seq1 = pF1KB7721.tfa, 1284 bp
seq2 = pF1KB7721/gi568815593r_141521471.tfa (gi568815593r:141521471_141736790), 215320 bp

>pF1KB7721 1284
>gi568815593r:141521471_141736790 (Chr5)

(complement)

1-55  (100001-100055)   100% ->
56-138  (100161-100243)   100% ->
139-281  (101838-101980)   100% ->
282-363  (106666-106747)   100% ->
364-420  (106875-106931)   100% ->
421-476  (107052-107107)   100% ->
477-610  (107485-107618)   100% ->
611-691  (108152-108232)   100% ->
692-765  (108604-108677)   100% ->
766-830  (108834-108898)   100% ->
831-920  (110508-110597)   100% ->
921-979  (110720-110778)   100% ->
980-1059  (111027-111106)   100% ->
1060-1217  (111426-111583)   100% ->
1218-1284  (115254-115320)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAAGACCGTGGCCTATTTCTACGACCCCGACGTGGGCAACTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCAAGACCGTGGCCTATTTCTACGACCCCGACGTGGGCAACTTCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTACG         GAGCTGGACACCCTATGAAGCCCCATCGCCTGGCAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTACGGTG...CAGGAGCTGGACACCCTATGAAGCCCCATCGCCTGGCAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGACCCATAGCCTGGTCCTGCATTACGGTCTCTATAAGAAGATGATC   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100197 TGACCCATAGCCTGGTCCTGCATTACGGTCTCTATAAGAAGATGATCGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    139       GTCTTCAAGCCATACCAGGCCTCCCAACATGACATGTGCCGCTT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100247 ...GAGGTCTTCAAGCCATACCAGGCCTCCCAACATGACATGTGCCGCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCACTCCGAGGACTACATTGACTTCCTGCAGAGAGTCAGCCCCACCAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101882 CCACTCCGAGGACTACATTGACTTCCTGCAGAGAGTCAGCCCCACCAATA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGCAAGGCTTCACCAAGAGTCTTAATGCCTTCAACGTAGGCGATGACTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 101932 TGCAAGGCTTCACCAAGAGTCTTAATGCCTTCAACGTAGGCGATGACTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    282         CCCAGTGTTTCCCGGGCTCTTTGAGTTCTGCTCGCGTTACAC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101982 TG...CAGCCCAGTGTTTCCCGGGCTCTTTGAGTTCTGCTCGCGTTACAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGGCGCATCTCTGCAAGGAGCAACCCAGCTGAACAACAAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 106708 AGGCGCATCTCTGCAAGGAGCAACCCAGCTGAACAACAAGGTG...CAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TCTGTGATATTGCCATTAACTGGGCTGGTGGTCTGCACCATGCCAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106876 TCTGTGATATTGCCATTAACTGGGCTGGTGGTCTGCACCATGCCAAGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTTGAG         GCCTCTGGCTTCTGCTATGTCAACGACATTGTGAT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106926 TTTGAGGTG...TAGGCCTCTGGCTTCTGCTATGTCAACGACATTGTGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TGGCATCCTGGAGCTGCTCAA         GTACCACCCTCGGGTGCTCT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 107087 TGGCATCCTGGAGCTGCTCAAGTA...TAGGTACCACCCTCGGGTGCTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 ACATTGACATTGACATCCACCATGGTGACGGGGTTCAAGAAGCTTTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107505 ACATTGACATTGACATCCACCATGGTGACGGGGTTCAAGAAGCTTTCTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CTCACTGACCGGGTCATGACGGTGTCCTTCCACAAATACGGAAATTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107555 CTCACTGACCGGGTCATGACGGTGTCCTTCCACAAATACGGAAATTACTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CTTCCCTGGCACAG         GTGACATGTATGAAGTCGGGGCAGAGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 107605 CTTCCCTGGCACAGGTA...CAGGTGACATGTATGAAGTCGGGGCAGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 GTGGCCGCTACTACTGTCTGAACGTGCCCCTGCGGGATGGCATTGATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108179 GTGGCCGCTACTACTGTCTGAACGTGCCCCTGCGGGATGGCATTGATGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CAGA         GTTACAAGCACCTTTTCCAGCCGGTTATCAACCAGGT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108229 CAGAGTA...CAGGTTACAAGCACCTTTTCCAGCCGGTTATCAACCAGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 AGTGGACTTCTACCAACCCACGTGCATTGTGCTCCAG         TGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 108641 AGTGGACTTCTACCAACCCACGTGCATTGTGCTCCAGGTA...CAGTGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 GAGCTGACTCTCTGGGCTGTGATCGATTGGGCTGCTTTAACCTCAGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108838 GAGCTGACTCTCTGGGCTGTGATCGATTGGGCTGCTTTAACCTCAGCATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 CGAGGGCATGG         GGAATGCGTTGAATATGTCAAGAGCTTCAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 108888 CGAGGGCATGGGTG...CAGGGAATGCGTTGAATATGTCAAGAGCTTCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 TATCCCTCTACTCGTGCTGGGTGGTGGTGGTTATACTGTCCGAAATGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110538 TATCCCTCTACTCGTGCTGGGTGGTGGTGGTTATACTGTCCGAAATGTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 CCCGCTGCTG         GACATATGAGACATCGCTGCTGGTAGAAGAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 110588 CCCGCTGCTGGTG...CAGGACATATGAGACATCGCTGCTGGTAGAAGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 GCCATTAGTGAGGAGCTTCCCTATAGTG         AATACTTCGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 110751 GCCATTAGTGAGGAGCTTCCCTATAGTGGTA...AAGAATACTTCGAGTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    993 CTTTGCCCCAGACTTCACACTTCATCCAGATGTCAGCACCCGCATCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111040 CTTTGCCCCAGACTTCACACTTCATCCAGATGTCAGCACCCGCATCGAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 ATCAGAACTCACGCCAG         TATCTGGACCAGATCCGCCAGACA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 111090 ATCAGAACTCACGCCAGGTC...CAGTATCTGGACCAGATCCGCCAGACA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1084 ATCTTTGAAAACCTGAAGATGCTGAACCATGCACCTAGTGTCCAGATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111450 ATCTTTGAAAACCTGAAGATGCTGAACCATGCACCTAGTGTCCAGATTCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134 TGACGTGCCTGCAGACCTCCTGACCTATGACAGGACTGATGAGGCTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111500 TGACGTGCCTGCAGACCTCCTGACCTATGACAGGACTGATGAGGCTGATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 CAGAGGAGAGGGGTCCTGAGGAGAACTATAGCAG         GCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 111550 CAGAGGAGAGGGGTCCTGAGGAGAACTATAGCAGGTC...CAGGCCAGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1225 GCACCCAATGAGTTCTATGATGGAGACCATGACAATGACAAGGAAAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115261 GCACCCAATGAGTTCTATGATGGAGACCATGACAATGACAAGGAAAGCGA

   1400     .    :
   1275 TGTGGAGATT
        ||||||||||
 115311 TGTGGAGATT