seq1 = pF1KB7590.tfa, 870 bp
seq2 = pF1KB7590/gi568815596f_70800622.tfa (gi568815596f:70800622_71033201), 232580 bp

>pF1KB7590 870
>gi568815596f:70800622_71033201 (Chr2)

1-247  (100001-100247)   100% ->
248-435  (120477-120664)   100% ->
436-870  (132146-132580)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCGATGGGGGCGCCGAGCGCGACCGGGGCCCCGCGCGCCGGGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCGATGGGGGCGCCGAGCGCGACCGGGGCCCCGCGCGCCGGGCGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTCTGGTGGCGGCGGTGGGCGCTGCGGAGACCGCAGCGGAGCGGGGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTCTGGTGGCGGCGGTGGGCGCTGCGGAGACCGCAGCGGAGCGGGGGACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCGAGCTGATGGCGGTGGCCACAGCCCAACGGAGGTGGCCGGGACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCGAGCTGATGGCGGTGGCCACAGCCCAACGGAGGTGGCCGGGACCTCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCTCCAGTCCCGCAGGCTCCAGGGAGAGTGGAGCCGACAGCGACGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCTCCAGTCCCGCAGGCTCCAGGGAGAGTGGAGCCGACAGCGACGGGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCCCGGGCCCGGCGAGGCAGACCACTGCCGCCGCATACTGGTGCGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100201 GCCCGGGCCCGGCGAGGCAGACCACTGCCGCCGCATACTGGTGCGAGGTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    248       ATGCCAAAGGGACAATTCGGGAAATTGTCCTGCCTAAGGGCCTG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ...CAGATGCCAAAGGGACAATTCGGGAAATTGTCCTGCCTAAGGGCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GACCTGGACCGGCCCAAGCGGACACGTACATCCTTCACTGCCGAGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120521 GACCTGGACCGGCCCAAGCGGACACGTACATCCTTCACTGCCGAGCAGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GTACCGCCTGGAGATGGAGTTCCAGCGCTGCCAGTATGTGGTGGGCCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120571 GTACCGCCTGGAGATGGAGTTCCAGCGCTGCCAGTATGTGGTGGGCCGCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGCGCACTGAGCTGGCCCGCCAGCTGAACCTCTCCGAGACCCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 120621 AGCGCACTGAGCTGGCCCGCCAGCTGAACCTCTCCGAGACCCAGGTA...

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    436    GTGAAGGTCTGGTTCCAGAACCGCCGCACCAAGCAGAAGAAAGACCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132143 AAGGTGAAGGTCTGGTTCCAGAACCGCCGCACCAAGCAGAAGAAAGACCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GAGCAGAGACCTGGAGAAGCGGGCGTCCTCCTCAGCCTCCGAGGCCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132193 GAGCAGAGACCTGGAGAAGCGGGCGTCCTCCTCAGCCTCCGAGGCCTTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CCACCTCCAACATTCTGCGGCTGCTGGAGCAGGGCCGGCTGCTCTCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132243 CCACCTCCAACATTCTGCGGCTGCTGGAGCAGGGCCGGCTGCTCTCTGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CCCAGGGCCCCTAGCCTCCTGGCGCTGACCCCTAGCCTGCCAGGCCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132293 CCCAGGGCCCCTAGCCTCCTGGCGCTGACCCCTAGCCTGCCAGGCCTACC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TGCCAGCCACAGGGGCACCTCCTTAGGTGACCCCAGGAACTCCTCCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132343 TGCCAGCCACAGGGGCACCTCCTTAGGTGACCCCAGGAACTCCTCCCCAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GCCTCAACCCGCTGTCCTCGGCCTCAGCGTCCCCCCCACTGCCGCCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132393 GCCTCAACCCGCTGTCCTCGGCCTCAGCGTCCCCCCCACTGCCGCCCCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CTGCCAGCTGTCTGCTTTTCCTCGGCCCCGCTCCTGGATCTGCCTGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132443 CTGCCAGCTGTCTGCTTTTCCTCGGCCCCGCTCCTGGATCTGCCTGCCGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CTACGAACTGGGTTCCTCGGCCTTCGAGCCATACAGCTGGCTAGAACGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132493 CTACGAACTGGGTTCCTCGGCCTTCGAGCCATACAGCTGGCTAGAACGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .
    833 AAGTGGGCAGCGCCAGCAGCTGCAAGAAAGCTAACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132543 AAGTGGGCAGCGCCAGCAGCTGCAAGAAAGCTAACACT