seq1 = pF1KB7670.tfa, 1185 bp
seq2 = pF1KB7670/gi568815589f_126514450.tfa (gi568815589f:126514450_126796448), 281999 bp

>pF1KB7670 1185
>gi568815589f:126514450_126796448 (Chr9)

1-139  (100001-100139)   100% ->
140-326  (100934-101120)   100% ->
327-559  (176387-176619)   99% ->
560-741  (178693-178874)   99% ->
742-819  (179075-179152)   100% ->
820-886  (179297-179363)   100% ->
887-1030  (181390-181533)   100% ->
1031-1185  (181845-181999)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATATAGCAACAGGTCCCGAGTCGCTGGAGAGGTGCTTCCCTCGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATATAGCAACAGGTCCCGAGTCGCTGGAGAGGTGCTTCCCTCGCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGACGGACTGCGCCAAGATGTTGGACGGCATCAAGATGGAGGAGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAGACGGACTGCGCCAAGATGTTGGACGGCATCAAGATGGAGGAGCACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCTGCGCCCCGGGCCCGCCACTCTGGGGGTGCTGCTGG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100101 CCCTGCGCCCCGGGCCCGCCACTCTGGGGGTGCTGCTGGGTG...CAGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCCGACTGCCCGCATCCCGCCGTCTGCGAGGGCTGCCAGCGGCCCATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100936 TCCGACTGCCCGCATCCCGCCGTCTGCGAGGGCTGCCAGCGGCCCATCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGACCGCTTCCTGATGCGAGTCAACGAGTCGTCCTGGCACGAGGAGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100986 CGACCGCTTCCTGATGCGAGTCAACGAGTCGTCCTGGCACGAGGAGTGTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGCAGTGCGCGGCGTGTCAGCAAGCCCTCACCACCAGCTGCTACTTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101036 TGCAGTGCGCGGCGTGTCAGCAAGCCCTCACCACCAGCTGCTACTTCCGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GATCGGAAACTGTACTGCAAACAAGACTACCAACA         GCTCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 101086 GATCGGAAACTGTACTGCAAACAAGACTACCAACAGTA...CAGGCTCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CGCGGCCAAGTGCAGCGGCTGCATGGAGAAGATCGCCCCCACCGAGTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176393 CGCGGCCAAGTGCAGCGGCTGCATGGAGAAGATCGCCCCCACCGAGTTCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGATGCGGGCGCTGGAGTGCGTGTACCACCTGGGCTGCTTCTGCTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176443 TGATGCGGGCGCTGGAGTGCGTGTACCACCTGGGCTGCTTCTGCTGCTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTGTGTGAGCGGCAGCTACGCAAGGGCGACGAATTCGTGCTCAAGGAGGG
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176493 GTGTGTGAACGGCAGCTACGCAAGGGCGACGAATTCGTGCTCAAGGAGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCAGCTGCTGTGCAAGGGTGACTACGAGAAGGAGAAGGACCTGCTCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176543 CCAGCTGCTGTGCAAGGGTGACTACGAGAAGGAGAAGGACCTGCTCAGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CCGTGAGCCCCGACGAGTCCGACTCCG         TGAAGAGCGAGGAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 176593 CCGTGAGCCCCGACGAGTCCGACTCCGGTG...CAGTGAAGAGCGAGGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAAGATGGGGACATGAAGCCGGCCAAGGGGCAGGGCAGTCAGAGCAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178707 GAAGATGGGGACATGAAGCCGGCCAAGGGGCAGGGCAGTCAGAGCAAGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CAGCGGGGATGACGGGAAGGACCCGCGGAGGCCCAAGCGACCCCGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178757 CAGCGGGGATGACGGGAAGGACCCGCGGAGGCCCAAGCGACCCCGGACCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TCCTCACCACGCAGCAGCGAAGAGCCTTCAAGGCCTCCTTCGAGGTCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178807 TCCTCACCACGCAGCAGCGAAGAGCCTTCAAGGCCTCCTTCGAGGTCTCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TCCAAGCCTTGCCGAAAG         GTCCGAGAGACACTGGCAGCTGA
        || |||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 178857 TCGAAGCCTTGCCGAAAGGTG...CAGGTCCGAGAGACACTGGCAGCTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GACGGGCCTCAGTGTGCGCGTGGTCCAGGTCTGGTTTCAGAACCAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179098 GACGGGCCTCAGTGTGCGCGTGGTCCAGGTCTGGTTTCAGAACCAAAGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CAAAG         ATGAAGAAGCTGGCGCGGCGGCACCAGCAGCAGCAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179148 CAAAGGTA...CAGATGAAGAAGCTGGCGCGGCGGCACCAGCAGCAGCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GAGCAGCAGAACTCCCAGCGGCTGGGCCAGG         AGGTCCTGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 179333 GAGCAGCAGAACTCCCAGCGGCTGGGCCAGGGTG...CAGAGGTCCTGTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CAGCCGCATGGAGGGCATGATGGCTTCCTACACGCCGCTGGCCCCACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181400 CAGCCGCATGGAGGGCATGATGGCTTCCTACACGCCGCTGGCCCCACCAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGCAGCAGATCGTGGCCATGGAACAGAGCCCCTACGGCAGCAGCGACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181450 AGCAGCAGATCGTGGCCATGGAACAGAGCCCCTACGGCAGCAGCGACCCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TTCCAGCAGGGCCTCACGCCGCCCCAAATGCCAG         GGAACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 181500 TTCCAGCAGGGCCTCACGCCGCCCCAAATGCCAGGTG...CAGGGAACGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CTCCATCTTCCATGACATCGACAGCGATACCTCCTTAACCAGCCTCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181852 CTCCATCTTCCATGACATCGACAGCGATACCTCCTTAACCAGCCTCAGCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ACTGCTTCCTCGGCTCCTCAGACGTGGGCTCCCTGCAGGCCCGCGTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181902 ACTGCTTCCTCGGCTCCTCAGACGTGGGCTCCCTGCAGGCCCGCGTGGGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1138 AACCCCATCGACCGGCTCTACTCCATGCAGAGTTCCTACTTCGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181952 AACCCCATCGACCGGCTCTACTCCATGCAGAGTTCCTACTTCGCCTCC