seq1 = pF1KB7663.tfa, 1008 bp
seq2 = pF1KB7663/gi568815597f_184987554.tfa (gi568815597f:184987554_185200298), 212745 bp

>pF1KB7663 1008
>gi568815597f:184987554_185200298 (Chr1)

1-87  (100001-100087)   100% ->
88-248  (104026-104186)   100% ->
249-464  (105508-105723)   100% ->
465-737  (110519-110791)   100% ->
738-909  (112238-112409)   100% ->
910-1008  (112647-112745)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTCAGGCTGTGCAGACAAACGGAACTCAACCATTAAGCAAAACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTCAGGCTGTGCAGACAAACGGAACTCAACCATTAAGCAAAACATG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAACTCAGTTTATATGAGTTACAACGAACACCTCAG         GAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100051 GGAACTCAGTTTATATGAGTTACAACGAACACCTCAGGTA...CAGGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAATAACAGATGGCTTAGAAATTGTGGTTTCACCTCGAAGTCTACACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104030 CAATAACAGATGGCTTAGAAATTGTGGTTTCACCTCGAAGTCTACACAGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAATTAATGTGCCCAATTTGTTTGGATATGTTGAAGAACACCATGACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104080 GAATTAATGTGCCCAATTTGTTTGGATATGTTGAAGAACACCATGACTAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAAGGAGTGTTTACATCGTTTTTGTGCAGACTGCATCATCACAGCCCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104130 AAAGGAGTGTTTACATCGTTTTTGTGCAGACTGCATCATCACAGCCCTTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GAAGTGG         CAACAAAGAATGTCCTACCTGTCGGAAAAAACTA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104180 GAAGTGGGTA...TAGCAACAAAGAATGTCCTACCTGTCGGAAAAAACTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTTTCCAAAAGATCACTAAGGCCAGACCCAAACTTTGATGCACTCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105542 GTTTCCAAAAGATCACTAAGGCCAGACCCAAACTTTGATGCACTCATCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAAAATTTATCCAAGTCGTGATGAGTATGAAGCTCATCAAGAGAGAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105592 CAAAATTTATCCAAGTCGTGATGAGTATGAAGCTCATCAAGAGAGAGTAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TAGCCAGGATCAACAAGCACAATAATCAGCAAGCACTCAGTCACAGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105642 TAGCCAGGATCAACAAGCACAATAATCAGCAAGCACTCAGTCACAGCATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAGGAAGGACTGAAGATACAGGCCATGAACAG         ACTGCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 105692 GAGGAAGGACTGAAGATACAGGCCATGAACAGGTA...TAGACTGCAGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGGCAAGAAACAACAGATTGAAAATGGTAGTGGAGCAGAAGATAATGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110528 AGGCAAGAAACAACAGATTGAAAATGGTAGTGGAGCAGAAGATAATGGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACAGTTCACACTGCAGTAATGCATCCACACATAGCAATCAGGAAGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110578 ACAGTTCACACTGCAGTAATGCATCCACACATAGCAATCAGGAAGCAGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CCTAGTAACAAACGGACCAAAACATCTGATGATTCTGGGCTAGAGCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110628 CCTAGTAACAAACGGACCAAAACATCTGATGATTCTGGGCTAGAGCTTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TAATAACAATGCAGCAATGGCAATTGATCCAGTAATGGATGGTGCTAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110678 TAATAACAATGCAGCAATGGCAATTGATCCAGTAATGGATGGTGCTAGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AAATTGAATTAGTATTCAGGCCTCATCCCACACTTATGGAAAAAGATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110728 AAATTGAATTAGTATTCAGGCCTCATCCCACACTTATGGAAAAAGATGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AGTGCACAGACGAG         ATACATAAAGACTTCTGGTAACGCCAC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 110778 AGTGCACAGACGAGGTA...TAGATACATAAAGACTTCTGGTAACGCCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TGTTGATCACTTATCCAAGTATCTGGCTGTGAGGTTAGCTTTAGAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112265 TGTTGATCACTTATCCAAGTATCTGGCTGTGAGGTTAGCTTTAGAAGAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TTCGAAGCAAAGGTGAATCAAACCAGATGAACCTTGATACAGCCAGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112315 TTCGAAGCAAAGGTGAATCAAACCAGATGAACCTTGATACAGCCAGTGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 AAGCAGTATACCATTTATATAGCAACAGCCAGTGGCCAGTTCACT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 112365 AAGCAGTATACCATTTATATAGCAACAGCCAGTGGCCAGTTCACTGTG..

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    910     GTATTAAATGGCTCTTTTTCTTTGGAATTGGTCAGTGAGAAATACT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112415 .TAGGTATTAAATGGCTCTTTTTCTTTGGAATTGGTCAGTGAGAAATACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GGAAAGTGAACAAACCCATGGAACTTTATTACGCACCTACAAAGGAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112693 GGAAAGTGAACAAACCCATGGAACTTTATTACGCACCTACAAAGGAGCAC

   1050 
   1006 AAA
        |||
 112743 AAA