seq1 = pF1KB7706.tfa, 1395 bp
seq2 = pF1KB7706/gi568815593f_136053761.tfa (gi568815593f:136053761_136277477), 223717 bp

>pF1KB7706 1395
>gi568815593f:136053761_136277477 (Chr5)

1-403  (100001-100403)   100% ->
404-655  (107096-107347)   100% ->
656-775  (109512-109631)   100% ->
776-997  (118674-118895)   100% ->
998-1254  (120616-120872)   100% ->
1255-1395  (123577-123717)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACGTCAATGGCCAGCTTGTTTTCTTTTACTAGTCCAGCAGTAAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACGTCAATGGCCAGCTTGTTTTCTTTTACTAGTCCAGCAGTAAAGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATTGTTGGGCTGGAAACAAGGTGATGAGGAGGAGAAATGGGCAGAAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATTGTTGGGCTGGAAACAAGGTGATGAGGAGGAGAAATGGGCAGAAAAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGTTGATGCTTTGGTGAAGAAACTAAAAAAGAAAAAGGGTGCCATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAGTTGATGCTTTGGTGAAGAAACTAAAAAAGAAAAAGGGTGCCATGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAACTGGAGAAAGCCTTGAGCAGTCCAGGACAGCCGAGTAAATGTGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAACTGGAGAAAGCCTTGAGCAGTCCAGGACAGCCGAGTAAATGTGTCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TATTCCCAGATCTTTAGATGGACGCCTGCAGGTTTCTCACAGAAAAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TATTCCCAGATCTTTAGATGGACGCCTGCAGGTTTCTCACAGAAAAGGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TACCCCATGTTATATATTGTCGTGTTTGGCGCTGGCCGGATTTGCAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TACCCCATGTTATATATTGTCGTGTTTGGCGCTGGCCGGATTTGCAGAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CATCATGAGCTAAAGCCGTTGGATATTTGTGAATTTCCTTTTGGATCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CATCATGAGCTAAAGCCGTTGGATATTTGTGAATTTCCTTTTGGATCTAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCAAAAAGAAGTTTGTATCAACCCATACCACTATAAGAGAGTGGAGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCAAAAAGAAGTTTGTATCAACCCATACCACTATAAGAGAGTGGAGAGTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CAG         TCTTACCTCCAGTATTAGTGCCTCGTCATAATGAATTC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CAGGTA...CAGTCTTACCTCCAGTATTAGTGCCTCGTCATAATGAATTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AATCCACAACACAGCCTTCTGGTTCAGTTTAGGAACCTGAGCCACAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107134 AATCCACAACACAGCCTTCTGGTTCAGTTTAGGAACCTGAGCCACAATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 ACCACACATGCCACAAAATGCCACGTTTCCAGATTCTTTCCACCAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107184 ACCACACATGCCACAAAATGCCACGTTTCCAGATTCTTTCCACCAGCCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ACAACACTCCTTTTCCCTTATCTCCAAACAGCCCTTATCCCCCTTCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107234 ACAACACTCCTTTTCCCTTATCTCCAAACAGCCCTTATCCCCCTTCTCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GCTAGCAGCACATATCCCAACTCCCCAGCAAGTTCTGGACCAGGAAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107284 GCTAGCAGCACATATCCCAACTCCCCAGCAAGTTCTGGACCAGGAAGTCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 ATTTCAGCTCCCAG         CTGATACGCCTCCTCCTGCCTATATGC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 107334 ATTTCAGCTCCCAGGTA...TAGCTGATACGCCTCCTCCTGCCTATATGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CACCTGATGATCAGATGGGTCAAGATAATTCCCAGCCTATGGATACAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109539 CACCTGATGATCAGATGGGTCAAGATAATTCCCAGCCTATGGATACAAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 AATAATATGATTCCTCAGATTATGCCCAGTATATCCAGCAGGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 109589 AATAATATGATTCCTCAGATTATGCCCAGTATATCCAGCAGGGGTA...C

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    776   ATGTTCAGCCTGTTGCCTATGAAGAGCCTAAACATTGGTGTTCAATAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118672 AGATGTTCAGCCTGTTGCCTATGAAGAGCCTAAACATTGGTGTTCAATAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TCTACTATGAATTAAACAATCGTGTTGGAGAAGCTTTTCATGCATCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118722 TCTACTATGAATTAAACAATCGTGTTGGAGAAGCTTTTCATGCATCTTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 ACTAGTGTGTTAGTAGATGGATTCACAGATCCTTCAAATAACAAAAGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118772 ACTAGTGTGTTAGTAGATGGATTCACAGATCCTTCAAATAACAAAAGTAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 ATTCTGCTTGGGTTTGTTGTCAAATGTTAATCGTAATTCGACAATTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118822 ATTCTGCTTGGGTTTGTTGTCAAATGTTAATCGTAATTCGACAATTGAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 ACACTAGGCGACATATTGGAAAAG         GTGTTCATCTGTACTAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 118872 ACACTAGGCGACATATTGGAAAAGGTA...AAGGTGTTCATCTGTACTAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GTTGGTGGAGAGGTGTATGCGGAATGCCTCAGTGACAGCAGCATATTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120633 GTTGGTGGAGAGGTGTATGCGGAATGCCTCAGTGACAGCAGCATATTTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 ACAGAGTAGGAACTGCAACTTTCATCATGGCTTTCATCCCACCACTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120683 ACAGAGTAGGAACTGCAACTTTCATCATGGCTTTCATCCCACCACTGTCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 GTAAGATTCCCAGCAGCTGCAGCCTCAAAATTTTTAACAATCAGGAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120733 GTAAGATTCCCAGCAGCTGCAGCCTCAAAATTTTTAACAATCAGGAGTTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 GCTCAGCTTCTGGCTCAATCTGTCAACCATGGGTTTGAGGCAGTATATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120783 GCTCAGCTTCTGGCTCAATCTGTCAACCATGGGTTTGAGGCAGTATATGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 GCTCACCAAAATGTGTACCATTCGGATGAGTTTTGTCAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 120833 GCTCACCAAAATGTGTACCATTCGGATGAGTTTTGTCAAGGTG...TAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 GTTGGGGAGCAGAATATCACCGGCAGGATGTAACCAGCACCCCATGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123578 GTTGGGGAGCAGAATATCACCGGCAGGATGTAACCAGCACCCCATGTTGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 ATTGAGATTCATCTTCATGGGCCTCTTCAGTGGCTGGATAAAGTCCTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123628 ATTGAGATTCATCTTCATGGGCCTCTTCAGTGGCTGGATAAAGTCCTTAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 TCAGATGGGCTCCCCTCTGAACCCCATATCTTCTGTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123678 TCAGATGGGCTCCCCTCTGAACCCCATATCTTCTGTTTCA