGATGCCAGACGAAAGCGCCGTAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    750 CTTCAGCAAACAGGCCACTGAGGTCCTAAATGAGTATTTCTACTCCCACC
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100669 CTTCAGCAGACAGGCCACTGAGGTCCTAAATGAGTATTTCTACTCCCACC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    800 TGAGTAACCCATATCCTAGTGAGGAGGCCAAGGAGGAGCTTGCCAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100719 TGAGTAACCCATATCCTAGTGAGGAGGCCAAGGAGGAGCTTGCCAAGAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    850 TGTGGCATCACCGTGTCTCAGGTCTCCAACTGGTTTGGCAACAAGAGGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||
 100769 TGTGGCATCACCGTGTCTCAGGTCTCCAACCGGTTTGGCAACAAGAAGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    900 TCGCTATAAGAAAAACATCGGAAAGTTCCAAGAGGAGGCAAACATCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100819 TCGCTATAAGAAAAACATCGGAAAGTTCCAAGAGGAGGCAAACATCTATG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    950 CTGTCAAGACCGCCGTGTCAGTCACCCAGGGGGGCCACAGCCGCACCAGC
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 100869 CTGTCAAGACAGCCGTGTCAGTCACCCAGGGGGGCCACAGCAGCACCAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1000 TCCCCGACACCCCCTTCCTCTGCAGGCTCTGGCGGCTCTTTCAATCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 100919 TCCCCGACACCCCCTTCCTCTGCAGGCTCTGGCGGCTCTTTCAATATCTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1050 AGGATCTGGAGACATGTTTCTGGGGATGCCTGGGCTCAACGGAGATTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100969 AGGATCTGGAGACATGTTTCTGGGGATGCCTGGGCTCAACGGAGATTCCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1100 ATTCTGCTTCCCAGGTGGAATCACTCCGACACTCGATGGGGCCAGGGGGC
        |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
 101019 ATTCTGCTTCCCAGGTGGCATCACTCCGACGCTCGATGGGGCCAGGGGGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1150 TATGGGGATAACCTCGGGGGAGGCCAGATGTACAGCCCACGGGAAATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101069 TATGGGGATAACCTCGGGGGAGGCCAGATGTACAGCCCACGGGAAATGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1200 GGCAAATGGCAGCTGGCAAGAGGCTGTGACCCCCTCTTCAGTGACATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101119 GGCAAATGGCAGCTGGCAAGAGGCTGTGACCCCCTCTTCAGTGACATCCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :
   1250 CAACGGAGGGACCAGGGAGTGTTCACTCTGATACCTCCAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101169 CAACGGAGGGACCAGGGAGTGTTCACTCTGATACCTCCAAC