seq1 = pF1KB7444.tfa, 1488 bp
seq2 = pF1KB7444/gi568815574f_22305448.tfa (gi568815574f:22305448_22517600), 212153 bp

>pF1KB7444 1488
>gi568815574f:22305448_22517600 (ChrY)

1-109  (100001-100109)   100% ->
110-213  (100578-100681)   100% ->
214-391  (103705-103882)   100% ->
392-544  (105798-105950)   100% ->
545-659  (107961-108075)   100% ->
660-770  (109031-109141)   100% ->
771-881  (109582-109692)   100% ->
882-992  (110127-110237)   100% ->
993-1103  (111161-111271)   100% ->
1104-1192  (111358-111446)   100% ->
1193-1488  (111858-112153)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTAGAAGCAGATCATCCTGGCAAGCTTTTCATTGGTGGCCTCAATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTAGAAGCAGATCATCCTGGCAAGCTTTTCATTGGTGGCCTCAATAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAAACCAATGAGAAGATGCTTAAAGCAGTATTTGGGAAACATGGTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGAAACCAATGAGAAGATGCTTAAAGCAGTATTTGGGAAACATGGTCCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TATCAGAAG         TTCTTTTGATAAAGGATCGAACCAGCAAATCC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TATCAGAAGGTA...TAGTTCTTTTGATAAAGGATCGAACCAGCAAATCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGAGGCTTTGCATTTATTACTTTTGAGAACCCTGCAGATGCTAAGAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100610 AGAGGCTTTGCATTTATTACTTTTGAGAACCCTGCAGATGCTAAGAATGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGCGAAAGATATGAATGGAACG         TCTTTGCATGGAAAAGCAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100660 TGCGAAAGATATGAATGGAACGGTA...TAGTCTTTGCATGGAAAAGCAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TAAAAGTAGAACAAGCCAAGAAACCATCTTTTCAAAGTGGTGGTAGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103724 TAAAAGTAGAACAAGCCAAGAAACCATCTTTTCAAAGTGGTGGTAGGCGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGACCACCAGCTTCTTCGAGAAACAGAAGCCCTTCAGGAAGTCTGAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103774 AGACCACCAGCTTCTTCGAGAAACAGAAGCCCTTCAGGAAGTCTGAGATC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGCAAGAGGAAGCAGTGGAGGAACAAGAGGGTGGCTTCCCTCACATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103824 TGCAAGAGGAAGCAGTGGAGGAACAAGAGGGTGGCTTCCCTCACATGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGCACCTGG         ATGATGGTGGATACACTCCTGATCTCAAGATG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 103874 GGCACCTGGGTA...CAGATGATGGTGGATACACTCCTGATCTCAAGATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGTTATTCTAGGGGACTCATTCCAGTTAAAAGAGGTCCATCTTCAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105830 AGTTATTCTAGGGGACTCATTCCAGTTAAAAGAGGTCCATCTTCAAGAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGGAGGTCCTCCTCCGAAAAAATCTGCTCCTTCTGCTGTGGCAAGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105880 TGGAGGTCCTCCTCCGAAAAAATCTGCTCCTTCTGCTGTGGCAAGAAGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATAGTTGGATGGGAAGCCAAG         GTCCCATGTCACAAAGAAGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 105930 ATAGTTGGATGGGAAGCCAAGGTA...AAGGTCCCATGTCACAAAGAAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAGAATTATGGAGTTCCTCCACGCAGAGCGACAATATCTTCCTGGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107981 GAGAATTATGGAGTTCCTCCACGCAGAGCGACAATATCTTCCTGGAGAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGATCGCATGTCAACAAGACATGATGGTTATGCAACTAACGATGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 108031 TGATCGCATGTCAACAAGACATGATGGTTATGCAACTAACGATGGGTA..

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    660     AAATCATCCAAGTTGCCAAGAAACGAGGGATTATGCTCCACCATCT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108081 .CAGAAATCATCCAAGTTGCCAAGAAACGAGGGATTATGCTCCACCATCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AGAGGCTATGCATACCGTGATAATGGTCATTCTAATCGGGATGAACATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109077 AGAGGCTATGCATACCGTGATAATGGTCATTCTAATCGGGATGAACATTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CTCTAGAGGATATAG         AAATCATCGAAGTTCCCGAGAAACTA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 109127 CTCTAGAGGATATAGGTA...CAGAAATCATCGAAGTTCCCGAGAAACTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GGGATTATGCTCCACCATCTAGAGGCCATGCATACCGTGATTATGGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109608 GGGATTATGCTCCACCATCTAGAGGCCATGCATACCGTGATTATGGTCAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TCTCGTCGGGATGAAAGTTATTCTAGAGGATACAG         AAATCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 109658 TCTCGTCGGGATGAAAGTTATTCTAGAGGATACAGGTA...CAGAAATCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TCGAAGTTCCCGAGAAACTAGGGAGTATGCTCCACCATCTAGAGGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110133 TCGAAGTTCCCGAGAAACTAGGGAGTATGCTCCACCATCTAGAGGCCATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GATACCGTGATTATGGTCATTCTCGTCGACATGAAAGTTATTCTAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110183 GATACCGTGATTATGGTCATTCTCGTCGACATGAAAGTTATTCTAGAGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TATAG         AAATCATCCAAGTTCCCGAGAAACCAGGGATTATGC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110233 TATAGGTA...CAGAAATCATCCAAGTTCCCGAGAAACCAGGGATTATGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TCCACCACATAGAGACTATGCATACCGTGATTATGGTCATTCTAGTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111197 TCCACCACATAGAGACTATGCATACCGTGATTATGGTCATTCTAGTTGGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ATGAACATTCCTCTAGAGGATATAG         TTATCATGATGGCTAC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 111247 ATGAACATTCCTCTAGAGGATATAGGTA...TAGTTATCATGATGGCTAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GGTGAGGCCCTTGGTAGAGATCATTCTGAACATCTAAGTGGAAGTTCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111374 GGTGAGGCCCTTGGTAGAGATCATTCTGAACATCTAAGTGGAAGTTCTTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TAGAGATGCACTTCAGAGATACG         GGACCTCTCATGGTGCAC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 111424 TAGAGATGCACTTCAGAGATACGGTA...CAGGGACCTCTCATGGTGCAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CACCTGCAAGAGGGCCTCGGATGTCTTATGGTGGAAGCACCTGCCACGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111876 CACCTGCAAGAGGGCCTCGGATGTCTTATGGTGGAAGCACCTGCCACGCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TATAGTAATACACGAGATAGATATGGCAGAAGTTGGGAGAGTTACTCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111926 TATAGTAATACACGAGATAGATATGGCAGAAGTTGGGAGAGTTACTCGAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CTGTGGTGATTTTCATTATTGTGATCGTGAGCATGTTTGCAGAAAAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111976 CTGTGGTGATTTTCATTATTGTGATCGTGAGCATGTTTGCAGAAAAGACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 AAAGGAATCCGCCTTCTCTGGGTAGGGTGCTCCCTGATCCTCGTGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112026 AAAGGAATCCGCCTTCTCTGGGTAGGGTGCTCCCTGATCCTCGTGAAGCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 TATGGTAGCTCAAGTTATGTGGCATCTATAGTAGATGGTGGGGAGAGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112076 TATGGTAGCTCAAGTTATGTGGCATCTATAGTAGATGGTGGGGAGAGTCG

   1550     .    :    .    :    .
   1461 ATCTGAAAAAGGAGACTCGAGCAGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||
 112126 ATCTGAAAAAGGAGACTCGAGCAGATAT