seq1 = pF1KB7631.tfa, 960 bp
seq2 = pF1KB7631/gi568815587f_17619783.tfa (gi568815587f:17619783_17821505), 201723 bp

>pF1KB7631 960
>gi568815587f:17619783_17821505 (Chr11)

1-630  (100001-100630)   100% ->
631-709  (101120-101198)   100% ->
710-960  (101473-101723)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCTACTGTCGCCACCGCTCCGCGACGTAGACCTGACGGCCCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCTACTGTCGCCACCGCTCCGCGACGTAGACCTGACGGCCCCCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGCTCTCTCTGCTCCTTTGCCACAACGGACGACTTCTATGACGACCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGCTCTCTCTGCTCCTTTGCCACAACGGACGACTTCTATGACGACCCGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTTTCGACTCCCCGGACCTGCGCTTCTTCGAAGACCTGGACCCGCGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTTTCGACTCCCCGGACCTGCGCTTCTTCGAAGACCTGGACCCGCGCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATGCACGTGGGCGCGCTCCTGAAACCCGAAGAGCACTCGCACTTCCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATGCACGTGGGCGCGCTCCTGAAACCCGAAGAGCACTCGCACTTCCCCGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCGGTGCACCCGGCCCCGGGCGCACGTGAGGACGAGCATGTGCGCGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGCGGTGCACCCGGCCCCGGGCGCACGTGAGGACGAGCATGTGCGCGCGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCAGCGGGCACCACCAGGCGGGCCGCTGCCTACTGTGGGCCTGCAAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCAGCGGGCACCACCAGGCGGGCCGCTGCCTACTGTGGGCCTGCAAGGCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TGCAAGCGCAAGACCACCAACGCCGACCGCCGCAAGGCCGCCACCATGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TGCAAGCGCAAGACCACCAACGCCGACCGCCGCAAGGCCGCCACCATGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGAGCGGCGCCGCCTGAGCAAAGTAAATGAGGCCTTTGAGACACTCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGAGCGGCGCCGCCTGAGCAAAGTAAATGAGGCCTTTGAGACACTCAAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCTGCACGTCGAGCAATCCAAACCAGCGGTTGCCCAAGGTGGAGATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCTGCACGTCGAGCAATCCAAACCAGCGGTTGCCCAAGGTGGAGATCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CGCAACGCCATCCGCTATATCGAGGGCCTGCAGGCTCTGCTGCGCGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CGCAACGCCATCCGCTATATCGAGGGCCTGCAGGCTCTGCTGCGCGACCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGACGCCGCGCCCCCTGGCGCCGCAGCCGCCTTCTATGCGCCGGGCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGACGCCGCGCCCCCTGGCGCCGCAGCCGCCTTCTATGCGCCGGGCCCGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGCCCCCGGGCCGCGGCGGCGAGCACTACAGCGGCGACTCCGACGCGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGCCCCCGGGCCGCGGCGGCGAGCACTACAGCGGCGACTCCGACGCGTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AGCCCGCGCTCCAACTGCTCCGACGGCATG         ATGGACTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100601 AGCCCGCGCTCCAACTGCTCCGACGGCATGGTA...CAGATGGACTACAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CGGCCCCCCGAGCGGCGCCCGGCGGCGGAACTGCTACGAAGGCGCCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101131 CGGCCCCCCGAGCGGCGCCCGGCGGCGGAACTGCTACGAAGGCGCCTACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 ACAACGAGGCGCCCAGCG         AACCCAGGCCCGGGAAGAGTGCG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 101181 ACAACGAGGCGCCCAGCGGTG...CAGAACCCAGGCCCGGGAAGAGTGCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GCGGTGTCGAGCCTAGACTGCCTGTCCAGCATCGTGGAGCGCATCTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101496 GCGGTGTCGAGCCTAGACTGCCTGTCCAGCATCGTGGAGCGCATCTCCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CGAGAGCCCTGCGGCGCCCGCCCTCCTGCTGGCGGACGTGCCTTCTGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101546 CGAGAGCCCTGCGGCGCCCGCCCTCCTGCTGGCGGACGTGCCTTCTGAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 CGCCTCCGCGCAGGCAAGAGGCTGCCGCCCCCAGCGAGGGAGAGAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101596 CGCCTCCGCGCAGGCAAGAGGCTGCCGCCCCCAGCGAGGGAGAGAGCAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GGCGACCCCACCCAGTCACCGGACGCCGCCCCGCAGTGCCCTGCGGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101646 GGCGACCCCACCCAGTCACCGGACGCCGCCCCGCAGTGCCCTGCGGGTGC

    950     .    :    .    :    .
    933 GAACCCCAACCCGATATACCAGGTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||
 101696 GAACCCCAACCCGATATACCAGGTGCTC