seq1 = pF1KB7452.tfa, 813 bp
seq2 = pF1KB7452/gi568815579f_407507.tfa (gi568815579f:407507_619420), 211914 bp

>pF1KB7452 813
>gi568815579f:407507_619420 (Chr19)

1-338  (100001-100338)   100% ->
339-740  (111383-111784)   100% ->
741-813  (111842-111914)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCAGTGGAGAAGCGGCGGCAAGCGGTACCACCGCCGGCCGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCAGTGGAGAAGCGGCGGCAAGCGGTACCACCGCCGGCCGGTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACGGACAGCGGCCGCCAGTCGGTATCCCGGGCGGCGGGGGCGGCCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACGGACAGCGGCCGCCAGTCGGTATCCCGGGCGGCGGGGGCGGCCGAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGAGGAGGACTTCCTGCGGCAGGTCGGCGTGACGGAAATGCTACGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCGAGGAGGACTTCCTGCGGCAGGTCGGCGTGACGGAAATGCTACGTGCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCCTGCTGAAGGTGCTGGAGGCGCGGCCCGAGGAGCCGATCGCCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCCTGCTGAAGGTGCTGGAGGCGCGGCCCGAGGAGCCGATCGCCTTCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCTCACTACTTCGAGAACATGGGCCTGCGCTCGCCTGTAAACGGCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGCTCACTACTTCGAGAACATGGGCCTGCGCTCGCCTGTAAACGGCGGCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCGGGGAGCCCCCGGGCCAGCTCCTGCTGCAGCAGCAGCGCCTGGGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCGGGGAGCCCCCGGGCCAGCTCCTGCTGCAGCAGCAGCGCCTGGGCCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCGCTATGGCACCTTCGCCTGGCCCACCACTCCCAGAG         GGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100301 GCGCTATGGCACCTTCGCCTGGCCCACCACTCCCAGAGGTG...CAGGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CGCCTTCAACAACAACGTGAGCGTGGCCTACGAGTGCCTGAGCGCCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111386 CGCCTTCAACAACAACGTGAGCGTGGCCTACGAGTGCCTGAGCGCCGGCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GGCGCAGGAAGAGGCCGGGGCTGGACGGGCGCACCTACAGCGAGCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111436 GGCGCAGGAAGAGGCCGGGGCTGGACGGGCGCACCTACAGCGAGCTGCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AGGCGCATCTGCCGGGACGGCCAAGCCCCCGAGGAGGTGGTGGCGCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111486 AGGCGCATCTGCCGGGACGGCCAAGCCCCCGAGGAGGTGGTGGCGCCGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GCTGCGCAAGGTGCAGTGCCGTGACCACGAGGCGGTGCCGCTGAGCGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111536 GCTGCGCAAGGTGCAGTGCCGTGACCACGAGGCGGTGCCGCTGAGCGTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TCCGCGCGGGCACACTCACCTGCTTCGTGCTGCTGGAGTTCGTGGCGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111586 TCCGCGCGGGCACACTCACCTGCTTCGTGCTGCTGGAGTTCGTGGCGCGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GCCGGCGCGCTCTTCCAGCTGCTGGAGGACTCGGCCGCCGCCGTGGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111636 GCCGGCGCGCTCTTCCAGCTGCTGGAGGACTCGGCCGCCGCCGTGGCCGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CCGCCGCGTGGGCCAGGCCGTGCTGGACACCCTGGAGGGCGCGCTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111686 CCGCCGCGTGGGCCAGGCCGTGCTGGACACCCTGGAGGGCGCGCTGCAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CCAGCGACGCCGCCGCGCCCGCGCGCTTCCTGGAGGCCGGCTCGCGCTT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 111736 CCAGCGACGCCGCCGCGCCCGCGCGCTTCCTGGAGGCCGGCTCGCGCTTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    741         GGCGCCCATGACCCGCGAGGAGTTTCTGGAGAGGGCCGCCGC
        >>...>>> |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111786 GG...CAGCGCGCCCATGACCCGCGAGGAGTTTCTGGAGAGGGCCGCCGC

    800     .    :    .    :    .    :
    783 GCTCTTCATCGCGAAGGTCAAGCCGGTGGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 111884 GCTCTTCATCGCGAAGGTCAAGCCGGTGGGC