seq1 = pF1KB7685.tfa, 1044 bp
seq2 = pF1KB7685/gi568815592f_28025444.tfa (gi568815592f:28025444_28229947), 204504 bp

>pF1KB7685 1044
>gi568815592f:28025444_28229947 (Chr6)

1-387  (100001-100387)   100% ->
388-526  (101340-101478)   100% ->
527-1044  (103987-104504)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCACAGCCCTGGAACCTGAGGACCAAAAAGGACTTCTGATAATTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCACAGCCCTGGAACCTGAGGACCAAAAAGGACTTCTGATAATTAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCAGAGGACCATTACTGGGGACAGGATTCCAGCTCACAAAAGTGCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCAGAGGACCATTACTGGGGACAGGATTCCAGCTCACAAAAGTGCAGTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTCACAGGAGGGAACTCTATAGACAACACTTCAGGAAGCTCTGCTATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTCACAGGAGGGAACTCTATAGACAACACTTCAGGAAGCTCTGCTATCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GATGCACCTGGACCCCGTGAAGCTCTTACCCAGCTGTGGGAGCTCTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GATGCACCTGGACCCCGTGAAGCTCTTACCCAGCTGTGGGAGCTCTGCCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCAGTGGCTGAGGCCAGAATGCCACACCAAGGAGCAGATTTTAGACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TCAGTGGCTGAGGCCAGAATGCCACACCAAGGAGCAGATTTTAGACCTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGTGCTAGAACAGTTCCTGAGCATTCTTCCTAAAGACCTGCAAGCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGGTGCTAGAACAGTTCCTGAGCATTCTTCCTAAAGACCTGCAAGCATGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTGCGTGCACACCATCCAGAGACTGGAGAGGAGGCAGTGACGGTACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTGCGTGCACACCATCCAGAGACTGGAGAGGAGGCAGTGACGGTACTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGATCTGGAGAGAGAGCTTGATGAACCTGGAAAGCAG         GTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100351 GGATCTGGAGAGAGAGCTTGATGAACCTGGAAAGCAGGTG...TAGGTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CAGGCAATTCAGAAAGACGGGACATACTCATGGACAAGTTGGCCCCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101344 CAGGCAATTCAGAAAGACGGGACATACTCATGGACAAGTTGGCCCCCTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GGAAGGCCATATGAATCACTGACTGTCCAGCTCCATCCCAAAAAGACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101394 GGAAGGCCATATGAATCACTGACTGTCCAGCTCCATCCCAAAAAGACCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GCTGGAGCAGGAAGCTGGGAAACCACAAAGGAATG         GTGATA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 101444 GCTGGAGCAGGAAGCTGGGAAACCACAAAGGAATGGTA...CAGGTGATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AAACTAGGACTAAGAATGAAGAGTTGTTCCAGAAGGAAGATATGCCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103993 AAACTAGGACTAAGAATGAAGAGTTGTTCCAGAAGGAAGATATGCCCAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GACAAGGAATTCCTTGGGGAGATAAATGACAGACTGAACAAAGATACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104043 GACAAGGAATTCCTTGGGGAGATAAATGACAGACTGAACAAAGATACTCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TCAGCATCCTAAGTCCAAAGATATTATTGAAAATGAGGGCAGATCAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104093 TCAGCATCCTAAGTCCAAAGATATTATTGAAAATGAGGGCAGATCAGAAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GGCAACAGAGGGAAAGAAGACGATATAAATGTGATGAATGTGGGAAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104143 GGCAACAGAGGGAAAGAAGACGATATAAATGTGATGAATGTGGGAAAAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TTCAGTCATAGCTCAGACCTTAGTAAACACAGGAGAACTCACACGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104193 TTCAGTCATAGCTCAGACCTTAGTAAACACAGGAGAACTCACACGGGAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GAAGCCCTATAAATGTGATGAGTGTGGAAAAGCCTTCATTCAGCGCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104243 GAAGCCCTATAAATGTGATGAGTGTGGAAAAGCCTTCATTCAGCGCTCAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 ATCTCATTGGACATCATAGAGTACACACGGGAGTAAAACCCTATAAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104293 ATCTCATTGGACATCATAGAGTACACACGGGAGTAAAACCCTATAAATGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 AAAGAATGTGGGAAAGACTTCAGTGGGCGCACAGGTCTTATTCAGCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104343 AAAGAATGTGGGAAAGACTTCAGTGGGCGCACAGGTCTTATTCAGCATCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GAGAATCCACACAGGTGAAAAACCCTATGAATGTGATGAGTGTGGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104393 GAGAATCCACACAGGTGAAAAACCCTATGAATGTGATGAGTGTGGAAGGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 CTTTCCGAGTAAGTTCAGCTCTTATTAGACATCAAAGAATTCATACCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104443 CTTTCCGAGTAAGTTCAGCTCTTATTAGACATCAAAGAATTCATACCGCA

   1050     .    :
   1033 AATAAACTCTAC
        ||||||||||||
 104493 AATAAACTCTAC