seq1 = pF1KB7508.tfa, 726 bp
seq2 = pF1KB7508/gi568815586f_80607720.tfa (gi568815586f:80607720_80808957), 201238 bp

>pF1KB7508 726
>gi568815586f:80607720_80808957 (Chr12)

1-519  (100001-100519)   100% ->
520-610  (100805-100895)   100% ->
611-726  (101123-101238)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGATGGACCTTTTTGAAACTGGCTCCTATTTCTTCTACTTGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATGATGGACCTTTTTGAAACTGGCTCCTATTTCTTCTACTTGGATGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAAAATGTTACTCTGCAGCCATTAGAAGTGGCAGAAGGCTCTCCTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAAAATGTTACTCTGCAGCCATTAGAAGTGGCAGAAGGCTCTCCTTTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATCCAGGGAGTGATGGTACCTTGTCCCCCTGCCAGGACCAAATGCCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATCCAGGGAGTGATGGTACCTTGTCCCCCTGCCAGGACCAAATGCCCCCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAAGCGGGGAGCGACAGCAGCGGAGAGGAACATGTCCTGGCGCCCCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAAGCGGGGAGCGACAGCAGCGGAGAGGAACATGTCCTGGCGCCCCCGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTGCAGCCTCCACACTGCCCCGGCCAGTGTCTGATCTGGGCTTGCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTGCAGCCTCCACACTGCCCCGGCCAGTGTCTGATCTGGGCTTGCAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCTGCAAGAGAAAATCTGCCCCCACTGACCGGCGAAAAGCCGCCACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCTGCAAGAGAAAATCTGCCCCCACTGACCGGCGAAAAGCCGCCACCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CGCGAAAGGAGGAGGCTAAAGAAAATCAACGAGGCCTTCGAGGCACTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CGCGAAAGGAGGAGGCTAAAGAAAATCAACGAGGCCTTCGAGGCACTGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCGGCGAACTGTGGCCAACCCCAACCAGAGGCTGCCCAAGGTGGAGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCGGCGAACTGTGGCCAACCCCAACCAGAGGCTGCCCAAGGTGGAGATTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGCGGAGCGCCATCAGCTATATTGAGCGGCTGCAGGACCTGCTGCACCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGCGGAGCGCCATCAGCTATATTGAGCGGCTGCAGGACCTGCTGCACCGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTGGATCAGCAGGAGAAGATGCAGGAGCTGGGGGTGGACCCCTTCAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CTGGATCAGCAGGAGAAGATGCAGGAGCTGGGGGTGGACCCCTTCAGCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CAGACCCAAACAAGAAAAT         CTTGAGGGTGCGGATTTCCTGC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100501 CAGACCCAAACAAGAAAATGTA...CAGCTTGAGGGTGCGGATTTCCTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GCACCTGCAGCTCCCAGTGGCCAAGTGTTTCCGATCATTCCAGGGGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100827 GCACCTGCAGCTCCCAGTGGCCAAGTGTTTCCGATCATTCCAGGGGGCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GTGATAACGGCTAAGGAAG         GAGGAGCAAGTATTGATTCGTC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100877 GTGATAACGGCTAAGGAAGGTA...CAGGAGGAGCAAGTATTGATTCGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 AGCCTCGAGTAGCCTTCGATGCCTTTCTTCCATCGTGGACAGTATTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101145 AGCCTCGAGTAGCCTTCGATGCCTTTCTTCCATCGTGGACAGTATTTCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CGGAGGAACGCAAACTCCCCTGCGTGGAGGAAGTGGTGGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101195 CGGAGGAACGCAAACTCCCCTGCGTGGAGGAAGTGGTGGAGAAG