seq1 = pF1KB7556.tfa, 813 bp
seq2 = pF1KB7556/gi568815587r_65792889.tfa (gi568815587r:65792889_66000339), 207451 bp

>pF1KB7556 813
>gi568815587r:65792889_66000339 (Chr11)

(complement)

1-99  (100001-100099)   100% ->
100-297  (103334-103531)   100% ->
298-405  (106219-106326)   100% ->
406-813  (107044-107451)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTCCGAGACTTCGGGGAACCCGGCCCGAGCTCCGGGAACGGCGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTCCGAGACTTCGGGGAACCCGGCCCGAGCTCCGGGAACGGCGGCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTACGGCGGCCCCGCGCAGCCCCCGGCCGCAGCGCAGGCAGCCCAGCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100051 GTACGGCGGCCCCGCGCAGCCCCCGGCCGCAGCGCAGGCAGCCCAGCAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100         AAGTTCCACCTGGTGCCAAGCATCAACACCATGAGTGGCAGT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TG...TAGAAGTTCCACCTGGTGCCAAGCATCAACACCATGAGTGGCAGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGGAGCTGCAGTGGATGGTACAGCCTCATTTCCTGGGGCCCAGCAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103376 CAGGAGCTGCAGTGGATGGTACAGCCTCATTTCCTGGGGCCCAGCAGTTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCCCAGGCCTCTGACCTACCCTCAGTACAGCCCCCCACAACCCCGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103426 CCCCAGGCCTCTGACCTACCCTCAGTACAGCCCCCCACAACCCCGGCCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GAGTCATCCGGGCCCTGGGGCCGCCTCCAGGGGTACGTCGAAGGCCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103476 GAGTCATCCGGGCCCTGGGGCCGCCTCCAGGGGTACGTCGAAGGCCTTGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAACAG         ATCAGCCCGGAGGAAGAGGAGCGCCGCCGAGTAAG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103526 GAACAGGTA...CAGATCAGCCCGGAGGAAGAGGAGCGCCGCCGAGTAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCGCGAGCGGAACAAGCTGGCTGCGGCCAAGTGCAGGAACCGGAGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106254 GCGCGAGCGGAACAAGCTGGCTGCGGCCAAGTGCAGGAACCGGAGGAAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AACTGACCGACTTCCTGCAGGCG         GAGACTGACAAACTGGAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 106304 AACTGACCGACTTCCTGCAGGCGGTG...CAGGAGACTGACAAACTGGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GATGAGAAATCTGGGCTGCAGCGAGAGATTGAGGAGCTGCAGAAGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107062 GATGAGAAATCTGGGCTGCAGCGAGAGATTGAGGAGCTGCAGAAGCAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGAGCGCCTAGAGCTGGTGCTGGAAGCCCACCGACCCATCTGCAAAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107112 GGAGCGCCTAGAGCTGGTGCTGGAAGCCCACCGACCCATCTGCAAAATCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CGGAAGGAGCCAAGGAGGGGGACACAGGCAGTACCAGTGGCACCAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107162 CGGAAGGAGCCAAGGAGGGGGACACAGGCAGTACCAGTGGCACCAGCAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CCACCAGCCCCCTGCCGCCCTGTACCTTGTATCTCCCTTTCCCCAGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107212 CCACCAGCCCCCTGCCGCCCTGTACCTTGTATCTCCCTTTCCCCAGGGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGTGCTTGAACCTGAGGCACTGCACACCCCCACACTCATGACCACACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107262 TGTGCTTGAACCTGAGGCACTGCACACCCCCACACTCATGACCACACCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CCCTAACTCCTTTCACCCCCAGCCTGGTCTTCACCTACCCCAGCACTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107312 CCCTAACTCCTTTCACCCCCAGCCTGGTCTTCACCTACCCCAGCACTCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GAGCCTTGTGCCTCAGCTCATCGCAAGAGTAGCAGCAGCAGCGGAGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107362 GAGCCTTGTGCCTCAGCTCATCGCAAGAGTAGCAGCAGCAGCGGAGACCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :
    774 ATCCTCTGACCCCCTTGGCTCTCCAACCCTCCTCGCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107412 ATCCTCTGACCCCCTTGGCTCTCCAACCCTCCTCGCTTTG