seq1 = pF1KB7602.tfa, 1062 bp
seq2 = pF1KB7602/gi568815596f_62952991.tfa (gi568815596f:62952991_63156313), 203323 bp

>pF1KB7602 1062
>gi568815596f:62952991_63156313 (Chr2)

1-97  (100001-100097)   100% ->
98-249  (101057-101208)   100% ->
250-1062  (102511-103323)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGTCTTACCTCAAACAACCCCCATACGGCATGAACGGGCTGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATGTCTTACCTCAAACAACCCCCATACGGCATGAACGGGCTGGGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCGGGCCCGCCATGGACCTCCTGCACCCATCCGTGGGCTATCCGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100051 GGCCGGGCCCGCCATGGACCTCCTGCACCCATCCGTGGGCTATCCGGGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     98       CCACTCCGCGGAAGCAGCGGCGGGAGCGCACCACCTTCACGCGT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ...CAGCCACTCCGCGGAAGCAGCGGCGGGAGCGCACCACCTTCACGCGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCACAGCTGGACGTGCTCGAGGCGCTCTTCGCCAAGACTCGCTACCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 TCACAGCTGGACGTGCTCGAGGCGCTCTTCGCCAAGACTCGCTACCCTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATCTTCATGCGGGAGGAGGTGGCGCTCAAGATCAACCTGCCGGAGTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 CATCTTCATGCGGGAGGAGGTGGCGCTCAAGATCAACCTGCCGGAGTCTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GAGTCCAG         GTCTGGTTCAAGAACCGCCGCGCCAAATGCCGC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 GAGTCCAGGTG...CAGGTCTGGTTCAAGAACCGCCGCGCCAAATGCCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGCAGCAGCAGAGCGGGAGCGGAACCAAGAGCCGCCCAGCCAAGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102544 CAGCAGCAGCAGAGCGGGAGCGGAACCAAGAGCCGCCCAGCCAAGAAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTCCTCTCCAGTGCGGGAGAGCTCGGGCTCCGAAAGCAGTGGCCAATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102594 GTCCTCTCCAGTGCGGGAGAGCTCGGGCTCCGAAAGCAGTGGCCAATTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CGCCGCCAGCTGTGTCCAGCTCTGCCTCGTCCTCTAGCTCGGCGTCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102644 CGCCGCCAGCTGTGTCCAGCTCTGCCTCGTCCTCTAGCTCGGCGTCCAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TCTTCCGCCAACCCAGCGGCTGCAGCGGCTGCGGGACTAGGTGGGAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102694 TCTTCCGCCAACCCAGCGGCTGCAGCGGCTGCGGGACTAGGTGGGAACCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGTGGCGGCCGCGTCGTCGCTGAGTACACCAGCTGCCTCATCTATCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102744 GGTGGCGGCCGCGTCGTCGCTGAGTACACCAGCTGCCTCATCTATCTGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GCCCGGCCTCCATCTCGCCAGGCTCAGCGCCCGCGTCCGTGTCGGTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102794 GCCCGGCCTCCATCTCGCCAGGCTCAGCGCCCGCGTCCGTGTCGGTGCCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GAGCCATTGGCCGCGCCTAGCAACACCTCGTGTATGCAGCGCTCCGTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102844 GAGCCATTGGCCGCGCCTAGCAACACCTCGTGTATGCAGCGCTCCGTAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TGCAGGCGCCGCCACCGCAGCAGCCTCTTATCCCATGTCCTACGGCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102894 TGCAGGCGCCGCCACCGCAGCAGCCTCTTATCCCATGTCCTACGGCCAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GCGGCAGCTACGGCCAAGGCTACCCTACGCCCTCCTCTTCCTACTTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102944 GCGGCAGCTACGGCCAAGGCTACCCTACGCCCTCCTCTTCCTACTTTGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GGCGTGGACTGCAGCTCATACCTAGCGCCCATGCACTCACATCACCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102994 GGCGTGGACTGCAGCTCATACCTAGCGCCCATGCACTCACATCACCACCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GCACCAGCTCAGCCCCATGGCACCCTCCTCCATGGCGGGCCACCATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103044 GCACCAGCTCAGCCCCATGGCACCCTCCTCCATGGCGGGCCACCATCATC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 ACCACCCACATGCGCACCACCCGTTGAGCCAGTCCTCAGGCCACCACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103094 ACCACCCACATGCGCACCACCCGTTGAGCCAGTCCTCAGGCCACCACCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CACCATCACCACCACCACCACCAAGGCTACGGTGGCTCTGGGCTTGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103144 CACCATCACCACCACCACCACCAAGGCTACGGTGGCTCTGGGCTTGCCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CAACTCTGCCGACTGCTTGGATTACAAGGAGCCTGGCGCCGCTGCTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103194 CAACTCTGCCGACTGCTTGGATTACAAGGAGCCTGGCGCCGCTGCTGCTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 CCTCCGCCTGGAAACTCAACTTCAACTCCCCCGACTGTCTGGACTATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103244 CCTCCGCCTGGAAACTCAACTTCAACTCCCCCGACTGTCTGGACTATAAG

   1050     .    :    .    :    .    :
   1033 GACCAAGCCTCATGGCGGTTCCAGGTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 103294 GACCAAGCCTCATGGCGGTTCCAGGTCTTG