seq1 = pF1KB7520.tfa, 744 bp
seq2 = pF1KB7520/gi568815586f_101377557.tfa (gi568815586f:101377557_101586768), 209212 bp

>pF1KB7520 744
>gi568815586f:101377557_101586768 (Chr12)

1-97  (100000-100095)   98% ->
98-210  (102026-102138)   100% ->
211-319  (105236-105344)   100% ->
320-744  (108788-109212)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACGTGTGTTGAACAAGACAAGCTGGGTCAAGCATTTGAAGATGCTTT
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GACGTGTGTTGAACAAGACAAGCTGGGTCAAGCATTTGAAGATGCTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAGGTTCTGAGGCAACATTCAACTGGAGATCTTCAGTACTCGCCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100049 TGAGGTTCTGAGGCAACATTCAACTGGAGATCTTCAGTACTCGCCAGGTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     98       ATTACAGAAATTACCTGGCTTTAATCAACCATCGTCCTCATGTC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100099 ...TAGATTACAGAAATTACCTGGCTTTAATCAACCATCGTCCTCATGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAAGGAAATTCCAGCTGCTATGGAGTGTTGCCTACAGAGGAGCCTGTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102070 AAAGGAAATTCCAGCTGCTATGGAGTGTTGCCTACAGAGGAGCCTGTCTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TAATTGGAGAACGGTAATT         AACAGTGCTGCGGACTTCTATT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 102120 TAATTGGAGAACGGTAATTGTA...TAGAACAGTGCTGCGGACTTCTATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTGAAGGAAATATTCATCAATCTCTGCAGAACATAACTGAAAACCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105258 TTGAAGGAAATATTCATCAATCTCTGCAGAACATAACTGAAAACCAGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTACAACCCACTCTTCTCCAGCAAAAGGGGGGAAAAG         GCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 105308 GTACAACCCACTCTTCTCCAGCAAAAGGGGGGAAAAGGTA...TAGGCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAAGAAGCTCCGACTGTTTGAATACCTTCACGAATCCCTGTATAATCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108792 GAAGAAGCTCCGACTGTTTGAATACCTTCACGAATCCCTGTATAATCCGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGATGGCATCTTGTATTCAGTGGGTAGATAAAACCAAAGGCATCTTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108842 AGATGGCATCTTGTATTCAGTGGGTAGATAAAACCAAAGGCATCTTTCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTTGTATCAAAAAACAAAGAAAAACTTGCCGAGCTTTGGGGGAAAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108892 TTTGTATCAAAAAACAAAGAAAAACTTGCCGAGCTTTGGGGGAAAAGAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGGCAACAGGAAGACCATGACTTACCAGAAAATGGCCAGGGCACTCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108942 AGGCAACAGGAAGACCATGACTTACCAGAAAATGGCCAGGGCACTCAGAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATTACGGAAGAAGTGGGGAAATTACCAAAATCCGGAGGAAGCTGACTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108992 ATTACGGAAGAAGTGGGGAAATTACCAAAATCCGGAGGAAGCTGACTTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CAGTTCAGTGAGGCCATTCTCCAAAGACTCTCTCCATCCTATTTCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109042 CAGTTCAGTGAGGCCATTCTCCAAAGACTCTCTCCATCCTATTTCCTGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GAAAGAGATCTTCTATTCACAGTGTGTTCAACCTGATCAAGAATATCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109092 GAAAGAGATCTTCTATTCACAGTGTGTTCAACCTGATCAAGAATATCTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GTTTAAATAACTGGAATGCAAATTATAATTATACATATGCCAATTACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109142 GTTTAAATAACTGGAATGCAAATTATAATTATACATATGCCAATTACCAT

    750     .    :    .    :
    724 GAGCTAAATCACCATGATTGC
        |||||||||||||||||||||
 109192 GAGCTAAATCACCATGATTGC