seq1 = pF1KB7703.tfa, 1248 bp
seq2 = pF1KB7703/gi568815595r_126243730.tfa (gi568815595r:126243730_126452922), 209193 bp

>pF1KB7703 1248
>gi568815595r:126243730_126452922 (Chr3)

(complement)

1-1082  (100001-101082)   100% ->
1083-1248  (109028-109193)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGGACCACTTACTTCCAGTGGACGAGAACTTCTCGTCGCCAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGGACCACTTACTTCCAGTGGACGAGAACTTCTCGTCGCCAAAATG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCAGTTGGGTATCTGGGTGATAGGCTGGTTGGCCGGCGGGCATATCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCAGTTGGGTATCTGGGTGATAGGCTGGTTGGCCGGCGGGCATATCACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTGCCCTCACCCGTCTCTGAAGATGACAGCGATGCCTCCAGCCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCTGCCCTCACCCGTCTCTGAAGATGACAGCGATGCCTCCAGCCCCTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCCTGTTCCAGTCCCGACTCTCAAGCCCTCTGCTCCTGCTATGGTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCCTGTTCCAGTCCCGACTCTCAAGCCCTCTGCTCCTGCTATGGTGGAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTGGGCACCGAGAGCCAGGACAGCATCTTGGACTTCCTATTGTCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTGGGCACCGAGAGCCAGGACAGCATCTTGGACTTCCTATTGTCCCAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCACGCTGGGCAGTGGCGGGGGCAGCGGCAGTAGCATTGGGGCCAGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCACGCTGGGCAGTGGCGGGGGCAGCGGCAGTAGCATTGGGGCCAGCAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGCCCCGTGGCCTGGGGGCCCTGGCGAAGGGCAGCGGCCCCTGTGAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGCCCCGTGGCCTGGGGGCCCTGGCGAAGGGCAGCGGCCCCTGTGAAGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGAGCATTTCTGCTTGCCCGAGTTTCCTTTGGGTGATCCTGATGACGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGAGCATTTCTGCTTGCCCGAGTTTCCTTTGGGTGATCCTGATGACGTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CACGGCCCTTCCAGCCTACCCTGGAGGAGATTGAAGAGTTTCTGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CACGGCCCTTCCAGCCTACCCTGGAGGAGATTGAAGAGTTTCTGGAGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AACATGGAGCCTGGAGTCAAGGAGGTCCCTGAGGGCAACAGCAAGGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AACATGGAGCCTGGAGTCAAGGAGGTCCCTGAGGGCAACAGCAAGGACTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGATGCCTGCAGCCAGCTCTCAGCTGGGCCACACAAGAGCCACCTCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGATGCCTGCAGCCAGCTCTCAGCTGGGCCACACAAGAGCCACCTCCATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CTGGGTCCAGCGGGAGAGAGCGCTGTTCCCCTCCACCAGGTGGTGCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CTGGGTCCAGCGGGAGAGAGCGCTGTTCCCCTCCACCAGGTGGTGCCAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCAGGAGGTGCCCAGGGCCCAGGTGGGGGCCCCACGCCTGATGGCCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCAGGAGGTGCCCAGGGCCCAGGTGGGGGCCCCACGCCTGATGGCCCCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CCCAGTGTTGCTGCAGATCCAGCCCGTGCCTGTGAAGCAGGAATCGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CCCAGTGTTGCTGCAGATCCAGCCCGTGCCTGTGAAGCAGGAATCGGGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CAGGGCCTGCCTCCCCTGGGCAAGCCCCAGAGAATGTCAAGGTTGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CAGGGCCTGCCTCCCCTGGGCAAGCCCCAGAGAATGTCAAGGTTGCCCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CTCCTGGTCAACATCCAGGGGCAGACCTTCGCACTCGTGCCCCAGGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CTCCTGGTCAACATCCAGGGGCAGACCTTCGCACTCGTGCCCCAGGTGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 ACCCTCCTCCAACTTGAACCTGCCCTCCAAGTTTGTGCGCATTGCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 ACCCTCCTCCAACTTGAACCTGCCCTCCAAGTTTGTGCGCATTGCCCCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGCCCATTGCCGCCAAGCCTGTTGGATCGGGACCCCTGGGGCCTGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGCCCATTGCCGCCAAGCCTGTTGGATCGGGACCCCTGGGGCCTGGCCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GCCGGTCTCCTCATGGGCCAGAAGTTCCCCAAGAACCCAGCCGCAGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GCCGGTCTCCTCATGGGCCAGAAGTTCCCCAAGAACCCAGCCGCAGAACT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CATCAAAATGCACAAATGTACTTTCCCTGGCTGCAGCAAGATGTACACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CATCAAAATGCACAAATGTACTTTCCCTGGCTGCAGCAAGATGTACACCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 AAAGCAGCCACCTCAAGGCCCACCTGCGCCGGCACACGGGTGAGAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 AAAGCAGCCACCTCAAGGCCCACCTGCGCCGGCACACGGGTGAGAAGCCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 TTCGCCTGCACCTGGCCAGGCTGCGGCTGGAG         GTTCTCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 101051 TTCGCCTGCACCTGGCCAGGCTGCGGCTGGAGGTC...CAGGTTCTCGCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CTCTGACGAGCTGTCGCGGCACAGGCGCTCGCACTCAGGTGTGAAGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109037 CTCTGACGAGCTGTCGCGGCACAGGCGCTCGCACTCAGGTGTGAAGCCGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 ACCAGTGTCCTGTGTGCGAGAAGAAGTTCGCGCGGAGCGACCACCTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109087 ACCAGTGTCCTGTGTGCGAGAAGAAGTTCGCGCGGAGCGACCACCTCTCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 AAGCACATCAAGGTGCACCGCTTCCCGCGGAGCAGCCGCTCCGTGCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109137 AAGCACATCAAGGTGCACCGCTTCCCGCGGAGCAGCCGCTCCGTGCGCTC

   1250     .
   1242 CGTGAAC
        |||||||
 109187 CGTGAAC