seq1 = pF1KB7609.tfa, 900 bp
seq2 = pF1KB7609/gi568815587f_34542631.tfa (gi568815587f:34542631_34758928), 216298 bp

>pF1KB7609 900
>gi568815587f:34542631_34758928 (Chr11)

1-97  (100001-100097)   100% ->
98-343  (103809-104054)   100% ->
344-406  (106389-106451)   100% ->
407-475  (108912-108980)   100% ->
476-544  (109107-109175)   100% ->
545-607  (114278-114340)   100% ->
608-803  (115903-116098)   100% ->
804-900  (116202-116298)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATTCTGGAAGGAGGTGGTGTAATGAATCTCAACCCCGGCAACAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATTCTGGAAGGAGGTGGTGTAATGAATCTCAACCCCGGCAACAACCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTTCACCAGCCGCCAGCCTGGACAGACAGCTACTCCACGTGCAATG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100051 CCTTCACCAGCCGCCAGCCTGGACAGACAGCTACTCCACGTGCAATGGTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     98       TTTCCAGTGGGTTTTTTGGAGGCCAGTGGCATGAAATTCATCCT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ...CAGTTTCCAGTGGGTTTTTTGGAGGCCAGTGGCATGAAATTCATCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGTACTGGACCAAGTACCAGGTGTGGGAGTGGCTCCAGCACCTCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103853 CAGTACTGGACCAAGTACCAGGTGTGGGAGTGGCTCCAGCACCTCCTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CACCAACCAGCTGGATGCCAATTGTATCCCTTTCCAAGAGTTCGACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103903 CACCAACCAGCTGGATGCCAATTGTATCCCTTTCCAAGAGTTCGACATCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACGGCGAGCACCTCTGCAGCATGAGTTTGCAGGAGTTCACCCGGGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103953 ACGGCGAGCACCTCTGCAGCATGAGTTTGCAGGAGTTCACCCGGGCGGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGGACGGCGGGGCAGCTCCTCTACAGCAACTTGCAGCATCTGAAGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104003 GGGACGGCGGGGCAGCTCCTCTACAGCAACTTGCAGCATCTGAAGTGGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CG         GCCAGTGCAGTAGTGACCTGTTCCAGTCCACACACAATG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104053 CGGTG...CAGGCCAGTGCAGTAGTGACCTGTTCCAGTCCACACACAATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCATTGTCAAGACTGAACAAACTG         AGCCTTCCATCATGAAC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 106428 TCATTGTCAAGACTGAACAAACTGGTG...TAGAGCCTTCCATCATGAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACCTGGAAAGACGAGAACTATTTATATGACACCAACTATGGTAGCACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108929 ACCTGGAAAGACGAGAACTATTTATATGACACCAACTATGGTAGCACAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AG         ATTTGTTGGACAGCAAAACTTTCTGCCGGGCTCAGATCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108979 AGGTA...CAGATTTGTTGGACAGCAAAACTTTCTGCCGGGCTCAGATCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCATGACAACCACCAGTCACCTTCCTGTTG         CAGAGTCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 109146 CCATGACAACCACCAGTCACCTTCCTGTTGGTA...TAGCAGAGTCACCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GATATGAAAAAGGAGCAAGACCCCCCTGCCAAGTGCCACACCAAAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114289 GATATGAAAAAGGAGCAAGACCCCCCTGCCAAGTGCCACACCAAAAAGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CA         ACCCGAGAGGGACTCACTTATGGGAATTCATCCGCGACA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114339 CAGTA...CAGACCCGAGAGGGACTCACTTATGGGAATTCATCCGCGACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TCCTCTTGAACCCAGACAAGAACCCAGGATTAATAAAATGGGAAGACCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115942 TCCTCTTGAACCCAGACAAGAACCCAGGATTAATAAAATGGGAAGACCGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TCTGAGGGCGTCTTCAGGTTCTTGAAATCAGAGGCAGTGGCTCAGCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115992 TCTGAGGGCGTCTTCAGGTTCTTGAAATCAGAGGCAGTGGCTCAGCTATG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGGTAAAAAGAAGAACAACAGCAGCATGACCTATGAAAAGCTCAGCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116042 GGGTAAAAAGAAGAACAACAGCAGCATGACCTATGAAAAGCTCAGCCGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CTATGAG         ATATTACTACAAAAGAGAAATTCTGGAGCGTGTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116092 CTATGAGGTG...CAGATATTACTACAAAAGAGAAATTCTGGAGCGTGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GATGGACGAAGACTGGTATATAAATTTGGGAAGAATGCCCGAGGATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116236 GATGGACGAAGACTGGTATATAAATTTGGGAAGAATGCCCGAGGATGGAG

    950     .    :
    888 AGAAAATGAAAAC
        |||||||||||||
 116286 AGAAAATGAAAAC