seq1 = pF1KB7653.tfa, 1002 bp
seq2 = pF1KB7653/gi568815577r_43429757.tfa (gi568815577r:43429757_43756738), 326982 bp

>pF1KB7653 1002
>gi568815577r:43429757_43756738 (Chr21)

(complement)

1-36  (98643-98678)   100% ->
37-187  (100002-100152)   100% ->
188-291  (112347-112450)   100% ->
292-441  (123318-123467)   100% ->
442-574  (126285-126417)   100% ->
575-692  (142792-142909)   100% ->
693-796  (164411-164514)   100% ->
797-1002  (226777-226982)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCGAAGCGGGCGCCGCTGAGGAGGCCTGCCGG         CACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
  98643 ATGGGCGAAGCGGGCGCCGCTGAGGAGGCCTGCCGGGTT...TAGCACAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GGGAACTAAAGAGGAATTTGTTAAAGTCAGAAAGAAGGATCTGGAACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100007 GGGAACTAAAGAGGAATTTGTTAAAGTCAGAAAGAAGGATCTGGAACGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGACAACTGAAGTGATGCAAATACGGGACTTCTTACCCAGAATACTAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100057 TGACAACTGAAGTGATGCAAATACGGGACTTCTTACCCAGAATACTAAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGGGAGGTGCTGGAGAGCTTCCAGAAATTAAAGATTGTAGAAAAAA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100107 GGGGAGGTGCTGGAGAGCTTCCAGAAATTAAAGATTGTAGAAAAAAGTG.

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    188      ACCTGGAAAGGAAAGAGCAAGAATTAGAGCAGCTGAAAATGGATT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100157 ..TAGACCTGGAAAGGAAAGAGCAAGAATTAGAGCAGCTGAAAATGGATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTGAGCACTTTAAAGCCCGCCTGGAAACCGTGCAGGCCGACAACATAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112392 GTGAGCACTTTAAAGCCCGCCTGGAAACCGTGCAGGCCGACAACATAAGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGAAGAAG         GAGAAACTGGCTCTTCGACAGCAGTTGAATGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 112442 GAGAAGAAGGTA...TAGGAGAAACTGGCTCTTCGACAGCAGTTGAATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGCGAAGCAGCAACTCCTGCAGCAGGCAGAGTATTGTACAGAAATGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123350 AGCGAAGCAGCAACTCCTGCAGCAGGCAGAGTATTGTACAGAAATGGGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CAGCAGCGTGTACCCTCTTGTGGGGTGTCTCCAGCAGTGAGGAAGTCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123400 CAGCAGCGTGTACCCTCTTGTGGGGTGTCTCCAGCAGTGAGGAAGTCGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAGGCCATTTTGGGAGGA         GATAAAGCTTTGAAGTTTTTCAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 123450 AAGGCCATTTTGGGAGGAGTA...CAGGATAAAGCTTTGAAGTTTTTCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CATCACTGGTCAAACAATGGAGAGTTTTGTGAAGTCGTTAGACGGTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126308 CATCACTGGTCAAACAATGGAGAGTTTTGTGAAGTCGTTAGACGGTGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCCAGGAGCTGGATTCGGATGAAAGTCAGTTTGTTTTCGCTCTGGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126358 TCCAGGAGCTGGATTCGGATGAAAGTCAGTTTGTTTTCGCTCTGGCTGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATTGTCACGA         ATGTTGCTGCTATAGCATGTGGTCGTGAATT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 126408 ATTGTCACGAGTA...CAGATGTTGCTGCTATAGCATGTGGTCGTGAATT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CTTGGTTAATTCAAGCCGGGTGCTCTTGGACACCATATTGCAGCTTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142823 CTTGGTTAATTCAAGCCGGGTGCTCTTGGACACCATATTGCAGCTTCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GAGACTTGAAGCCAGGACAGTGTACCAAACTCAAAGT         GCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 142873 GAGACTTGAAGCCAGGACAGTGTACCAAACTCAAAGTGTA...CAGGCTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ATGCTGATGTCCCTATACAATGTAAGCATCAATTTGAAAGGCTTGAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164415 ATGCTGATGTCCCTATACAATGTAAGCATCAATTTGAAAGGCTTGAAATA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CATCAGCGAGAGTCCAGGATTCATCCCTTTGCTGTGGTGGCTTTTGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164465 CATCAGCGAGAGTCCAGGATTCATCCCTTTGCTGTGGTGGCTTTTGAGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797          ATCCAGATGCAGAGGTGTGCCTTCATGTACTGAGGCTTGTC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164515 GTA...TAGATCCAGATGCAGAGGTGTGCCTTCATGTACTGAGGCTTGTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CAGTCTGTGGTTCTGGAACCTGAAGTCTTCTCCAAGTCGGCCTCTGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226818 CAGTCTGTGGTTCTGGAACCTGAAGTCTTCTCCAAGTCGGCCTCTGAGTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CCGGAGCTCCCTGCCCCTGCAACGCATCCTGGCAATGTCCAAGAGCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226868 CCGGAGCTCCCTGCCCCTGCAACGCATCCTGGCAATGTCCAAGAGCCGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACCCCCGCCTGCAAACCGCAGCCCAGGAGCTCCTGGAAGATCTCCGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226918 ACCCCCGCCTGCAAACCGCAGCCCAGGAGCTCCTGGAAGATCTCCGCACT

   1050     .    :    .
    988 CTGGAGCATAATGTG
        |||||||||||||||
 226968 CTGGAGCATAATGTG