seq1 = pF1KB7642.tfa, 1161 bp
seq2 = pF1KB7642/gi568815597r_90612315.tfa (gi568815597r:90612315_90817195), 204881 bp

>pF1KB7642 1161
>gi568815597r:90612315_90817195 (Chr1)

(complement)

1-625  (100001-100625)   100% ->
626-851  (102440-102665)   100% ->
852-1161  (104572-104881)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACAATGGAAGGGGCCAGCGGGTCGAGTTTTGGAATAGACACGATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACAATGGAAGGGGCCAGCGGGTCGAGTTTTGGAATAGACACGATTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTCCAGTGCCAGTTCAGGCAGCCCAGGCATGATGAATGGAGATTTCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTCCAGTGCCAGTTCAGGCAGCCCAGGCATGATGAATGGAGATTTCCGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCTCGGTGAGGCCAGGACCGCGGATTTTAGGAGTCAGGCCACCCCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGCTCGGTGAGGCCAGGACCGCGGATTTTAGGAGTCAGGCCACCCCATCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCCTGTTCGGAGATTGATACCGTAGGGACGGCGCCTTCTTCTCCTATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCCTGTTCGGAGATTGATACCGTAGGGACGGCGCCTTCTTCTCCTATCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGTCACCATGGAGCCCCCGGAGCCGCATCTGGTAGCAGACGCGACCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGTCACCATGGAGCCCCCGGAGCCGCATCTGGTAGCAGACGCGACCCAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATCATCACCACCTCCACCACAGCCAGCAGCCGCCGCCGCCGGCCGCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ATCATCACCACCTCCACCACAGCCAGCAGCCGCCGCCGCCGGCCGCGGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCGACGCAAAGTTTGCAGCCTTTGCCCCAACAGCAGCAGCCGCTGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCGACGCAAAGTTTGCAGCCTTTGCCCCAACAGCAGCAGCCGCTGCCGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ACAGCAGCCGCCGCCGCCGCCCCCCCAGCAGCTGGGCTCGGCCGCCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ACAGCAGCCGCCGCCGCCGCCCCCCCAGCAGCTGGGCTCGGCCGCCTCGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCCCCAGGACTTCCACGTCTTCTTTTTTAATTAAGGACATCTTGGGCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCCCCAGGACTTCCACGTCTTCTTTTTTAATTAAGGACATCTTGGGCGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AGCAAACCTCTGGCGGCATGTGCACCCTACAGCACCAGCGTATCCTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AGCAAACCTCTGGCGGCATGTGCACCCTACAGCACCAGCGTATCCTCTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCACCACACCCCGAAGCAGGAGAGCAACGCAGTGCACGAGAGCTTCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCACCACACCCCGAAGCAGGAGAGCAACGCAGTGCACGAGAGCTTCAGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CAAAGCTCGAGCAGGAGGACAGCAAGACCAAACTCGACAAGCGGGAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CAAAGCTCGAGCAGGAGGACAGCAAGACCAAACTCGACAAGCGGGAGGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TCCCAGAGCGACATCAAATGCCACG         GGACAAAGGAGGAAGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100601 TCCCAGAGCGACATCAAATGCCACGGTG...TAGGGACAAAGGAGGAAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 AGACCGGGAGATTACGAGTAGCCGTGAGAGTCCCCCTGTGAGAGCCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102456 AGACCGGGAGATTACGAGTAGCCGTGAGAGTCCCCCTGTGAGAGCCAAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AGCCTCGAAAAGCAAGGACAGCTTTTTCCGACCACCAGCTCAATCAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102506 AGCCTCGAAAAGCAAGGACAGCTTTTTCCGACCACCAGCTCAATCAACTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GAGCGTAGCTTTGAGCGGCAGAAGTACCTGAGCGTGCAGGATCGCATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102556 GAGCGTAGCTTTGAGCGGCAGAAGTACCTGAGCGTGCAGGATCGCATGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CCTGGCTGCAGCGCTCAACCTCACTGACACCCAAGTCAAGACCTGGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102606 CCTGGCTGCAGCGCTCAACCTCACTGACACCCAAGTCAAGACCTGGTACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 AGAACCGCAG         GACCAAGTGGAAGCGGCAGACAGCGGTGGGC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 102656 AGAACCGCAGGTA...CAGGACCAAGTGGAAGCGGCAGACAGCGGTGGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CTGGAGTTGCTGGCCGAGGCAGGGAACTACTCGGCGCTGCAGAGGATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104603 CTGGAGTTGCTGGCCGAGGCAGGGAACTACTCGGCGCTGCAGAGGATGTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 TCCATCGCCTTATTTCTATCACCCAAGCCTGCTGGGCAGCATGGACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104653 TCCATCGCCTTATTTCTATCACCCAAGCCTGCTGGGCAGCATGGACAGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 CTACGGCGGCGGCGGCTGCCGCTGCCATGTACAGCAGCATGTACCGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104703 CTACGGCGGCGGCGGCTGCCGCTGCCATGTACAGCAGCATGTACCGGACT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 CCTCCAGCACCCCATCCCCAGCTGCAGCGGCCCCTGGTGCCCCGTGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104753 CCTCCAGCACCCCATCCCCAGCTGCAGCGGCCCCTGGTGCCCCGTGTGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CATCCACGGCCTAGGGCCTGGGGGACAGCCAGCCCTTAATCCATTGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104803 CATCCACGGCCTAGGGCCTGGGGGACAGCCAGCCCTTAATCCATTGTCCA

   1150     .    :    .    :    .
   1133 GCCCCATCCCAGGCACCCCACACCCCCGG
        |||||||||||||||||||||||||||||
 104853 GCCCCATCCCAGGCACCCCACACCCCCGG