seq1 = pF1KB7644.tfa, 1170 bp
seq2 = pF1KB7644/gi568815597f_180130530.tfa (gi568815597f:180130530_180374576), 244047 bp

>pF1KB7644 1170
>gi568815597f:180130530_180374576 (Chr1)

1-76  (100001-100076)   100% ->
77-248  (117756-117927)   100% ->
249-451  (135863-136065)   100% ->
452-606  (140851-141005)   100% ->
607-778  (141306-141477)   100% ->
779-1170  (143656-144047)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGCAGAGTGCGACTGTCCCCGCGGAAGGGGCTGTCAAGGGGCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATGCAGAGTGCGACTGTCCCCGCGGAAGGGGCTGTCAAGGGGCTCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGATGCTAGGTGTGCCGATGCAAC         AGATTCCCCAGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100051 GGAGATGCTAGGTGTGCCGATGCAACGTA...CAGAGATTCCCCAGTGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTGGCTGCAACCAGCACATCCTGGACAAGTTCATCCTGAAGGTCCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117771 CTGGCTGCAACCAGCACATCCTGGACAAGTTCATCCTGAAGGTCCTGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGACACTGGCACAGCTCCTGCCTCAAGTGTGCAGACTGCCAGATGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117821 AGACACTGGCACAGCTCCTGCCTCAAGTGTGCAGACTGCCAGATGCAGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCGGACAGGTGCTTCTCCAGGGCTGGGAGCGTCTACTGCAAGGAGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117871 GGCGGACAGGTGCTTCTCCAGGGCTGGGAGCGTCTACTGCAAGGAGGACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCTTCAA         GCGCTTCGGCACAAAATGCACGGCCTGCCAGCAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117921 TCTTCAAGTA...CAGGCGCTTCGGCACAAAATGCACGGCCTGCCAGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGTATCCCCCCAACCCAGGTGGTCCGCAAGGCCCAGGACTTTGTCTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135897 GGTATCCCCCCAACCCAGGTGGTCCGCAAGGCCCAGGACTTTGTCTACCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCTGCACTGCTTTGCTTGCATCATCTGCAACCGGCAGCTGGCCACGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135947 CCTGCACTGCTTTGCTTGCATCATCTGCAACCGGCAGCTGGCCACGGGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACGAATTCTACCTCATGGAGGACGGGCGGCTGGTGTGCAAGGAAGACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135997 ACGAATTCTACCTCATGGAGGACGGGCGGCTGGTGTGCAAGGAAGACTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAGACAGCCAAGCAGAACG         ATGACTCAGAGGCTGGAGCTAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 136047 GAGACAGCCAAGCAGAACGGTA...CAGATGACTCAGAGGCTGGAGCTAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCGGCCCCGGACCACCATCACAGCCAAGCAGCTGGAGACATTAAAGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140873 GCGGCCCCGGACCACCATCACAGCCAAGCAGCTGGAGACATTAAAGAATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CATACAAGAACTCCCCCAAGCCTGCCCGGCACGTGAGGGAGCAGCTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140923 CATACAAGAACTCCCCCAAGCCTGCCCGGCACGTGAGGGAGCAGCTGTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TCAGAGACAGGCCTGGACATGAGGGTCGTACAG         GTTTGGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 140973 TCAGAGACAGGCCTGGACATGAGGGTCGTACAGGTG...CAGGTTTGGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TCAGAACAGAAGGGCCAAAGAGAAACGCCTGAAGAAGGATGCAGGGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141314 TCAGAACAGAAGGGCCAAAGAGAAACGCCTGAAGAAGGATGCAGGGCGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACCGCTGGGGGCAGTTCTATAAGAGCGTCAAGAGGAGCCGGGGCAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141364 ACCGCTGGGGGCAGTTCTATAAGAGCGTCAAGAGGAGCCGGGGCAGCAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AAGCAGGAGAAGGAGAGCTCTGCAGAGGACTGTGGGGTTAGTGACAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141414 AAGCAGGAGAAGGAGAGCTCTGCAGAGGACTGTGGGGTTAGTGACAGTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GCTGAGCTTCCGAG         AGGATCAAATTCTCTCAGAACTTGGCC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 141464 GCTGAGCTTCCGAGGTG...CAGAGGATCAAATTCTCTCAGAACTTGGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ACACCAATAGGATTTATGGCAACGTGGGGGACGTTACAGGCGGACAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143683 ACACCAATAGGATTTATGGCAACGTGGGGGACGTTACAGGCGGACAGTTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ATGAATGGGAGCTTCTCCATGGACGGGACAGGACAATCCTATCAGGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143733 ATGAATGGGAGCTTCTCCATGGACGGGACAGGACAATCCTATCAGGACTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GAGGGATGGGAGCCCCTATGGAATCCCCCAGTCTCCATCCTCCATATCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143783 GAGGGATGGGAGCCCCTATGGAATCCCCCAGTCTCCATCCTCCATATCGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CCCTGCCATCCCACGCTCCTTTGCTCAATGGGCTGGATTACACGGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143833 CCCTGCCATCCCACGCTCCTTTGCTCAATGGGCTGGATTACACGGTGGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 AGTAATTTGGGCATCATTGCGCATGCAGGGCAGGGAGTAAGCCAGACGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143883 AGTAATTTGGGCATCATTGCGCATGCAGGGCAGGGAGTAAGCCAGACGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GAGAGCCATGGCTGGGGGACCCACCTCTGACATCTCCACAGGAAGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143933 GAGAGCCATGGCTGGGGGACCCACCTCTGACATCTCCACAGGAAGCAGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TAGGCTATCCCGACTTTCCAACTAGCCCAGGCTCTTGGCTCGATGAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143983 TAGGCTATCCCGACTTTCCAACTAGCCCAGGCTCTTGGCTCGATGAAATG

   1200     .    :    .
   1156 GATCATCCTCCTTTT
        |||||||||||||||
 144033 GATCATCCTCCTTTT