seq1 = pF1KB7436.tfa, 441 bp
seq2 = pF1KB7436/gi568815574f_25875549.tfa (gi568815574f:25875549_26088066), 212518 bp

>pF1KB7436 441
>gi568815574f:25875549_26088066 (ChrY)

1-69  (100001-100069)   100% ->
70-185  (102656-102771)   100% ->
186-441  (112263-112518)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGAGCCACTGGGCTTGGCTTTCTACTTTCCTGGAGACAAGACAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGAGCCACTGGGCTTGGCTTTCTACTTTCCTGGAGACAAGACAATTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAATGGCACTGACTGCCAG         GGATGCAATATTTTATACTTCT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100051 GAATGGCACTGACTGCCAGGTA...CAGGGATGCAATATTTTATACTTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTGAGACTACGGGGAGCATGTGTTCTGAACTTTCCTTGAACAGAGGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102678 CTGAGACTACGGGGAGCATGTGTTCTGAACTTTCCTTGAACAGAGGTCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGGCCAGAAGGAAGAAGGATCTTAAAGACTCATTTCTCTGGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 102728 GAGGCCAGAAGGAAGAAGGATCTTAAAGACTCATTTCTCTGGAGGTG...

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    186    ATATGGGAAGGTTGGCTGTATCTCACTTCCACTTCGTGAGATGACCG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112260 TAGATATGGGAAGGTTGGCTGTATCTCACTTCCACTTCGTGAGATGACCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCTGGATTAACCCACCCCAAATTTCAGAGATTTTCCAAGGCTACCACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112310 CCTGGATTAACCCACCCCAAATTTCAGAGATTTTCCAAGGCTACCACCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGGGTGCACGGAGCTGATGCACTGAGCCTGCAAACCAACTCTCTGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112360 AGGGTGCACGGAGCTGATGCACTGAGCCTGCAAACCAACTCTCTGAGAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAGGTTATCTTCACAGTGCCTCGGACAGAGCTTCCTTCTCAGGACACTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112410 CAGGTTATCTTCACAGTGCCTCGGACAGAGCTTCCTTCTCAGGACACTCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGAGAGGCCGTGGTTTCAGGGCACTTGGGGACATCTGTGGCCACGTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112460 AGAGAGGCCGTGGTTTCAGGGCACTTGGGGACATCTGTGGCCACGTTCAT

    450     .
    433 GAAGAAGAC
        |||||||||
 112510 GAAGAAGAC