seq1 = pF1KB7546.tfa, 792 bp
seq2 = pF1KB7546/gi568815578f_49883060.tfa (gi568815578f:49883060_50088053), 204994 bp

>pF1KB7546 792
>gi568815578f:49883060_50088053 (Chr20)

1-82  (100001-100082)   100% ->
83-610  (100765-101292)   100% ->
611-792  (104813-104994)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGCGCTCTTTCCTCGTCAGGAAGCCCTCCGACCCCAATCGGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGCGCTCTTTCCTCGTCAGGAAGCCCTCCGACCCCAATCGGAAGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAACTACAGCGAGCTGCAGGACTCTAATCCAG         AGTTTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100051 TAACTACAGCGAGCTGCAGGACTCTAATCCAGGTG...CAGAGTTTACCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCCAGCAGCCCTACGACCAGGCCCACCTGCTGGCAGCCATCCCACCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100774 TCCAGCAGCCCTACGACCAGGCCCACCTGCTGGCAGCCATCCCACCTCCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGATCCTCAACCCCACCGCCTCGCTGCCAATGCTCATCTGGGACTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100824 GAGATCCTCAACCCCACCGCCTCGCTGCCAATGCTCATCTGGGACTCTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCTGGCGCCCCAAGCCCAGCCAATTGCCTGGGCCTCCCTTCGGCTCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100874 CCTGGCGCCCCAAGCCCAGCCAATTGCCTGGGCCTCCCTTCGGCTCCAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGAGTCCCAGGGTGGCAGAGCTGACCTCCCTGTCAGATGAGGACAGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100924 AGAGTCCCAGGGTGGCAGAGCTGACCTCCCTGTCAGATGAGGACAGTGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAAGGCTCCCAGCCCCCCAGCCCACCCTCACCGGCTCCTTCGTCCTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100974 AAAGGCTCCCAGCCCCCCAGCCCACCCTCACCGGCTCCTTCGTCCTTCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTCTACTTCAGTCTCTTCCTTGGAGGCCGAGGCCTATGCTGCCTTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101024 CTCTACTTCAGTCTCTTCCTTGGAGGCCGAGGCCTATGCTGCCTTCCCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCTTGGGCCAAGTGCCCAAGCAGCTGGCCCAGCTCTCTGAGGCCAAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101074 GCTTGGGCCAAGTGCCCAAGCAGCTGGCCCAGCTCTCTGAGGCCAAGGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CTCCAGGCTCGAAAGGCCTTCAACTGCAAATACTGCAACAAGGAATACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101124 CTCCAGGCTCGAAAGGCCTTCAACTGCAAATACTGCAACAAGGAATACCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CAGCCTGGGTGCCCTCAAGATGCACATCCGAAGCCACACGCTGCCCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101174 CAGCCTGGGTGCCCTCAAGATGCACATCCGAAGCCACACGCTGCCCTGCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TCTGCGGAACCTGCGGGAAGGCCTTCTCTAGGCCCTGGCTGCTACAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101224 TCTGCGGAACCTGCGGGAAGGCCTTCTCTAGGCCCTGGCTGCTACAAGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CATGTCCGGACCCACACTG         GCGAGAAGCCCTTCTCCTGTCC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 101274 CATGTCCGGACCCACACTGGTA...CAGGCGAGAAGCCCTTCTCCTGTCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CCACTGCAGCCGTGCCTTCGCTGACCGCTCCAACCTGCGGGCCCACCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104835 CCACTGCAGCCGTGCCTTCGCTGACCGCTCCAACCTGCGGGCCCACCTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AGACCCACTCAGATGTCAAGAAGTACCAGTGCCAGGCGTGTGCTCGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104885 AGACCCACTCAGATGTCAAGAAGTACCAGTGCCAGGCGTGTGCTCGGACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TTCTCCCGAATGTCCCTGCTCCACAAGCACCAAGAGTCCGGCTGCTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104935 TTCTCCCGAATGTCCCTGCTCCACAAGCACCAAGAGTCCGGCTGCTCAGG

    800     .    :
    783 ATGTCCCCGC
        ||||||||||
 104985 ATGTCCCCGC