seq1 = pF1KB7529.tfa, 489 bp
seq2 = pF1KB7529/gi568815584f_75337921.tfa (gi568815584f:75337921_75569472), 231552 bp

>pF1KB7529 489
>gi568815584f:75337921_75569472 (Chr14)

1-201  (100001-100201)   99% ->
202-306  (123506-123610)   100% ->
307-489  (131370-131552)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGCCTGGGCAGATCCCGGACCCTTCGGTGACCGCAGGCTCCCTGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 100001 ATGATGCCTGGGCAGATCCCGGACCCTTCGGTGACCACAGGCTCCCTGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGGCTTGGCCCCCTGACCGGGCTCCCCAGCTCGGCCCTGACTGTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGGCTTGGCCCCCTGACCGGGCTCCCCAGCTCGGCCCTGACTGTGGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCTGAAATACGCTGACATCCGCAACCTCGGGGCCATGATTGCACCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCTGAAATACGCTGACATCCGCAACCTCGGGGCCATGATTGCACCCTTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CACTTCCTGGAGGTGAAACTGGGCAAGAGGCCCCAGCCCGTGAAAAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CACTTCCTGGAGGTGAAACTGGGCAAGAGGCCCCAGCCCGTGAAAAGTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 G         CTAGATGAGGAAGAGGAGCGAAGGAAAAGGCGCCGGGAGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGTG...CAGCTAGATGAGGAAGAGGAGCGAAGGAAAAGGCGCCGGGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGAACAAAGTCGCAGCAGCCCGATGCCGGAACAAGAAGAAGGAGCGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123546 AGAACAAAGTCGCAGCAGCCCGATGCCGGAACAAGAAGAAGGAGCGCACG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGTTTCTGCAGCGG         GAATCCGAGCGGCTGGAACTCATGAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 123596 GAGTTTCTGCAGCGGGTG...CAGGAATCCGAGCGGCTGGAACTCATGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CGCAGAGCTGAAGACCCAGATTGAGGAGCTGAAGCAGGAGCGGCAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131396 CGCAGAGCTGAAGACCCAGATTGAGGAGCTGAAGCAGGAGCGGCAGCAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCATCCTGATGCTGAACCGACACCGCCCCACCTGCATCGTCCGGACCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131446 TCATCCTGATGCTGAACCGACACCGCCCCACCTGCATCGTCCGGACCGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AGTGTCAAGACCCCCGAGTCAGAAGGCAACCCACTGCTCGAGCAGCTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131496 AGTGTCAAGACCCCCGAGTCAGAAGGCAACCCACTGCTCGAGCAGCTCGA

    500     .
    483 GAAGAAG
        |||||||
 131546 GAAGAAG