seq1 = pF1KB7438.tfa, 939 bp
seq2 = pF1KB7438/gi568815583f_21944462.tfa (gi568815583f:21944462_22145397), 200936 bp

>pF1KB7438 939
>gi568815583f:21944462_22145397 (Chr15)

1-939  (99998-100936)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAAAAAGAACAAGATTCTAATGTGACAGAATTTGTTCTTCTGGGCCT
        |||||||||-||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||
  99998 ATGAAAAAA AACAAGATTCTAACGTGACAGAACTTGTTCTTCTGGGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATCATCTTCTTGGGAGCTGCAGCTATTTCTCTTCTTACTATTTTTGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 100047 ATCATCTTCTTGGGAGCTGCAGCTATTTCTCTTATTACTATTTTTGTTTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTTACATTGCTATTGTCCTGGGAAACCTCTTGATAGTGGTAACAGTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100097 TTTACATTGCTATTGTCCTGGGAAACCTCTTGATAGTGGTAACAGTGCAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCCATGCTCACCTGCTCCAATCTCCTATGTATTATTTTTTAGGTCATCT
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100147 GCCCATGCTCATCTGCTCCAATCTCCTATGTATTATTTTTTAGGTCATCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTCTTTCATTGACCTATGCCTGAGCTGTGTTACTGTGCCAAAGATGTTAG
        ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||
 100197 CTCTTTCATTGACCTATGCCTAAGCTGTGTTACTCTGCCAAAGATGTTAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGGATTTCCTACAGCAGGGCAAGAGCATCTCTTTTTCAGGATGCCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100247 GGGATTTCCTACAGCAGGGCAAGAGCATCTCTTTTTCAGGATGCCTGGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAGATCTACTTCCTCCACTTTCTAGGAGCCAGTGAGATGTTTTTGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100297 CAGATCTACTTCCTCCACTTTCTAGGAGCCAGTGAGATGTTTTTGCTGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGTCATGGCCTATGACAGGTATGTTGCCATCTGTAACCCTTTGCGCTACC
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100347 AGTTATGGCCTATGACAGGTATGTTGCCATCTGTAACCCTTTGCGCTACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TTA CAGTCATGAACCCCCAGCTATGCCTTTGGTTGGTTCTTGCCTGCTG
        |||- |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100397 TTATAAGTCATGAACCCCCAGCTATGCCTTTGGTTGGTTCTTGCCTGCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    450 GTGTGGGGGTTTTATCCACTCTATCATGCAGGTCATACTAGTCATCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100447 GTGTGGGGGTTTTATCCACTCTATCATGCAGGTCATACTAGTCATCCAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    500 TGCCTTTCTGTGGGCCCAATGAACTGGACAACTTCTACTGTGATGTCCCA
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100497 TGCCTTTCTGTGGCCCCAATGAACTGGACAACTTCTACTGTGATGTCCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    550 CAAGTCATCAAGCTGGCCTGCATGGACACCTATGTGGTAGAGGTGCTGGT
        || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 100547 CAGGTCATCAAGCTGGCCTGCATGGACACCTATGTGGTAGAGGTGCTGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    600 GATAGCCAACAGTGGTCTGCTGTCTCTTGTCTGCTTCTTGGTCTTACTAT
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 100597 GATAGCCAACAGTGGTCTGCTCTCTCTTGTCTGCTTCTTGGTCTTACTAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    650 TCTCTTATGCTATCATCCTGATCACCCTGAGAACACACTTCTGCCAGGGC
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 100647 TCTCTTATGCTGTCATCCTGATCACCCTGAGAACACACTTCGGCCAGGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    700 CAGAACAAGGTCTTCTCTACCTGTGCTTCTCACCTGACAGTGGTCAGCCT
        ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100697 CAGAACAAGTTCCTCTCTACCTGTGCTTCTCACCTGACAGTGGTCAGCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    750 GATCTTCGTGCCATGCGTATTCATCTATTTGAGGCCTTTCTGCAGCTTCT
        ||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100747 GATCTTCATGCCATGTATATTCATCTATTTGAGGCCTTTCTGCAGCTTCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    800 CTGTGGATAAGATATTCTCCTTGTTTTACACAGTGATTACACCTATGTTG
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||
 100797 CTGTGGATAAGATATTCTCCATGTTTTACACAGTGATGACACCTATGTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    850 AACCCCCTCATCTACACACTCAGAAATACTGATATGAAGACAGCTATGAA
        | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 100847 AGCCCCCTCATCTACACACTCAGAAATGCTGATATGAAGACAGCTATGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :
    900 GAAGCTGAGGATAAAACCATGTGGCATTCCATTGCCTTGT
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||
 100897 GAAGCTGAGGATAAAACCATGTGACATTCCATTTCCTTGT