seq1 = pF1KB7532.tfa, 768 bp
seq2 = pF1KB7532/gi568815587r_111254264.tfa (gi568815587r:111254264_111458918), 204655 bp

>pF1KB7532 768
>gi568815587r:111254264_111458918 (Chr11)

(complement)

1-16  (79742-79757)   100% ->
17-147  (100001-100131)   100% ->
148-190  (101082-101124)   100% ->
191-456  (101209-101474)   100% ->
457-768  (104344-104655)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTCTGGCAAAAAC         CCACAGCTCCGGAGCAAGCCCCAGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
  79742 ATGCTCTGGCAAAAACGTA...CAGCCACAGCTCCGGAGCAAGCCCCAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CCCGGCCCGGCCATACCAGGGCGTCCGTGTGAAGGAGCCAGTGAAGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100026 CCCGGCCCGGCCATACCAGGGCGTCCGTGTGAAGGAGCCAGTGAAGGAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGCTGAGGAGGAAGCGAGGCCACGCCAGCAGTGGGGCAGCACCTGCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100076 TGCTGAGGAGGAAGCGAGGCCACGCCAGCAGTGGGGCAGCACCTGCACCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACGGCG         GTGGTGCTGCCCCATCAGCCCCTGGCGACCTACAC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100126 ACGGCGGTG...TAGGTGGTGCTGCCCCATCAGCCCCTGGCGACCTACAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CACAGTGG         GTCCTTCCTGCCTGGACATGGAAGGTTCTGTGT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 101117 CACAGTGGGTA...CAGGTCCTTCCTGCCTGGACATGGAAGGTTCTGTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CTGCAGTGACAGAGGAGGCTGCCCTGTGTGCCGGCTGGCTCTCCCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101242 CTGCAGTGACAGAGGAGGCTGCCCTGTGTGCCGGCTGGCTCTCCCAGCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ACCCCGGCCACCCTGCAGCCCCTGGCCCCATGGACACCTTACACCGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101292 ACCCCGGCCACCCTGCAGCCCCTGGCCCCATGGACACCTTACACCGAGTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGTGCCCCATGAAGCTGTCAGCTGCCCCTACTCAGCTGACATGTATGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101342 TGTGCCCCATGAAGCTGTCAGCTGCCCCTACTCAGCTGACATGTATGTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGCCCGTGTGCCCCAGCTACACGGTGGTGGGGCCCTCCTCAGTGTTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101392 AGCCCGTGTGCCCCAGCTACACGGTGGTGGGGCCCTCCTCAGTGTTGACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TATGCCTCTCCGCCACTCATCACCAATGTCACG         ACAAGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 101442 TATGCCTCTCCGCCACTCATCACCAATGTCACGGTA...CAGACAAGAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTCCGCCACGCCCGCAGTGGGGCCCCCGCTGGAGGGCCCAGAGCACCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104352 CTCCGCCACGCCCGCAGTGGGGCCCCCGCTGGAGGGCCCAGAGCACCAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CACCCCTCACCTATTTCCCGTGGCCTCAGCCCCTTTCCACACTACCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104402 CACCCCTCACCTATTTCCCGTGGCCTCAGCCCCTTTCCACACTACCCACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCCACCCTGCAGTACCAGCCTCCGGCCCCAGCCCTACCTGGGCCCCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104452 TCCACCCTGCAGTACCAGCCTCCGGCCCCAGCCCTACCTGGGCCCCAGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGTCCAGCTCCCCATCTCTATCCCAGAGCCAGTCCTTCAGGACATGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104502 TGTCCAGCTCCCCATCTCTATCCCAGAGCCAGTCCTTCAGGACATGGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACCCCAGAAGAGCCGCCAGCTCGTTGACCATCGACAAGCTGCTTTTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104552 ACCCCAGAAGAGCCGCCAGCTCGTTGACCATCGACAAGCTGCTTTTGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GAAGAGGATAGCGACGCCTATGCGCTTAACCACACTCTCTCTGTGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104602 GAAGAGGATAGCGACGCCTATGCGCTTAACCACACTCTCTCTGTGGAAGG

    800 
    765 CTTT
        ||||
 104652 CTTT