seq1 = pF1KB7504.tfa, 714 bp
seq2 = pF1KB7504/gi568815596r_218881670.tfa (gi568815596r:218881670_219085075), 203406 bp

>pF1KB7504 714
>gi568815596r:218881670_219085075 (Chr2)

(complement)

1-52  (100001-100052)   100% ->
53-127  (100771-100845)   100% ->
128-714  (102820-103406)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGACAGAGCGGCGCCTCCCAGCCCCTGCTGATCAACATGTACCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGACAGAGCGGCGCCTCCCAGCCCCTGCTGATCAACATGTACCTGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AG         ATCCCGTCGGAGACGGTCTCTTCAAGGACGGGAAGAACC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGTA...CAGATCCCGTCGGAGACGGTCTCTTCAAGGACGGGAAGAACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGAGCTGGGGGCCGCTGAGCCCCGCGGTTCAGAAAG         GCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100810 CGAGCTGGGGGCCGCTGAGCCCCGCGGTTCAGAAAGGTG...CAGGCAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GGACAGATCCAGCTGTGGCAGTTTCTGCTGGAGCTGCTGGCTGACCGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102825 GGACAGATCCAGCTGTGGCAGTTTCTGCTGGAGCTGCTGGCTGACCGCGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GAACGCCGGCTGCATCGCGTGGGAGGGCGGTCACGGCGAGTTCAAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102875 GAACGCCGGCTGCATCGCGTGGGAGGGCGGTCACGGCGAGTTCAAGCTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CGGACCCGGACGAGGTGGCGCGGCGGTGGGGCGAGCGCAAGAGCAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102925 CGGACCCGGACGAGGTGGCGCGGCGGTGGGGCGAGCGCAAGAGCAAGCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AACATGAACTACGACAAGCTGAGCCGCGCCCTGCGCTACTACTACGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102975 AACATGAACTACGACAAGCTGAGCCGCGCCCTGCGCTACTACTACGACAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAACATCATGAGCAAGGTGCATGGCAAGCGCTACGCCTACCGCTTCGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103025 GAACATCATGAGCAAGGTGCATGGCAAGCGCTACGCCTACCGCTTCGACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCCAGGGCCTGGCGCAGGCCTGCCAGCCGCCGCCCGCGCACGCTCATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103075 TCCAGGGCCTGGCGCAGGCCTGCCAGCCGCCGCCCGCGCACGCTCATGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCCGCCGCAGCTGCTGCCGCCGCCGCGGCCGCCCAGGACGGCGCGCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103125 GCCGCCGCAGCTGCTGCCGCCGCCGCGGCCGCCCAGGACGGCGCGCTCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CAAGCTGCCCGCCGGCCTCGCCCCGCTGCCCTTCCCCGGCCTCTCCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103175 CAAGCTGCCCGCCGGCCTCGCCCCGCTGCCCTTCCCCGGCCTCTCCAAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCAACCTCATGGCCGCCTCGGCCGGGGTCGCGCCCGCCGGCTTCTCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103225 TCAACCTCATGGCCGCCTCGGCCGGGGTCGCGCCCGCCGGCTTCTCCTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TGGCCGGGCCCGGGCCCCGCCGCCACCGCTGCCGCCGCCACCGCCGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103275 TGGCCGGGCCCGGGCCCCGCCGCCACCGCTGCCGCCGCCACCGCCGCGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CTACCCCAGTCCCAGCTTGCAGCCCCCGCCCGGGCCCTTCGGGGCCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103325 CTACCCCAGTCCCAGCTTGCAGCCCCCGCCCGGGCCCTTCGGGGCCGTGG

    700     .    :    .    :    .    :
    683 CCGCAGCCTCGCACTTGGGGGGCCATTACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 103375 CCGCAGCCTCGCACTTGGGGGGCCATTACCAC