seq1 = pF1KB7623.tfa, 942 bp
seq2 = pF1KB7623/gi568815593r_134928782.tfa (gi568815593r:134928782_135133881), 205100 bp

>pF1KB7623 942
>gi568815593r:134928782_135133881 (Chr5)

(complement)

1-169  (100001-100169)   100% ->
170-402  (102374-102606)   100% ->
403-942  (104561-105100)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGCCTTCAAGGGGGGCATGAGCCTGGAGCGGCTGCCGGAGGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACGCCTTCAAGGGGGGCATGAGCCTGGAGCGGCTGCCGGAGGGGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGGCCGCCGCCGCCGCCACCCCATGACATGGGGCCCGCCTTCCACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGGCCGCCGCCGCCGCCACCCCATGACATGGGGCCCGCCTTCCACCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCGGCCCGCCGACCCCCGCGAGCCGCTCGAGAACTCCGCCAGCGAGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCCGGCCCGCCGACCCCCGCGAGCCGCTCGAGAACTCCGCCAGCGAGTCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCTGACACGGAGCTGCCAG         AGAAGGAGCGCGGCGGGGAACC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100151 TCTGACACGGAGCTGCCAGGTA...CAGAGAAGGAGCGCGGCGGGGAACC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAAGGGGCCCGAGGACAGTGGTGCGGGAGGCACGGGCTGCGGCGGCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102396 CAAGGGGCCCGAGGACAGTGGTGCGGGAGGCACGGGCTGCGGCGGCGCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACGACCCAGCCAAGAAGAAGAAGCAGCGGCGGCAACGTACGCACTTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102446 ACGACCCAGCCAAGAAGAAGAAGCAGCGGCGGCAACGTACGCACTTCACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGCCAGCAGTTGCAAGAGCTAGAGGCCACGTTCCAGAGGAACCGCTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102496 AGCCAGCAGTTGCAAGAGCTAGAGGCCACGTTCCAGAGGAACCGCTACCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CGACATGAGCATGAGGGAGGAGATCGCCGTGTGGACCAACCTCACCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102546 CGACATGAGCATGAGGGAGGAGATCGCCGTGTGGACCAACCTCACCGAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CGCGCGTGCGG         GTCTGGTTCAAGAACAGGCGAGCCAAGTGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||| ||||||||||||||
 102596 CGCGCGTGCGGGTG...CAGGTCTGGTTCAAGAACCGGCGAGCCAAGTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CGTAAGCGCGAGCGTAACCAGCAGCTGGACCTGTGCAAGGGTGGCTACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104591 CGTAAGCGCGAGCGTAACCAGCAGCTGGACCTGTGCAAGGGTGGCTACGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCCGCAGTTCAGCGGCCTAGTGCAGCCCTACGAGGACGTGTACGCCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104641 GCCGCAGTTCAGCGGCCTAGTGCAGCCCTACGAGGACGTGTACGCCGCCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GCTACTCCTACAACAACTGGGCCGCCAAGAGCCTGGCGCCAGCGCCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104691 GCTACTCCTACAACAACTGGGCCGCCAAGAGCCTGGCGCCAGCGCCGCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TCCACCAAGAGCTTCACCTTCTTCAACTCCATGAGCCCGCTGTCGTCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104741 TCCACCAAGAGCTTCACCTTCTTCAACTCCATGAGCCCGCTGTCGTCGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GTCCATGTTCTCAGCACCCAGCTCCATCTCCTCCATGACCATGCCGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104791 GTCCATGTTCTCAGCACCCAGCTCCATCTCCTCCATGACCATGCCGTCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GCATGGGCCCAGGCGCCGTGCCTGGCATGCCCAACTCGGGCCTCAACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104841 GCATGGGCCCAGGCGCCGTGCCTGGCATGCCCAACTCGGGCCTCAACAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 ATCAACAACCTCACCGGCTCCTCGCTCAACTCGGCCATGTCGCCGGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104891 ATCAACAACCTCACCGGCTCCTCGCTCAACTCGGCCATGTCGCCGGGCGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TTGCCCGTACGGCACTCCCGCCTCGCCCTACAGCGTCTACCGGGACACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104941 TTGCCCGTACGGCACTCCCGCCTCGCCCTACAGCGTCTACCGGGACACGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 GCAACTCGAGCCTAGCCAGCCTGCGGCTCAAGTCCAAACAGCACTCGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104991 GCAACTCGAGCCTAGCCAGCCTGCGGCTCAAGTCCAAACAGCACTCGTCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 TTTGGCTACGGCGGCCTGCAGGGCCCGGCCTCGGGCCTCAACGCGTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105041 TTTGGCTACGGCGGCCTGCAGGGCCCGGCCTCGGGCCTCAACGCGTGCCA

    950     .    :
    933 GTACAACAGC
        ||||||||||
 105091 GTACAACAGC