seq1 = pF1KB7709.tfa, 1260 bp
seq2 = pF1KB7709/gi568815590f_28870043.tfa (gi568815590f:28870043_29151152), 281110 bp

>pF1KB7709 1260
>gi568815590f:28870043_29151152 (Chr8)

1-23  (93826-93848)   100% ->
24-500  (100001-100477)   100% ->
501-586  (110029-110114)   100% ->
587-697  (139030-139140)   100% ->
698-851  (148718-148871)   100% ->
852-934  (175319-175401)   100% ->
935-1030  (177316-177411)   100% ->
1031-1125  (178912-179006)   100% ->
1126-1260  (180976-181110)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTTAGTTCCTTTCCAGTGGT         TTTGCTGGAAACCATGTC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
  93826 ATGCTTAGTTCCTTTCCAGTGGTGTA...TAGTTTGCTGGAAACCATGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TCATTATACAGATGAACCCAGATTTACCATAGAGCAGATAGATCTGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100019 TCATTATACAGATGAACCCAGATTTACCATAGAGCAGATAGATCTGCTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGCGACTTCGGCGTACTGGAATGACTAAACATGAAATTCTCCATGCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100069 AGCGACTTCGGCGTACTGGAATGACTAAACATGAAATTCTCCATGCCTTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAAACTTTGGACCGTCTTGATCAAGAGCATAGTGACAAGTTTGGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100119 GAAACTTTGGACCGTCTTGATCAAGAGCATAGTGACAAGTTTGGAAGAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTCCAGCTATGGAGGAAGTTCATATGGGAATAGTACTAACAATGTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100169 GTCCAGCTATGGAGGAAGTTCATATGGGAATAGTACTAACAATGTCCCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CATCTTCCTCTACAGCTACAGCTTCCACACAGACGCAGCATTCGGGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100219 CATCTTCCTCTACAGCTACAGCTTCCACACAGACGCAGCATTCGGGAATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCCCCGTCACCTAGCAACAGTTATGATACTTCCCCACAGCCTTGCACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100269 TCCCCGTCACCTAGCAACAGTTATGATACTTCCCCACAGCCTTGCACTAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CAATCAAAATGGGAGGGAGAATAATGAGCGATTATCTACATCCAATGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100319 CAATCAAAATGGGAGGGAGAATAATGAGCGATTATCTACATCCAATGGAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGATGTCACCAACTCGCTACCATGCAAACAGCATGGGTCAGAGGTCATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100369 AGATGTCACCAACTCGCTACCATGCAAACAGCATGGGTCAGAGGTCATAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AGTTTTGAAGCCTCAGAAGAGGACCTAGATGTAGATGATAAAGTGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100419 AGTTTTGAAGCCTCAGAAGAGGACCTAGATGTAGATGATAAAGTGGAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 ATTAATGAG         GAGGGACAGCAGTGTGATAAAAGAGGAAATCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100469 ATTAATGAGGTT...TAGGAGGGACAGCAGTGTGATAAAAGAGGAAATCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AAGCCTTTCTTGCCAATCGGAGGATTTCCCAAGCAGTTGTTGCACAGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110061 AAGCCTTTCTTGCCAATCGGAGGATTTCCCAAGCAGTTGTTGCACAGGTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 ACAG         GTATCAGTCAGAGCCGGATCTCTCATTGGCTGTTGCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110111 ACAGGTA...TAGGTATCAGTCAGAGCCGGATCTCTCATTGGCTGTTGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GCAGGGATCAGACCTGAGTGAACAGAAGAAAAGAGCATTTTACCGATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139067 GCAGGGATCAGACCTGAGTGAACAGAAGAAAAGAGCATTTTACCGATGGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ATCAACTTGAGAAGACAAACCCTG         GCGCTACACTAAGTATG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 139117 ATCAACTTGAGAAGACAAACCCTGGTA...CAGGCGCTACACTAAGTATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AGACCAGCCCCCATTCCAATAGAGGACCCTGAATGGAGACAAACGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148735 AGACCAGCCCCCATTCCAATAGAGGACCCTGAATGGAGACAAACGCCTCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CCCAGTCTCTGCCACATCTGGTACTTTCCGACTGCGACGAGGGAGTCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148785 CCCAGTCTCTGCCACATCTGGTACTTTCCGACTGCGACGAGGGAGTCGAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TTACCTGGAGAAAGGAGTGCCTGGCTGTTATGGAAAG         TTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 148835 TTACCTGGAGAAAGGAGTGCCTGGCTGTTATGGAAAGGTA...CAGTTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TTCAATGAGAATCAATACCCAGATGAAGCAAAGAGGGAAGAAATTGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175323 TTCAATGAGAATCAATACCCAGATGAAGCAAAGAGGGAAGAAATTGCAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CGCTTGCAATGCAGTTATACAGAAGCCAG         GCAAAAAGCTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 175373 CGCTTGCAATGCAGTTATACAGAAGCCAGGTA...CAGGCAAAAAGCTGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CAGATCTGGAAAGAGTTACCTCCCTGAAAGTATATAATTGGTTTGCTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177328 CAGATCTGGAAAGAGTTACCTCCCTGAAAGTATATAATTGGTTTGCTAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AGAAGGAAGGAGATCAAGAGGAGAGCCAATATTG         AAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 177378 AGAAGGAAGGAGATCAAGAGGAGAGCCAATATTGGTA...AAGAAGCAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AATCCTGGAGAGTCATGGGATAGATGTGCAGAGTCCAGGAGGCCACTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178919 AATCCTGGAGAGTCATGGGATAGATGTGCAGAGTCCAGGAGGCCACTCAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ACAGTGATGATGTCGACGGGAATGACTACTCTGAGCAG         GAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 178969 ACAGTGATGATGTCGACGGGAATGACTACTCTGAGCAGGTG...TAGGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GACAGTACGAGCCATAGTGACCACCAAGACCCCATCTCATTAGCTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180979 GACAGTACGAGCCATAGTGACCACCAAGACCCCATCTCATTAGCTGTGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AATGGCAGCAGTCAACCACACTATCTTGGCATTGGCCCGACAAGGAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181029 AATGGCAGCAGTCAACCACACTATCTTGGCATTGGCCCGACAAGGAGCCA

   1300     .    :    .    :    .    :
   1229 ACGAAATCAAGACAGAGGCCCTGGATGATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 181079 ACGAAATCAAGACAGAGGCCCTGGATGATGAC