seq1 = pF1KB7675.tfa, 1023 bp
seq2 = pF1KB7675/gi568815584f_36562896.tfa (gi568815584f:36562896_36776449), 213554 bp

>pF1KB7675 1023
>gi568815584f:36562896_36776449 (Chr14)

1-631  (100000-100628)   99% ->
632-771  (103567-103706)   99% ->
772-1023  (113303-113554)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCCAGCCTTCGGGGAGGTGAACCAGCTGGGAGGAGTGTTCGTGAA
        |-|-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A G AGCCAGCCTTCGGGGAGGTGAACCAGCTGGGAGGAGTGTTCGTGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGGAGGCCGCTGCCCAACGCCATCCGGCTTCGCATCGTGGAACTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100048 CGGGAGGCCGCTGCCCAACGCCATCCGGCTTCGCATCGTGGAACTGGCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AACTGGGCATCCGACCGTGTGACATCAGCCGCCAGCTACGGGTCTCGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100098 AACTGGGCATCCGACCGTGTGACATCAGCCGCCAGCTACGGGTCTCGCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCTGCGTCAGCAAGATCCTGGCGCGATACAACGAGACGGGCTCGATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100148 GGCTGCGTCAGCAAGATCCTGGCGCGATACAACGAGACGGGCTCGATCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCCAGGAGCCATCGGGGGCAGCAAGCCCCGGGTCACTACCCCCACCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100198 GCCAGGAGCCATCGGGGGCAGCAAGCCCCGGGTCACTACCCCCACCGTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGAAACACATCCGGACCTACAAGCAGAGAGACCCCGGCATCTTCGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100248 TGAAACACATCCGGACCTACAAGCAGAGAGACCCCGGCATCTTCGCCTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAGATCCGGGACCGCCTGCTGGCGGACGGCGTGTGCGACAAGTACAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100298 GAGATCCGGGACCGCCTGCTGGCGGACGGCGTGTGCGACAAGTACAATGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCCCTCCGTGAGCTCCATCAGCCGCATTCTGCGCAACAAGATCGGCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100348 GCCCTCCGTGAGCTCCATCAGCCGCATTCTGCGCAACAAGATCGGCAACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGGCCCAGCAGGGTCATTACGACTCATACAAGCAGCACCAGCCGACGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100398 TGGCCCAGCAGGGTCATTACGACTCATACAAGCAGCACCAGCCGACGCCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CAGCCAGCGCTGCCCTACAACCACATCTACTCGTACCCCAGCCCTATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100448 CAGCCAGCGCTGCCCTACAACCACATCTACTCGTACCCCAGCCCTATCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGCGGCGGCCGCCAAGGTGCCCACGCCACCCGGGGTGCCTGCCATCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100498 GGCGGCGGCCGCCAAGGTGCCCACGCCACCCGGGGTGCCTGCCATCCCCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GTTCGGTGGCCATGCCGCGCACCTGGCCCTCCTCGCACTCCGTCACCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100548 GTTCGGTGGCCATGCCGCGCACCTGGCCCTCCTCGCACTCCGTCACCGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATCCTGGGCATCCGCTCCATCACCGACCAAG         TGAGCGACAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100598 ATCCTGGGCATCCGCTCCATCACCGACCAAGGTA...CAGTGAGCGACAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CTCCCCCTACCACAGCCCCAAGGTGGAGGAGTGGAGCAGCCTGGGCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103577 CTCCCCCTACCACAGCCCCAAGGTGGAGGAGTGGAGCAGCCTGGGCCGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 ACAACTTCCCCGCCGCCGCCCCGCATGCGGTGAACGGGTTGGAGAAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 103627 ACAACTTCCCCGCCGCCGCCCCGCACGCGGTGAACGGGTTGGAGAAGGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GCCCTGGAGCAGGAAGCCAAGTACGGTCAG         GCACCAAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 103677 GCCCTGGAGCAGGAAGCCAAGTACGGTCAGGTG...CAGGCACCAAATGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TCTCCCAGCTGTGGGCAGTTTTGTGTCAGCATCCAGCATGGCTCCTTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113314 TCTCCCAGCTGTGGGCAGTTTTGTGTCAGCATCCAGCATGGCTCCTTACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 CTACCCCAGCCCAAGTGTCGCCTTACATGACCTACAGTGCTGCTCCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113364 CTACCCCAGCCCAAGTGTCGCCTTACATGACCTACAGTGCTGCTCCTTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GGTTATGTTGCTGGACATGGGTGGCAACATGCTGGGGGCACCTCATTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113414 GGTTATGTTGCTGGACATGGGTGGCAACATGCTGGGGGCACCTCATTGTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 TCCCCACAACTGTGACATTCCGGCATCGCTGGCGTTCAAGGGAATGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113464 TCCCCACAACTGTGACATTCCGGCATCGCTGGCGTTCAAGGGAATGCAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :
    983 CAGCCAGAGAAGGTAGTCATTCTGTCACGGCTTCCGCGCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113514 CAGCCAGAGAAGGTAGTCATTCTGTCACGGCTTCCGCGCTC