seq1 = pF1KB7558.tfa, 813 bp
seq2 = pF1KB7558/gi568815586f_50680146.tfa (gi568815586f:50680146_50919776), 239631 bp

>pF1KB7558 813
>gi568815586f:50680146_50919776 (Chr12)

1-93  (100001-100093)   100% ->
94-194  (115764-115864)   100% ->
195-328  (129311-129444)   99% ->
329-511  (133865-134047)   100% ->
512-671  (134135-134294)   100% ->
672-813  (139490-139631)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGATTCCCACAAGAGTACCACGTCAGAGACAGCACCTCAACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAGATTCCCACAAGAGTACCACGTCAGAGACAGCACCTCAACCTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCAGCAGTTCAGGGAGCTCACATTTCTCATATTGCTCAACAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100051 TTCAGCAGTTCAGGGAGCTCACATTTCTCATATTGCTCAACAGGTA...T

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     94   GTATCATCTTTATCAGAAAGTGAGGAGTCCCAGGACTCATCCGACAGC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115762 AGGTATCATCTTTATCAGAAAGTGAGGAGTCCCAGGACTCATCCGACAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATAGGCTCCTCACAGAAAGCCCACGGGATCCTAGCACGGCGCCCATCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115812 ATAGGCTCCTCACAGAAAGCCCACGGGATCCTAGCACGGCGCCCATCTTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAG         AAAAATTTTGAAAGACTTATCTTCTGAAGATACACGGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115862 CAGGTG...CAGAAAAATTTTGAAAGACTTATCTTCTGAAGATACACGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCAGAAAAGGAGACGGAGAAAATTCTGGAGTTTCTGCTGCTGTCACTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129349 GCAGAAAAGGAGACGGAGAAAATTCTGGAGTTTCTGCTGCTGTCACTTCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATGTCTGTTCCAACTCCCATCTATCAGACTAGCAGCGGACAGTATA    
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |>>>.
 129399 ATGTCTGTTCCAACTCCCATCTATCAGACTAGCAGCGGACAGTACAGTA.

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    329      TTGCCATTGCCCCAAATGGAGCCTTACAGTTGGCAAGTCCAGGCA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129449 ..AAGTTGCCATTGCCCCAAATGGAGCCTTACAGTTGGCAAGTCCAGGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CAGATGGAGTACAGGGACTTCAGACATTAACCATGACAAATTCAGGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133910 CAGATGGAGTACAGGGACTTCAGACATTAACCATGACAAATTCAGGCAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACTCAGCAAGGTACAACTATTCTTCAGTATGCACAGACCTCTGATGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133960 ACTCAGCAAGGTACAACTATTCTTCAGTATGCACAGACCTCTGATGGACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCAGATACTTGTGCCCAGCAATCAGGTGGTCGTACAAA         CTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 134010 GCAGATACTTGTGCCCAGCAATCAGGTGGTCGTACAAAGTA...TAGCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CATCAGGAGATATGCAAACATATCAGATCCGAACTACACCTTCAGCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134138 CATCAGGAGATATGCAAACATATCAGATCCGAACTACACCTTCAGCTACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCTCTGCCACAAACTGTGGTGATGACATCTCCTGTGACTCTCACCTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134188 TCTCTGCCACAAACTGTGGTGATGACATCTCCTGTGACTCTCACCTCTCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GACAACTAAGACAGATGACCCCCAATTGAAAAGAGAAATAAGGTTAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134238 GACAACTAAGACAGATGACCCCCAATTGAAAAGAGAAATAAGGTTAATGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AAAACAG         AGAAGCTGCTCGAGAATGTCGCAGAAAGAAGAAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134288 AAAACAGGTA...TAGAGAAGCTGCTCGAGAATGTCGCAGAAAGAAGAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAATATGTGAAATGCCTGGAAAACCGAGTTGCAGTCCTGGAAAATCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139524 GAATATGTGAAATGCCTGGAAAACCGAGTTGCAGTCCTGGAAAATCAAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TAAAACTCTAATAGAAGAGTTAAAAACTTTGAAGGATCTTTATTCCAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139574 TAAAACTCTAATAGAAGAGTTAAAAACTTTGAAGGATCTTTATTCCAATA

    850     .
    806 AAAGTGTT
        ||||||||
 139624 AAAGTGTT