seq1 = pF1KB7643.tfa, 897 bp
seq2 = pF1KB7643/gi568815595r_44826692.tfa (gi568815595r:44826692_45059436), 232745 bp

>pF1KB7643 897
>gi568815595r:44826692_45059436 (Chr3)

(complement)

1-306  (100001-100306)   100% ->
307-431  (114145-114269)   100% ->
432-528  (125453-125549)   100% ->
529-610  (126238-126319)   100% ->
611-741  (130001-130131)   100% ->
742-897  (132590-132745)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGCTTATCCCCACCCACCACTTCCGAAACATTGAGCGGAAACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATGCTTATCCCCACCCACCACTTCCGAAACATTGAGCGGAAACCAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATACCTCCAGCCAGAGAAGTGTGTCCCACCCCCCTACCCTGGTCCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATACCTCCAGCCAGAGAAGTGTGTCCCACCCCCCTACCCTGGTCCTGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GAACCATGTGGTTTATCCGTGACGGCTGTGGCATCGCCTGTGCCATCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GAACCATGTGGTTTATCCGTGACGGCTGTGGCATCGCCTGTGCCATCGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACCTGGTTTCTGGTCCTCTATGCGGAGTTCGTGGTCCTCTTTGTCATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACCTGGTTTCTGGTCCTCTATGCGGAGTTCGTGGTCCTCTTTGTCATGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GATTCCATCTCGAGACTACGTGTATAGCATCATCAACGGAATTGTGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GATTCCATCTCGAGACTACGTGTATAGCATCATCAACGGAATTGTGTTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACCTGCTGGCCTTCTTGGCCCTGGCCTCCCACTGCCGGGCCATGCTGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACCTGCTGGCCTTCTTGGCCCTGGCCTCCCACTGCCGGGCCATGCTGACG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GACCCC         GGGGCAGTGCCCAAAGGAAATGCCACTAAAGAATT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GACCCCGTG...CAGGGGGCAGTGCCCAAAGGAAATGCCACTAAAGAATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CATCGAGAGTTTACAGTTGAAGCCTGGGCAGGTGGTGTACAAGTGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114180 CATCGAGAGTTTACAGTTGAAGCCTGGGCAGGTGGTGTACAAGTGCCCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AATGCTGCAGCATCAAGCCCGACCGAGCCCACCACTGCAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 114230 AATGCTGCAGCATCAAGCCCGACCGAGCCCACCACTGCAGGTA...CAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTTTGTAAGCGGTGCATTCGGAAGATGGACCACCACTGTCCCTGGGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125454 GTTTGTAAGCGGTGCATTCGGAAGATGGACCACCACTGTCCCTGGGTCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CAACTGTGTAGGCGAGAACAACCAGAAGTACTTCGTCCTGTTTACA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 125504 CAACTGTGTAGGCGAGAACAACCAGAAGTACTTCGTCCTGTTTACAGTA.

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    529      ATGTACATAGCTCTCATTTCCTTGCACGCCCTCATCATGGTGGGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125554 ..CAGATGTACATAGCTCTCATTTCCTTGCACGCCCTCATCATGGTGGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TTCCACTTCCTGCATTGCTTTGAAGAAGATTGGACAA         AGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 126283 TTCCACTTCCTGCATTGCTTTGAAGAAGATTGGACAAGTG...CAGAGTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAGCTCCTTCTCTCCACCCACCACAGTGATTCTCCTTATCCTGCTGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130005 CAGCTCCTTCTCTCCACCCACCACAGTGATTCTCCTTATCCTGCTGTGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TTGAGGGCCTGCTCTTCCTCATTTTCACATCAGTGATGTTTGGGACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130055 TTGAGGGCCTGCTCTTCCTCATTTTCACATCAGTGATGTTTGGGACCCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GTGCACTCCATCTGCACAGATGAGACG         GGAATAGAACAATT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 130105 GTGCACTCCATCTGCACAGATGAGACGGTA...CAGGGAATAGAACAATT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GAAAAAGGAAGAGAGAAGATGGGCTAAAAAAACAAAATGGATGAACATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132604 GAAAAAGGAAGAGAGAAGATGGGCTAAAAAAACAAAATGGATGAACATGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AAGCCGTTTTTGGCCACCCCTTCTCTCTAGGCTGGGCCAGCCCCTTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132654 AAGCCGTTTTTGGCCACCCCTTCTCTCTAGGCTGGGCCAGCCCCTTTGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ACGCCAGACCAAGGGAAGGCAGACCCGTACCAGTATGTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132704 ACGCCAGACCAAGGGAAGGCAGACCCGTACCAGTATGTGGTC