seq1 = pF1KB7704.tfa, 1386 bp
seq2 = pF1KB7704/gi568815575r_101169196.tfa (gi568815575r:101169196_101393045), 223850 bp

>pF1KB7704 1386
>gi568815575r:101169196_101393045 (ChrX)

(complement)

1-256  (100001-100256)   99% ->
257-324  (105501-105568)   100% ->
325-403  (106393-106471)   100% ->
404-537  (109463-109596)   100% ->
538-664  (110593-110719)   100% ->
665-720  (111271-111326)   100% ->
721-762  (114011-114052)   100% ->
763-835  (114925-114997)   100% ->
836-949  (115327-115440)   100% ->
950-1171  (116518-116739)   100% ->
1172-1284  (116934-117046)   100% ->
1285-1344  (117765-117824)   100% ->
1345-1386  (123809-123850)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGTGCCCCGAGGGACAGCTCCCCATTTCTTCAGAAAATGATTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGTGCCCCGAGGGACAGCTCCCCATTTCTTCAGAAAATGATTCAAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACCAACAGTTTCAACATCGGAAGTAACTAGCCAACAAGAACCCCAAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACCAACAGTTTCAACATCGGAAGTAACTAGCCAACAAGAACCCCAAATTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGTCGACCGTGGGTCTGAAACCACCTATGAAAGCAGCGCCGACATTGCT
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTGTCGACCGTGGGTCTGAAACCACCTATGAAAGCAGCGCCGACATTGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCGACGAAGGCACCCAGATTCCTGCCGACGAGGACACTCAAACGGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCGACGAAGGCACCCAGATTCCTGCCGACGAGGACACTCAAACGGATGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGACAGCAGCGCCCAGGCTGCTGCCCAGGCCCCAGAAAACTTCCAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGACAGCAGCGCCCAGGCTGCTGCCCAGGCCCCAGAAAACTTCCAGGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGAAAG         ACATGAGTGAAAGCCAGGATGAAGTTCCTGATGAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGAAAGGTA...AAGACATGAGTGAAAGCCAGGATGAAGTTCCTGATGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTTGAGAACCAGTTTATATTGCGTCTGCCTCTG         GAACATGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 105536 GTTGAGAACCAGTTTATATTGCGTCTGCCTCTGGTA...TAGGAACATGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TTGTACTGTCAGGAACCTAGCACGTTCTCAAAGTGTCAAGATGAAGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106401 TTGTACTGTCAGGAACCTAGCACGTTCTCAAAGTGTCAAGATGAAGGATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AACTAAAAATTGACTTATTGC         CTGATGGGCGCCATGCAGTT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 106451 AACTAAAAATTGACTTATTGCGTA...CAGCTGATGGGCGCCATGCAGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTTGAAGTAGAAGATGTCCCACTAGCTGCTAAGCTGGTTGACTTGCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109483 GTTGAAGTAGAAGATGTCCCACTAGCTGCTAAGCTGGTTGACTTGCCTTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGTTATTGAAAGCCTGAGAACGCTTGATAAAAAAACCTTTTATAAAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109533 TGTTATTGAAAGCCTGAGAACGCTTGATAAAAAAACCTTTTATAAAACAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CAGACATTTCTCAG         ATGCTTGTGTGCACTGCTGATGGTGAT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 109583 CAGACATTTCTCAGGTA...TAGATGCTTGTGTGCACTGCTGATGGTGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATCCACCTTTCTCCAGAAGAACCAGCTGCCTCTACTGATCCTAATATAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110620 ATCCACCTTTCTCCAGAAGAACCAGCTGCCTCTACTGATCCTAATATAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAGGAAAAAAGAAAGGGGGAGAGAAGAAAAATGTGTCTGGAAGCATGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110670 CAGGAAAAAAGAAAGGGGGAGAGAAGAAAAATGTGTCTGGAAGCATGGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665          TTACGCCACCACTTAAGAATGTCAGAAAGAAAAGGTTCCGG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110720 GTA...TAGTTACGCCACCACTTAAGAATGTCAGAAAGAAAAGGTTCCGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AAAACACAAAAAAAG         GTCCCTGATGTCAAAGAAATGGAAAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 111312 AAAACACAAAAAAAGGTT...TAGGTCCCTGATGTCAAAGAAATGGAAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AAGCAGCTTTACTGAG         TACATTGAATCTCCAGACGTGGAAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 114037 AAGCAGCTTTACTGAGGTA...CAGTACATTGAATCTCCAGACGTGGAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ATGAAGTAAAGAGACTGCTGCGTTCGGATGCTGAAGCCGTAAGTACCC  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 114950 ATGAAGTAAAGAGACTGCTGCGTTCGGATGCTGAAGCCGTAAGTACCCGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    836        GTTGGGAAGTCATTGCTGAAGATGGAACCAAGGAAATAGAAAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115000 A...CAGGTTGGGAAGTCATTGCTGAAGATGGAACCAAGGAAATAGAAAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TCAAGGCTCCATCCCAGGATTTTTGATATCCTCGGGAATGAGCAGCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115370 TCAAGGCTCCATCCCAGGATTTTTGATATCCTCGGGAATGAGCAGCCACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AGCAGGGTCATACCTCGTCAG         AATATGATATGCTTCGGGAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 115420 AGCAGGGTCATACCTCGTCAGGTA...TAGAATATGATATGCTTCGGGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 ATGTTCAGTGATTCTAGAAGTAACAATGATGATGATGAGGATGAGGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116538 ATGTTCAGTGATTCTAGAAGTAACAATGATGATGATGAGGATGAGGATGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TGAAGATGAGGATGAGGATGAGGATGAGGATGAAGATGAAGACAAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116588 TGAAGATGAGGATGAGGATGAGGATGAGGATGAAGATGAAGACAAAGAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AGGAGGAGGAAGATTGTTCTGAAGAGTATCTGGAAAGGCAGCTGCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116638 AGGAGGAGGAAGATTGTTCTGAAGAGTATCTGGAAAGGCAGCTGCAGGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GAGTTTATTGAATCTGGCCAGTATAGGGCAAATGAAGGTACCAGTTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116688 GAGTTTATTGAATCTGGCCAGTATAGGGCAAATGAAGGTACCAGTTCAAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 AG         TCATGGAAATTCAGAAGCAGATTGAGAAAAAGGAGAAAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116738 AGGTA...TAGTCATGGAAATTCAGAAGCAGATTGAGAAAAAGGAGAAAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AGCTCCATAAGATTCAGAATAAAGCACAAAGACAGAAGGATCTCATCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116973 AGCTCCATAAGATTCAGAATAAAGCACAAAGACAGAAGGATCTCATCATG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 AAAGTGGAAAACCTGACACTCAAG         AATCATTTTCAGTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 117023 AAAGTGGAAAACCTGACACTCAAGGTA...CAGAATCATTTTCAGTCTGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GCTGGAGCAGCTTGAGTTACAGGAAAAACAAAAAAATGAGAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 117782 GCTGGAGCAGCTTGAGTTACAGGAAAAACAAAAAAATGAGAAGGTA...C

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :
   1345   CTCATTTCCCTACAGGAACAGTTGCAGCGTTTTCTGAAGAAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123807 AGCTCATTTCCCTACAGGAACAGTTGCAGCGTTTTCTGAAGAAG