seq1 = pF1KB7654.tfa, 1113 bp
seq2 = pF1KB7654/gi568815589f_35632773.tfa (gi568815589f:35632773_35836723), 203951 bp

>pF1KB7654 1113
>gi568815589f:35632773_35836723 (Chr9)

1-129  (100001-100129)   100% ->
130-277  (100224-100371)   100% ->
278-345  (100443-100510)   100% ->
346-435  (100624-100713)   100% ->
436-542  (102337-102443)   100% ->
543-611  (102534-102602)   100% ->
612-696  (103276-103360)   100% ->
697-781  (103455-103539)   100% ->
782-1113  (103620-103951)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCTGGAATTGGATGCTGGTGACCAAGACCTGCTGGCCTTCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCTGGAATTGGATGCTGGTGACCAAGACCTGCTGGCCTTCCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAGGAAAGTGGAGATTTGGGGACGGCACCCGATGAGGCCGTGAGGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGAGGAAAGTGGAGATTTGGGGACGGCACCCGATGAGGCCGTGAGGGCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CACTGGACTGGGCGCTGCCGCTTTCTGAG         GTACCGAGCGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100101 CACTGGACTGGGCGCTGCCGCTTTCTGAGGTA...CAGGTACCGAGCGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGGGAAGTAGATGATTTGCTGTGCTCCCTGCTGAGTCCCCCAGCGTCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100236 TGGGAAGTAGATGATTTGCTGTGCTCCCTGCTGAGTCCCCCAGCGTCGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAACATTCTCAGCTCCTCCAACCCCTGCCTTGTCCACCATGACCACACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100286 GAACATTCTCAGCTCCTCCAACCCCTGCCTTGTCCACCATGACCACACCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACTCCCTCCCACGGGAAACTGTCTCTATGGATCTAG         AGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100336 ACTCCCTCCCACGGGAAACTGTCTCTATGGATCTAGGTG...CAGAGAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGAGCTGTAGAAAAGAGGGGACCCAGATGACTCCACAGCATATGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100448 GAGAGCTGTAGAAAAGAGGGGACCCAGATGACTCCACAGCATATGGAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCTGGCAGAGCAG         GAGATTGCTAGGCTAGTACTGACAGATG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100498 GCTGGCAGAGCAGGTA...TAGGAGATTGCTAGGCTAGTACTGACAGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGGAGAAGAGTCTATTGGAGAAGGAGGGGCTTATTCTGCCTGAGACACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100652 AGGAGAAGAGTCTATTGGAGAAGGAGGGGCTTATTCTGCCTGAGACACTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCTCTCACTAAG         ACAGAGGAACAAATTCTGAAACGTGTGCG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100702 CCTCTCACTAAGGTA...CAGACAGAGGAACAAATTCTGAAACGTGTGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GAGGAAGATTCGAAATAAAAGATCTGCTCAAGAGAGCCGCAGGAAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102366 GAGGAAGATTCGAAATAAAAGATCTGCTCAAGAGAGCCGCAGGAAAAAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGGTGTATGTTGGGGGTTTAGAGAGCAG         GGTCTTGAAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 102416 AGGTGTATGTTGGGGGTTTAGAGAGCAGGTA...CAGGGTCTTGAAATAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ACAGCCCAGAATATGGAGCTTCAGAACAAAGTACAGCTTCTGGAGGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102547 ACAGCCCAGAATATGGAGCTTCAGAACAAAGTACAGCTTCTGGAGGAACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GAATTT         GTCCCTTCTAGATCAACTGAGGAAACTCCAGGCCA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102597 GAATTTGTA...TAGGTCCCTTCTAGATCAACTGAGGAAACTCCAGGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGGTGATTGAGATATCAAACAAAACCAGCAGCAGCAGCACCTGCATCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103311 TGGTGATTGAGATATCAAACAAAACCAGCAGCAGCAGCACCTGCATCTTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697          GTCCTACTAGTCTCCTTCTGCCTCCTCCTTGTACCTGCTAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103361 GTG...TAGGTCCTACTAGTCTCCTTCTGCCTCCTCCTTGTACCTGCTAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GTACTCCTCTGACACAAGGGGGAGCCTGCCAGCTGAGCATGGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 103496 GTACTCCTCTGACACAAGGGGGAGCCTGCCAGCTGAGCATGGAGGTA...

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    782    TGTTGTCCCGCCAGCTTCGTGCCCTCCCCAGTGAGGACCCTTACCAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103617 CAGTGTTGTCCCGCCAGCTTCGTGCCCTCCCCAGTGAGGACCCTTACCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CTGGAGCTGCCTGCCCTGCAGTCAGAAGTGCCGAAAGACAGCACACACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103667 CTGGAGCTGCCTGCCCTGCAGTCAGAAGTGCCGAAAGACAGCACACACCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GTGGTTGGACGGCTCAGACTGTGTACTCCAGGCCCCTGGCAACACTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103717 GTGGTTGGACGGCTCAGACTGTGTACTCCAGGCCCCTGGCAACACTTCCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GCCTGCTGCATTACATGCCTCAGGCTCCCAGTGCAGAGCCTCCCCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103767 GCCTGCTGCATTACATGCCTCAGGCTCCCAGTGCAGAGCCTCCCCTGGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TGGCCATTCCCTGACCTCTTCTCAGAGCCTCTCTGCCGAGGTCCCATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103817 TGGCCATTCCCTGACCTCTTCTCAGAGCCTCTCTGCCGAGGTCCCATCCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CCCCCTGCAGGCAAATCTCACAAGGAAGGGAGGATGGCTTCCTACTGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103867 CCCCCTGCAGGCAAATCTCACAAGGAAGGGAGGATGGCTTCCTACTGGTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .
   1079 GCCCCTCTGTCATTTTGCAGGACAGATACTCAGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103917 GCCCCTCTGTCATTTTGCAGGACAGATACTCAGGC