seq1 = pF1KB7586.tfa, 864 bp
seq2 = pF1KB7586/gi568815575f_120058751.tfa (gi568815575f:120058751_120263784), 205034 bp

>pF1KB7586 864
>gi568815575f:120058751_120263784 (ChrX)

1-79  (100001-100079)   100% ->
80-491  (100265-100676)   100% ->
492-537  (101608-101653)   100% ->
538-864  (104708-105034)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCCTCCGGACCAGTGTAGCCAGTATATGACCAGCTTGCTCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCCTCCGGACCAGTGTAGCCAGTATATGACCAGCTTGCTCAGCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCAGTCGACGACGAGAAAGAACTACAGG         ATATGAATGCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100051 TGCAGTCGACGACGAGAAAGAACTACAGGGTC...CAGATATGAATGCTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGTGCTGTCGCTTACTGAAGAGGTCAAAGAGGAGGAAGAGGATGCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100277 TGGTGCTGTCGCTTACTGAAGAGGTCAAAGAGGAGGAAGAGGATGCACAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCTGAGCCTGAGCAAGGCACAGCAGCAGGAGAAAAGTTAAAGTCGGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100327 CCTGAGCCTGAGCAAGGCACAGCAGCAGGAGAAAAGTTAAAGTCGGCAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGCCCAAGGCGGAGAAGAAAAAGATGGCGGCGGAGAAGAAAAAGATGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100377 AGCCCAAGGCGGAGAAGAAAAAGATGGCGGCGGAGAAGAAAAAGATGGCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCGGCGCCGGAGTTCCTGGCCACCTATGGGAAGGAGACCTCGAGGGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100427 GCGGCGCCGGAGTTCCTGGCCACCTATGGGAAGGAGACCTCGAGGGCACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGCGGCAGCGATGGCAACGTTGAGGACAGCGACCAGAGCGAGAAGGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100477 AGCGGCAGCGATGGCAACGTTGAGGACAGCGACCAGAGCGAGAAGGAACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGGGCAGCAGTATTCGCGCCCACAGGGCGCCGTCGGGGGGCTGGAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100527 TGGGCAGCAGTATTCGCGCCCACAGGGCGCCGTCGGGGGGCTGGAGCCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCAACGCGCAGCAGCCCAACGTCCACGCCTTCACCCCATTGCAGCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100577 GCAACGCGCAGCAGCCCAACGTCCACGCCTTCACCCCATTGCAGCTGCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GAGCTGGAGCGCATTTTCCAACGCGAGCAGTTCCCCAGTGAGTTCCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100627 GAGCTGGAGCGCATTTTCCAACGCGAGCAGTTCCCCAGTGAGTTCCTGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492          AAGGAGGCTGGCAAGAAGCATGAATGTGACTGAACTCGCAG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100677 GTA...TAGAAGGAGGCTGGCAAGAAGCATGAATGTGACTGAACTCGCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TGCAG         ATTTGGTTTGAGAATAGAAGAGCCAAATGGAGGAGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101649 TGCAGGTC...AAGATTTGGTTTGAGAATAGAAGAGCCAAATGGAGGAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CATCAGAGGGCATTAATGGCAAGAAACATGCTGCCCTTCATGGCAGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104744 CATCAGAGGGCATTAATGGCAAGAAACATGCTGCCCTTCATGGCAGTGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CCAGCCTGTCATGGTAACCGCAGCTGAGGCCATAACGGCACCCTTGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104794 CCAGCCTGTCATGGTAACCGCAGCTGAGGCCATAACGGCACCCTTGTTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TCAGCGGGATGAGAGATGATTACTTCTGGGACCACAGCCATTCCAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104844 TCAGCGGGATGAGAGATGATTACTTCTGGGACCACAGCCATTCCAGCAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CTGTGTTTCCCCATGCCACCCTTTCCTCCTCCGTCCTTGCCCCTTCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104894 CTGTGTTTCCCCATGCCACCCTTTCCTCCTCCGTCCTTGCCCCTTCCACT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CATGCTTCTTCCACCTATGCCACCCGCTGGCCAGGCTGAATTTGGCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104944 CATGCTTCTTCCACCTATGCCACCCGCTGGCCAGGCTGAATTTGGCCCAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TCCCTTTTGTTATCGTGCCTTCTTTCACATTCCCCAATGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104994 TCCCTTTTGTTATCGTGCCTTCTTTCACATTCCCCAATGTC