seq1 = pF1KB7502.tfa, 708 bp
seq2 = pF1KB7502/gi568815595r_120589826.tfa (gi568815595r:120589826_120842507), 252682 bp

>pF1KB7502 708
>gi568815595r:120589826_120842507 (Chr3)

(complement)

1-46  (100001-100046)   100% ->
47-138  (111721-111812)   100% ->
139-268  (132599-132728)   100% ->
269-383  (136394-136508)   100% ->
384-534  (143935-144085)   100% ->
535-606  (148284-148355)   100% ->
607-645  (152021-152059)   100% ->
646-708  (152620-152682)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGTCCCTGGATCGGGTGAAGGTACTGGTGTTGGGAGACTCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100001 ATGGCGTCCCTGGATCGGGTGAAGGTACTGGTGTTGGGAGACTCAGGTG.

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     47      GTGTTGGGAAATCTTCGTTAGTCCATCTCCTATGCCAAAATCAAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ..CAGGTGTTGGGAAATCTTCGTTAGTCCATCTCCTATGCCAAAATCAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGCTGGGAAATCCATCATGGACTGTGGGCTGCTCAGTGGATGTCAGA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 111766 TGCTGGGAAATCCATCATGGACTGTGGGCTGCTCAGTGGATGTCAGAGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    139       GTTCATGATTACAAAGAAGGAACCCCAGAAGAGAAGACCTACTA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111816 ...TAGGTTCATGATTACAAAGAAGGAACCCCAGAAGAGAAGACCTACTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CATAGAATTATGGGATGTTGGAGGCTCTGTGGGCAGTGCCAGCAGCGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132643 CATAGAATTATGGGATGTTGGAGGCTCTGTGGGCAGTGCCAGCAGCGTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAAGCACAAGAGCAGTATTCTACAACTCCGTAAATG         GTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 132693 AAAGCACAAGAGCAGTATTCTACAACTCCGTAAATGGTA...TAGGTATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ATTTTCGTACACGACTTAACAAATAAGAAGTCCTCCCAAAACTTGCGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136399 ATTTTCGTACACGACTTAACAAATAAGAAGTCCTCCCAAAACTTGCGTCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TTGGTCATTGGAAGCTCTCAACAGGGATTTGGTGCCAACTGGAGTCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136449 TTGGTCATTGGAAGCTCTCAACAGGGATTTGGTGCCAACTGGAGTCTTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGACAAATGG         GGATTATGATCAAGAACAGTTTGCTGATAAC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 136499 TGACAAATGGGTG...CAGGGATTATGATCAAGAACAGTTTGCTGATAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CAAATACCACTGTTGGTAATAGGGACTAAACTGGACCAGATTCATGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143966 CAAATACCACTGTTGGTAATAGGGACTAAACTGGACCAGATTCATGAAAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AAAGCGCCATGAAGTTTTAACTAGGACTGCTTTCCTGGCTGAGGATTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144016 AAAGCGCCATGAAGTTTTAACTAGGACTGCTTTCCTGGCTGAGGATTTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATCCAGAAGAAATTAATTTG         GACTGCACAAATCCACGGTAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 144066 ATCCAGAAGAAATTAATTTGGTA...TAGGACTGCACAAATCCACGGTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TTAGCTGCAGGTTCTTCCAATGCTGTCAAGCTCAGTAGGTTTTTTGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148305 TTAGCTGCAGGTTCTTCCAATGCTGTCAAGCTCAGTAGGTTTTTTGATAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 G         GTCATAGAGAAGAGATACTTTTTAAGAGAAGGTAATCAG 
        |>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 148355 GGTA...CAGGTCATAGAGAAGAGATACTTTTTAAGAGAAGGTAATCAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    646         ATTCCAGGCTTTCCTGATCGGAAAAGATTTGGGGCAGGAACA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152061 TT...CAGATTCCAGGCTTTCCTGATCGGAAAAGATTTGGGGCAGGAACA

    750     .    :    .    :
    688 TTAAAGAGCCTTCATTATGAC
        |||||||||||||||||||||
 152662 TTAAAGAGCCTTCATTATGAC