seq1 = pF1KB7714.tfa, 1419 bp
seq2 = pF1KB7714/gi568815595f_119682758.tfa (gi568815595f:119682758_119917209), 234452 bp

>pF1KB7714 1419
>gi568815595f:119682758_119917209 (Chr3)

1-95  (100001-100095)   100% ->
96-314  (124472-124690)   100% ->
315-448  (127304-127437)   100% ->
449-636  (128782-128969)   100% ->
637-911  (129929-130203)   100% ->
912-1054  (132222-132364)   100% ->
1055-1171  (132566-132682)   100% ->
1172-1277  (132969-133074)   100% ->
1278-1419  (134311-134452)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACAGTCACCAGGACTCACCACTTCAAGGAGGGGTCCCTCAGAGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACAGTCACCAGGACTCACCACTTCAAGGAGGGGTCCCTCAGAGCACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCCATACCCCTGCACAGTGCTGCGGCTGAGTTGGCTTCAAACCA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100051 TGCCATACCCCTGCACAGTGCTGCGGCTGAGTTGGCTTCAAACCAGTG..

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     96     TCCAAGAGGCCCAGAAGCAAACCTGGAGGTGAGACCCAAAGAAAGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 .TAGTCCAAGAGGCCCAGAAGCAAACCTGGAGGTGAGACCCAAAGAAAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGGAACCATGCTGACTTTGTACACTGTGAGGACACAGAGTCTGTTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124518 TGGAACCATGCTGACTTTGTACACTGTGAGGACACAGAGTCTGTTCCTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAAGCCCAGTGTCAACGCAGATGAGGAAGTCGGAGGTCCCCAAATCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124568 AAAGCCCAGTGTCAACGCAGATGAGGAAGTCGGAGGTCCCCAAATCTGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTGTATGTGGGGACAAGGCCACTGGCTATCACTTCAATGTCATGACATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124618 GTGTATGTGGGGACAAGGCCACTGGCTATCACTTCAATGTCATGACATGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAAGGATGCAAGGGCTTTTTCAG         GAGGGCCATGAAACGCAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 124668 GAAGGATGCAAGGGCTTTTTCAGGTA...CAGGAGGGCCATGAAACGCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CGCCCGGCTGAGGTGCCCCTTCCGGAAGGGCGCCTGCGAGATCACCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127322 CGCCCGGCTGAGGTGCCCCTTCCGGAAGGGCGCCTGCGAGATCACCCGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGACCCGGCGACAGTGCCAGGCCTGCCGCCTGCGCAAGTGCCTGGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127372 AGACCCGGCGACAGTGCCAGGCCTGCCGCCTGCGCAAGTGCCTGGAGAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GGCATGAAGAAGGAGA         TGATCATGTCCGACGAGGCCGTGGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 127422 GGCATGAAGAAGGAGAGTG...CAGTGATCATGTCCGACGAGGCCGTGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGAGAGGCGGGCCTTGATCAAGCGGAAGAAAAGTGAACGGACAGGGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128807 GGAGAGGCGGGCCTTGATCAAGCGGAAGAAAAGTGAACGGACAGGGACTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGCCACTGGGAGTGCAGGGGCTGACAGAGGAGCAGCGGATGATGATCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128857 AGCCACTGGGAGTGCAGGGGCTGACAGAGGAGCAGCGGATGATGATCAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAGCTGATGGACGCTCAGATGAAAACCTTTGACACTACCTTCTCCCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128907 GAGCTGATGGACGCTCAGATGAAAACCTTTGACACTACCTTCTCCCATTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CAAGAATTTCCGG         CTGCCAGGGGTGCTTAGCAGTGGCTGCG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 128957 CAAGAATTTCCGGGTA...TAGCTGCCAGGGGTGCTTAGCAGTGGCTGCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGTTGCCAGAGTCTCTGCAGGCCCCATCGAGGGAAGAAGCTGCCAAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129957 AGTTGCCAGAGTCTCTGCAGGCCCCATCGAGGGAAGAAGCTGCCAAGTGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AGCCAGGTCCGGAAAGATCTGTGCTCTTTGAAGGTCTCTCTGCAGCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130007 AGCCAGGTCCGGAAAGATCTGTGCTCTTTGAAGGTCTCTCTGCAGCTGCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GGGGGAGGATGGCAGTGTCTGGAACTACAAACCCCCAGCCGACAGTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130057 GGGGGAGGATGGCAGTGTCTGGAACTACAAACCCCCAGCCGACAGTGGCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GGAAAGAGATCTTCTCCCTGCTGCCCCACATGGCTGACATGTCAACCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130107 GGAAAGAGATCTTCTCCCTGCTGCCCCACATGGCTGACATGTCAACCTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 ATGTTCAAAGGCATCATCAGCTTTGCCAAAGTCATCTCCTACTTCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 130157 ATGTTCAAAGGCATCATCAGCTTTGCCAAAGTCATCTCCTACTTCAGGTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    912       GGACTTGCCCATCGAGGACCAGATCTCCCTGCTGAAGGGGGCCG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130207 ...CAGGGACTTGCCCATCGAGGACCAGATCTCCCTGCTGAAGGGGGCCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CTTTCGAGCTGTGTCAACTGAGATTCAACACAGTGTTCAACGCGGAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132266 CTTTCGAGCTGTGTCAACTGAGATTCAACACAGTGTTCAACGCGGAGACT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GGAACCTGGGAGTGTGGCCGGCTGTCCTACTGCTTGGAAGACACTGCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 132316 GGAACCTGGGAGTGTGGCCGGCTGTCCTACTGCTTGGAAGACACTGCAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1055         GTGGCTTCCAGCAACTTCTACTGGAGCCCATGCTGAAATTCC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132366 TG...CAGGTGGCTTCCAGCAACTTCTACTGGAGCCCATGCTGAAATTCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 ACTACATGCTGAAGAAGCTGCAGCTGCATGAGGAGGAGTATGTGCTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132608 ACTACATGCTGAAGAAGCTGCAGCTGCATGAGGAGGAGTATGTGCTGATG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CAGGCCATCTCCCTCTTCTCCCCAG         ACCGCCCAGGTGTGCT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 132658 CAGGCCATCTCCCTCTTCTCCCCAGGTG...CAGACCGCCCAGGTGTGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GCAGCACCGCGTGGTGGACCAGCTGCAGGAGCAATTCGCCATTACTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132985 GCAGCACCGCGTGGTGGACCAGCTGCAGGAGCAATTCGCCATTACTCTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 AGTCCTACATTGAATGCAATCGGCCCCAGCCTGCTCATAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 133035 AGTCCTACATTGAATGCAATCGGCCCCAGCCTGCTCATAGGTG...CAGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 TTCTTGTTCCTGAAGATCATGGCTATGCTCACCGAGCTCCGCAGCATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134312 TTCTTGTTCCTGAAGATCATGGCTATGCTCACCGAGCTCCGCAGCATCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 TGCTCAGCACACCCAGCGGCTGCTGCGCATCCAGGACATACACCCCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134362 TGCTCAGCACACCCAGCGGCTGCTGCGCATCCAGGACATACACCCCTTTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 CTACGCCCCTCATGCAGGAGTTGTTCGGCATCACAGGTAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134412 CTACGCCCCTCATGCAGGAGTTGTTCGGCATCACAGGTAGC