seq1 = pF1KB7620.tfa, 1101 bp
seq2 = pF1KB7620/gi568815579f_41747429.tfa (gi568815579f:41747429_41951693), 204265 bp

>pF1KB7620 1101
>gi568815579f:41747429_41951693 (Chr19)

1-224  (100001-100224)   100% ->
225-370  (100308-100453)   100% ->
371-447  (101024-101100)   100% ->
448-628  (101367-101547)   100% ->
629-755  (101702-101828)   100% ->
756-816  (102884-102944)   100% ->
817-991  (103098-103272)   99% ->
992-1101  (104156-104265)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAACCCAGTGACATGCCTGCTGGCTACCACTGCCCCTTAGACTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAACCCAGTGACATGCCTGCTGGCTACCACTGCCCCTTAGACTCTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCCTGGGATGAGACCAGAGACCCCCAGAGCACAGAGCTGATCCCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCCTGGGATGAGACCAGAGACCCCCAGAGCACAGAGCTGATCCCCAGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GAGCCATCAGCCGCTCTCCAACCTGCGCCCGCTGCCGCAACCATGGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GAGCCATCAGCCGCTCTCCAACCTGCGCCCGCTGCCGCAACCATGGTGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACCGCCCATCTCAAGGGCCACAAGCGCCTCTGCCTCTTCCAGGCTTGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACCGCCCATCTCAAGGGCCACAAGCGCCTCTGCCTCTTCCAGGCTTGCGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTGTCACAAATGTGTCCTCATCCT         GGAGCGCCGCAGGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100201 GTGTCACAAATGTGTCCTCATCCTGTG...TAGGGAGCGCCGCAGGGTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGCTGCCCAGGTGGCCTTGCGTAGGCAGCAGGAGGCGCAGCTAAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100325 TGGCTGCCCAGGTGGCCTTGCGTAGGCAGCAGGAGGCGCAGCTAAAGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CACCTGATGAGGAGAGGGGAAGCCTCTCCCAAAGCTCCCAACCACTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100375 CACCTGATGAGGAGAGGGGAAGCCTCTCCCAAAGCTCCCAACCACTTCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AAAGGGAACCACTCAGCCACAGGTCCCCT         CTGGAAAGGAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100425 AAAGGGAACCACTCAGCCACAGGTCCCCTGTG...CAGCTGGAAAGGAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACATAGCACCCCAGCCTCAGACCCCCCATGGGGCAGTCCTGCTGGCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101036 ACATAGCACCCCAGCCTCAGACCCCCCATGGGGCAGTCCTGCTGGCACCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ACACCCCCCGGGAAG         AACTCCTGTGGGCCTCTGCTGCTCAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 101086 ACACCCCCCGGGAAGGTA...CAGAACTCCTGTGGGCCTCTGCTGCTCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCATCCCCCGGAAGCCTCGCCCTTGTCCTGGACTCCGGTGCCTCCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101393 CCATCCCCCGGAAGCCTCGCCCTTGTCCTGGACTCCGGTGCCTCCTGGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTTGGGTCCCTGGACACTGGCTGCCTCCAGGCTTCTCCATGCCACCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101443 CTTGGGTCCCTGGACACTGGCTGCCTCCAGGCTTCTCCATGCCACCACCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GTGGTGTGCCGCCTGCTGTACCAAGAACCTGCTGTCTCTCTGCCTCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101493 GTGGTGTGCCGCCTGCTGTACCAAGAACCTGCTGTCTCTCTGCCTCCCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CCCTG         GCTTTGACCCTGGCACCTCCCTCCAGCTGCCCACTC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101543 CCCTGGTA...TAGGCTTTGACCCTGGCACCTCCCTCCAGCTGCCCACTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ATGGGCCCTTCACCACCTGCCCAGGATCTCACCCAGTACTGACAGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101738 ATGGGCCCTTCACCACCTGCCCAGGATCTCACCCAGTACTGACAGCTCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CTTTCTGGAGAGCCCCAAGGGCCCCCTAGCCAGCCCCGCAC         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 101788 CTTTCTGGAGAGCCCCAAGGGCCCCCTAGCCAGCCCCGCACGTG...TAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ACACTCAACTCTGATACTCCAGCCCTGTGGCACCCCAGACCCTCTTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102884 ACACTCAACTCTGATACTCCAGCCCTGTGGCACCCCAGACCCTCTTCAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TACAGCCACAG         GCCTCTGGAGCCTCGTGCCTGGCCCGGACA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 102934 TACAGCCACAGGTC...CAGGCCTCTGGAGCCTCGTGCCTGGCCCGGACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TCTGGTCCCTCAGAGTGGCAGCTGCAGCAAGAGGCAGCTGAAGCCCTCGT
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103128 TCTGGCCCCTCAGAGTGGCAGCTGCAGCAAGAGGCAGCTGAAGCCCTCGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GGGGCTGAAAGATTCATCCCAGGCTCCTCGTGTGACCCCTTCTGTGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103178 GGGGCTGAAAGATTCATCCCAGGCTCCTCGTGTGACCCCTTCTGTGCCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CCAACCCTGCCTGGATCTCCCTGCTTCACCCCTGTGGCCCACCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 103228 CCAACCCTGCCTGGATCTCCCTGCTTCACCCCTGTGGCCCACCAGGTG..

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992     CTCCTGCTGGAGGAAGAGGATTCCAGCCTGTTGGCCCCTGTCTTCG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103278 .TAGCTCCTGCTGGAGGAAGAGGATTCCAGCCTGTTGGCCCCTGTCTTCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 ACCCAGCCCAGCCCCCTCTGTTGCTCTGCATATTGGCCGTCTGGGGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104202 ACCCAGCCCAGCCCCCTCTGTTGCTCTGCATATTGGCCGTCTGGGGTCCA

   1150     .    :
   1088 TCTCCCTCCTGAGC
        ||||||||||||||
 104252 TCTCCCTCCTGAGC