seq1 = pF1KB7625.tfa, 948 bp
seq2 = pF1KB7625/gi568815578f_18367507.tfa (gi568815578f:18367507_18583555), 216049 bp

>pF1KB7625 948
>gi568815578f:18367507_18583555 (Chr20)

1-62  (100001-100062)   100% ->
63-180  (101438-101555)   100% ->
181-248  (105336-105403)   100% ->
249-316  (105885-105952)   100% ->
317-429  (107569-107681)   100% ->
430-573  (112532-112675)   100% ->
574-681  (112896-113003)   100% ->
682-873  (114113-114304)   99% ->
874-948  (115975-116049)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGAGGTGAAGGTGAAGGTGCAGCCGCCTGACGCGGATCCGGTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGAGGTGAAGGTGAAGGTGCAGCCGCCTGACGCGGATCCGGTCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AATAGAAAACAG         GATTATAGAATTATGTCACCAGTTCCCTC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AATAGAAAACAGGTA...TAGGATTATAGAATTATGTCACCAGTTCCCTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGGAATCACAGACCAAGTAATTCAGAATGAAATGCCTCATATAGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101467 ATGGAATCACAGACCAAGTAATTCAGAATGAAATGCCTCATATAGAAGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGCAGCGGGCAGTAGCCATCAATAGGTTGTTGTCTATG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 101517 CAGCAGCGGGCAGTAGCCATCAATAGGTTGTTGTCTATGGTA...TAGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCAGTTGGATCTCTTAAGGAGCAATACGGGCCTTTTATATAGAATAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105338 TCAGTTGGATCTCTTAAGGAGCAATACGGGCCTTTTATATAGAATAAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACTCTCAGAATGCTGG         TAAAATGAAGGGATCCGATAACCAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 105388 ACTCTCAGAATGCTGGGTA...CAGTAAAATGAAGGGATCCGATAACCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GAAAAACTAGTATATCAAATCATAGAGGATGCAGGAAATAAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 105910 GAAAAACTAGTATATCAAATCATAGAGGATGCAGGAAATAAAGGTA...T

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    317   GAATATGGAGCAGAGATATCCGCTATAAAAGTAATTTGCCATTAACAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107567 AGGAATATGGAGCAGAGATATCCGCTATAAAAGTAATTTGCCATTAACAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AAATCAACAAAATTCTGAAGAATCTGGAAAGTAAAAAGCTTATCAAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107617 AAATCAACAAAATTCTGAAGAATCTGGAAAGTAAAAAGCTTATCAAAGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GTTAAGTCTGTAGCA         GCCTCAAAAAAGAAGGTGTATATGCT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 107667 GTTAAGTCTGTAGCAGTG...TAGGCCTCAAAAAAGAAGGTGTATATGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CTATAACCTGCAGCCAGACCGGTCTGTGACTGGTGGAGCCTGGTACAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112558 CTATAACCTGCAGCCAGACCGGTCTGTGACTGGTGGAGCCTGGTACAGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ACCAGGATTTTGAATCTGAATTTGTAGAGGTGCTTAACCAACAGTGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112608 ACCAGGATTTTGAATCTGAATTTGTAGAGGTGCTTAACCAACAGTGTTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AAATTCCTACAGTCCAAG         GCAGAAACAGCACGAGAAAGCAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 112658 AAATTCCTACAGTCCAAGGTG...TAGGCAGAAACAGCACGAGAAAGCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 ACAGAACCCAATGATACAAAGAAATAGTTCATTTGCCTCATCACATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112919 ACAGAACCCAATGATACAAAGAAATAGTTCATTTGCCTCATCACATGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGTGGAAATATATCTGCGAATTGGGAATCAGTAAG         GTAGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 112969 TGTGGAAATATATCTGCGAATTGGGAATCAGTAAGGTC...TAGGTAGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TTATCCATGGAAGACATTGAAACCATCCTGAATACACTCATTTATGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114119 TTATCCATGGAAGACATTGAAACCATCCTGAATACACTCATTTATGATGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AAAAGTGGAGATGACGATTATTGCTGCAAAAGAAGGCACAGTTGGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114169 AAAAGTGGAGATGACGATTATTGCTGCAAAAGAAGGCACAGTTGGCAGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TAGATGGACACATGAAACTGTACAGGGCAGTCAATCCAATCATCCCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114219 TAGATGGACACATGAAACTGTACAGGGCAGTCAATCCAATCATCCCTCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ACGGGTTTGGTCCGGGCACCCTGTGGACTCTGCCCG         GTTTT
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 114269 ACAGGTTTGGTCCGGGCACCCTGTGGACTCTGCCCGGTG...AAGGTTTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TGATGACTGCCACGAAGGTGGTGAGATTTCACCATCTAACTGTATTTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115980 TGATGACTGCCACGAAGGTGGTGAGATTTCACCATCTAACTGTATTTACA

   1000     .    :    .    :
    929 TGACAGAGTGGCTCGAATTT
        ||||||||||||||||||||
 116030 TGACAGAGTGGCTCGAATTT