seq1 = pF1KB7432.tfa, 984 bp
seq2 = pF1KB7432/gi568815587f_55738752.tfa (gi568815587f:55738752_55939735), 200984 bp

>pF1KB7432 984
>gi568815587f:55738752_55939735 (Chr11)

1-984  (100001-100984)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTTCTGACAGAGAGAAATACGACATCTGAGGCCACATTCACTCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTTCTGACAGAGAGAAATACGACATCTGAGGCCACATTCACTCTCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGCTTCTCAGATTACCTGGAACTGCAAATTCCCCTCTTCTTTGTATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGCTTCTCAGATTACCTGGAACTGCAAATTCCCCTCTTCTTTGTATTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGCAGTCTACGGCTTCAGTGTGGTAGGGAATCTTGGGATGATAGTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGCAGTCTACGGCTTCAGTGTGGTAGGGAATCTTGGGATGATAGTGATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCAAAATTAACCCAAAATTGCATACCCCCATGTATTTTTTCCTCAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATCAAAATTAACCCAAAATTGCATACCCCCATGTATTTTTTCCTCAACCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTCTCCTTTGTGGATTTCTGCTATTCCTCCATCATTGCTCCCATGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTCTCCTTTGTGGATTTCTGCTATTCCTCCATCATTGCTCCCATGATGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGTGAACCTGGTTGTAGAAGATAGAACCATTTCATTCTCAGGATGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGGTGAACCTGGTTGTAGAAGATAGAACCATTTCATTCTCAGGATGTTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTGCAATTCTTTTTCTTTTGCACCTTTGTAGTGACTGAATTAATTCTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTGCAATTCTTTTTCTTTTGCACCTTTGTAGTGACTGAATTAATTCTATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGCGGTGATGGCCTATGACCACTTTGTGGCCATTTGCAATCCTCTGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGCGGTGATGGCCTATGACCACTTTGTGGCCATTTGCAATCCTCTGCTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACACAGTTGCCATCTCCCAGAAACTCTGTGCCATGCTGGTGGTTGTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACACAGTTGCCATCTCCCAGAAACTCTGTGCCATGCTGGTGGTTGTATTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TATGCATGGGGAGTCGCATGTTCCCTGACACTCGCGTGCTCTGCTTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TATGCATGGGGAGTCGCATGTTCCCTGACACTCGCGTGCTCTGCTTTAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GTTATCTTTTCATGGTTTCAACACAATCAATCATTTCTTCTGTGAGTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GTTATCTTTTCATGGTTTCAACACAATCAATCATTTCTTCTGTGAGTTAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCTCCCTGATATCACTCTCTTACCCTGACTCTTATCTCAGCCAGTTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCTCCCTGATATCACTCTCTTACCCTGACTCTTATCTCAGCCAGTTGCTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTTTTCACTGTTGCCACTTTTAATGAGATAAGCACACTACTCATCATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CTTTTCACTGTTGCCACTTTTAATGAGATAAGCACACTACTCATCATTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GACATCTTATGCATTCATCATTGTCACCACCTTGAAGATGCCTTCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GACATCTTATGCATTCATCATTGTCACCACCTTGAAGATGCCTTCAGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GTGGGCACCGCAAAGTCTTCTCCACCTGTGCCTCCCACCTGACTGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GTGGGCACCGCAAAGTCTTCTCCACCTGTGCCTCCCACCTGACTGCCATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ACCATCTTCCATGGCACCATCCTCTTCCTCTACTGTGTACCCAACTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 ACCATCTTCCATGGCACCATCCTCTTCCTCTACTGTGTACCCAACTCCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AAACTCCAGGCACACAGTCAAAGTGGCCTCTGTGTTTTACACCGTGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AAACTCCAGGCACACAGTCAAAGTGGCCTCTGTGTTTTACACCGTGGTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TCCCCTTGTTGAATCCCCTGATCTACAGTCTGAGAAATAAAGATGTTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TCCCCTTGTTGAATCCCCTGATCTACAGTCTGAGAAATAAAGATGTTAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GATGCAATCCGAAAAATAATCAATACAAAATATTTTCATATTAAACATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GATGCAATCCGAAAAATAATCAATACAAAATATTTTCATATTAAACATAG

    950     .    :    .    :    .    :
    951 GCATTGGTATCCATTTAATTTTGTTATTGAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GCATTGGTATCCATTTAATTTTGTTATTGAACAA