seq1 = pF1KB7690.tfa, 1233 bp
seq2 = pF1KB7690/gi568815581r_40528788.tfa (gi568815581r:40528788_40745619), 216832 bp

>pF1KB7690 1233
>gi568815581r:40528788_40745619 (Chr17)

(complement)

1-51  (99995-100044)   92% ->
52-156  (103061-103165)   99% ->
157-237  (108048-108128)   100% ->
238-369  (109094-109225)   100% ->
370-541  (109518-109689)   100% ->
542-714  (113253-113425)   100% ->
715-816  (113927-114028)   100% ->
817-1027  (114696-114906)   100% ->
1028-1233  (116627-116832)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCAAAAAGACCATCTTATGCCCCACCTCCCACCCCAGCTCCTGCAAC
        |  -|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99995 AAA CAGAAAGACCATCTTATGCCCCACCTCCCACCCCAGCTCCTGCAAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 A         CAAATGCCCAGCACACCAGGGTTTGTGGGATACAATCCAT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100044 AGTA...CAGCAAATGCCCAGCACACCAGGGTTTGTGGGATACAATCCAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACAGTCATCTCGCCTACAACAACTACAGGCTGGGAGGGAACCCGAGCACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 103101 ACAGTCATCTCGCCTACAACAACTACAGGCTGGGAGGGAACCCGGGCACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACAGCCGGGTCACG         GCATCCTCTGGTATCACGATTCCAAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 103151 AACAGCCGGGTCACGGTA...TAGGCATCCTCTGGTATCACGATTCCAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ACCCCCAAAGCCACCAGATAAGCCGCTGATGCCCTACATGAGGTACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108074 ACCCCCAAAGCCACCAGATAAGCCGCTGATGCCCTACATGAGGTACAGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GAAAG         GTCTGGGACCAAGTAAAGGCTTCCAACCCTGACCTA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108124 GAAAGGTA...AAGGTCTGGGACCAAGTAAAGGCTTCCAACCCTGACCTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AAGTTGTGGGAGATTGGCAAGATTATTGGTGGCATGTGGCGAGATCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109130 AAGTTGTGGGAGATTGGCAAGATTATTGGTGGCATGTGGCGAGATCTCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGATGAAGAAAAACAAGAATATTTAAACGAATACGAAGCAGAAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 109180 TGATGAAGAAAAACAAGAATATTTAAACGAATACGAAGCAGAAAAGGTA.

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    370      ATAGAGTACAATGAATCTATGAAGGCCTATCATAATTCCCCCGCG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109230 ..CAGATAGAGTACAATGAATCTATGAAGGCCTATCATAATTCCCCCGCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TACCTTGCTTACATAAATGCAAAAAGTCGTGCAGAAGCTGCTTTAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109563 TACCTTGCTTACATAAATGCAAAAAGTCGTGCAGAAGCTGCTTTAGAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGAAAGTCGACAGAGACAATCTCGCATGGAGAAAGGAGAACCGTACATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109613 AGAAAGTCGACAGAGACAATCTCGCATGGAGAAAGGAGAACCGTACATGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GCATTCAGCCTGCTGAAGATCCAGATG         ATTATGATGATGGC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 109663 GCATTCAGCCTGCTGAAGATCCAGATGGTA...CAGATTATGATGATGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TTTTCAATGAAGCATACAGCCACCGCCCGTTTCCAGAGAAACCACCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113267 TTTTCAATGAAGCATACAGCCACCGCCCGTTTCCAGAGAAACCACCGCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CATCAGTGAAATTCTTAGTGAGAGTGTGGTGCCAGACGTTCGGTCAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113317 CATCAGTGAAATTCTTAGTGAGAGTGTGGTGCCAGACGTTCGGTCAGTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCACAACAGCTAGAATGCAGGTCCTCAAACGGCAGGTCCAGTCCTTAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113367 TCACAACAGCTAGAATGCAGGTCCTCAAACGGCAGGTCCAGTCCTTAATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTTCATCAG         CGAAAACTAGAAGCTGAACTTCTTCAAATAGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 113417 GTTCATCAGGTA...CAGCGAAAACTAGAAGCTGAACTTCTTCAAATAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGAACGACACCAGGAGAAGAAGAGGAAATTCCTGGAAAGCACAGATTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113959 GGAACGACACCAGGAGAAGAAGAGGAAATTCCTGGAAAGCACAGATTCAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTAACAATGAACTTAAAAGG         TTGTGCGGTCTGAAAGTAGAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 114009 TTAACAATGAACTTAAAAGGGTA...TAGTTGTGCGGTCTGAAAGTAGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GTGGATATGGAGAAAATTGCAGCTGAGATTGCACAGGCAGAGGAACAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114717 GTGGATATGGAGAAAATTGCAGCTGAGATTGCACAGGCAGAGGAACAGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CCGCAAAAGGCAGGAGGAAAGGGAGAAGGAGGCCGCAGAGCAAGCTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114767 CCGCAAAAGGCAGGAGGAAAGGGAGAAGGAGGCCGCAGAGCAAGCTGAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GCAGTCAGAGCAGCATCGTTCCTGAGGAAGAACAAGCAGCTAACAAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114817 GCAGTCAGAGCAGCATCGTTCCTGAGGAAGAACAAGCAGCTAACAAAGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GAGGAGAAGAAAGACGACGAGAACATTCCGATGGAGACAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 114867 GAGGAGAAGAAAGACGACGAGAACATTCCGATGGAGACAGGTA...CAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GGAGACACACCTTGAAGAAACAACAGAGAGCCAACAGAATGGTGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116628 GGAGACACACCTTGAAGAAACAACAGAGAGCCAACAGAATGGTGAAGAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GCACGTCTACTCCTGAGGACAAGGAGAGTGGGCAGGAGGGGGTCGACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116678 GCACGTCTACTCCTGAGGACAAGGAGAGTGGGCAGGAGGGGGTCGACAGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ATGGCAGAGGAAGGAACCAGTGATAGTAACACTGGCTCGGAGAGCAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116728 ATGGCAGAGGAAGGAACCAGTGATAGTAACACTGGCTCGGAGAGCAACAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TGCAACAGTGGAGGAGCCACCAACAGATCCCATACCAGAAGATGAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116778 TGCAACAGTGGAGGAGCCACCAACAGATCCCATACCAGAAGATGAGAAAA

   1300     .
   1229 AAGAA
        |||||
 116828 AAGAA