seq1 = pF1KB7614.tfa, 1080 bp
seq2 = pF1KB7614/gi568815590f_127315867.tfa (gi568815590f:127315867_127516943), 201077 bp

>pF1KB7614 1080
>gi568815590f:127315867_127516943 (Chr8)

1-1080  (100001-101077)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGGACACCTGGCTTCGGATTTCGCCTTCTCGCCCCCTCCAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 100001 ATGGCGGGACACCTGGCTTCGGATTTCGCCTTCTCGCCCCCTCCAGGCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGAGGTGATGGGCCA GGGGGGCCGGAGCCGGGCTGGGTTGATCCTCGG
        ||| ||||||||||||-||||||-|||||||||||||||||||||||| |
 100051 TGGGGGTGATGGGCCATGGGGGG CGGAGCCGGGCTGGGTTGATCCTCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100 ACCTGGCTAAGCTTCCAAGGCCCTCCTGGAGGGCCAGGAATCGGGCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100100 ACCTGGCTAAGCTTCCAAGGCCCTCCTGGAGGGCCAGGAATCGGGCCGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    150 GGTTGGGCCAGGCTCTGAGGTGTGGGGGATTCCCCCATGCCCCCCGCCGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 100150 GGTTGGGCCAGGCTCTGAGGTGTGGGGGATTCCCCCTTGCCCCCCGCCGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    200 ATGAGTTCTGTGGGGGGATGGCGTACTGTGGGCCCCAGGTTGGAGTGGGG
        ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 100200 ATGAGTTATGTGGGGGGATGGCGTACTGTGGGCCTCAGGTTGGAGTGGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    250 CTAGTGCCCCAAGGCGGCTTGGAGACCTCTCAGCCTGAGGGCGAAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 100250 CTAGTGCCCCAAGGCGGCTTGGAGACCTCTCAGCCTGAGAGCGAAGCAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    300 AGTCGGGGTGGAGAGCAACTCCGATGGGGCCTCCCCGGAGCCCTGCACCG
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||
 100300 AGTCGGGGTGGAGAGCAACTCCAATGGGGCCTCCCCGGAACCCTGCACCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    350 TCACCCCTGGTGCCGTGAAGCTGGAGAAGGAGAAGCTGGAGCAAAACCCG
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 100350 TCCCCCCTGGTGCCGTGAAGCTGGAGAAGGAGAAGCTAGAGCAAAACCCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    400 GAGGAGTCCCAGGACATCAAAGCTCTGCAGAAAGAACTCGAGCAATTTGC
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100400 GAGAAGTCCCAGGACATCAAAGCTCTGCAGAAAGAACTCGAGCAATTTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    450 CAAGCTCCTGAAGCAGAAGAGGATCACCCTGGGATATACACAGGCCGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100450 CAAGCTCCTGAAGCAGAAGAGGATCACCCTGGGATATACACAGGCCGATG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    500 TGGGGCTCACCCTGGGGGTTCTATTTGGGAAGGTATTCAGCCAAACGACC
        ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
 100500 TGGGGCTCATCCTGGGGGTTCTATTTGGGAAGGTGTTCAGCCAAAAGACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    550 ATCTGCCGCTTTGAGGCTCTGCAGCTTAGCTTCAAGAACATGTGTAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100550 ATCTGCCGCTTTGAGGCTCTGCAGCTTAGCTTCAAGAACATGTGTAAGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    600 GCGGCCCTTGCTGCAGAAGTGGGTGGAGGAAGCTGACAACAATGAAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100600 GCGGCCCTTGCTGCAGAAGTGGGTGGAGGAAGCTGACAACAATGAAAATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    650 TTCAGGAGATATGCAAAGCAGAAACCCTCGTGCAGGCCCGAAAGAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 100650 TTCAGGAGATATGCAAAGCAGAAACCCTCATGCAGGCCCGAAAGAGAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    700 CGAACCAGTATCGAGAACCGAGTGAGAGGCAACCTGGAGAATTTGTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100700 CGAACCAGTATCGAGAACCGAGTGAGAGGCAACCTGGAGAATTTGTTCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    750 GCAGTGCCCGAAACCCACACTGCAGCAGATCAGCCACATCGCCCAGCAGC
        |||||||||||||||||||||||||-|--|||||||||||||||||||||
 100750 GCAGTGCCCGAAACCCACACTGCAG A  TCAGCCACATCGCCCAGCAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    800 TTGGGCTCGAGAAGGATGTGGTCCGAGTGTGGTTCTGTAACCGGCGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100797 TTGGGCTCGAGAAGGATGTGGTCCGAGTGTGGTTCTGTAACCGGCGCCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    850 AAGGGCAAGCGATCAAGCAGCGACTATGCACAACGAGAGGATTTTGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100847 AAGGGCAAGCGATCAAGCAGCGACTATGCACAACGAGAGGATTTTGAGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    900 TGCTGGGTCTCCTTTCTCAGGGGGACCAGTGTCCTTTCCTCTGGCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 100897 TGCTGGGTCTCCTTTCTCAGGGGGACCAGTGTCCTTTCCTCCGGCCCCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    950 GGCCCCATTTTGGTACCCCAGGCTATGGGAGCCCTCACTTCACTGCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100947 GGCCCCATTTTGGTACCCCAGGCTATGGGAGCCCTCACTTCACTGCACTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1000 TACTCCTCGGTCCCTTTCCCTGAGGGGGAAGCCTTTCCCCCTGTCTCCGT
        |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||
 100997 TACTCCTCAGTCCCTTTCCCTGAGGGGGAAGTCTTTCCCCCAGTCTCCGT

   1050     .    :    .    :    .    :
   1050 CACCACTCTGGGCTCTCCCATGCATTCAAAC
        || ||||||||||||||||||||||||||||
 101047 CATCACTCTGGGCTCTCCCATGCATTCAAAC