seq1 = pF1KB7545.tfa, 552 bp
seq2 = pF1KB7545/gi568815575r_120009195.tfa (gi568815575r:120009195_120215862), 206668 bp

>pF1KB7545 552
>gi568815575r:120009195_120215862 (ChrX)

(complement)

1-398  (100001-100398)   100% ->
399-444  (102949-102994)   100% ->
445-552  (106561-106668)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCGTTCGCTCGTCCACGACACCGTGTTCTACTGCCTGAGTGTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGCGTTCGCTCGTCCACGACACCGTGTTCTACTGCCTGAGTGTATA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAGGTAAAAATAAGCCCCACACCTCAGCTGGGGGCAGCATCAAGCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAGGTAAAAATAAGCCCCACACCTCAGCTGGGGGCAGCATCAAGCGCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGGCCATGTTGGCCAAGGAGCTCCAGGCCTCATGGGTAATATGAACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAGGCCATGTTGGCCAAGGAGCTCCAGGCCTCATGGGTAATATGAACCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGGGCGGTGTGAACCACGAGAACGGCATGAACCGCGATGGCGGCATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGGGCGGTGTGAACCACGAGAACGGCATGAACCGCGATGGCGGCATGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCCCGAGGGCGGCGGTGGAAACCAGGAGCCTCGGCAGCAGCCGCAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCCCGAGGGCGGCGGTGGAAACCAGGAGCCTCGGCAGCAGCCGCAGCCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGCCGGAGGAGCCGGCCCAGGCGGCCATGGAGGGTCCGCAGCCCGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGCCGGAGGAGCCGGCCCAGGCGGCCATGGAGGGTCCGCAGCCCGAGAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATGCAGCCACGAACTCGGCGCACGAAGTTCACGCTGTTGCAGGTGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATGCAGCCACGAACTCGGCGCACGAAGTTCACGCTGTTGCAGGTGGAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCTGGAAAGTGTTTTCCGACACACTCAATACCCTGATGTGCCCACAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100351 GCTGGAAAGTGTTTTCCGACACACTCAATACCCTGATGTGCCCACAAGGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    399        AAGGGAACTTGCCGAAAACTTAGGTGTGACTGAAGACAAAGTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 A...CAGAAGGGAACTTGCCGAAAACTTAGGTGTGACTGAAGACAAAGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CGG         GTTTGGTTTAAGAATAAAAGGGCCAGATGTAGGCGACA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102992 CGGGTC...TAGGTTTGGTTTAAGAATAAAAGGGCCAGATGTAGGCGACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TCAGAGAGAATTAATGCTCGCCAATGAACTACGTGCTGACCCAGACGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106599 TCAGAGAGAATTAATGCTCGCCAATGAACTACGTGCTGACCCAGACGACT

    550     .    :    .    :
    533 GTGTCTACATCGTCGTGGAC
        ||||||||||||||||||||
 106649 GTGTCTACATCGTCGTGGAC