seq1 = pF1KB7431.tfa, 924 bp
seq2 = pF1KB7431/gi568815574f_9509460.tfa (gi568815574f:9509460_9649933), 140474 bp

>pF1KB7431 924
>gi568815574f:9509460_9649933 (ChrY)

1-486  (18467-18952)   99% ->
487-564  (19560-19637)   100% ->
565-676  (19766-19877)   99% ->
677-822  (19979-20124)   100% ->
823-904  (20231-20312)   100% ->
905-924  (21007-21026)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGCCCTGAGGGCTCGCTGACCTACCGGGTGCCAGAGAGGCTGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18467 ATGCGCCCTGAGGGCTCGCTGACCTACCGGGTGCCAGAGAGGCTGCGGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGTTCCTGTGGCGTGGGTCGGGCAGCACAGGCCTTGGTGTGTGCGAGTG
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18517 GGGTTTCTGTGGCGTGGGTCGGGCAGCACAGGCCTTGGTGTGTGCGAGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCAAGGAGGGCACCGCCTTCAGGATGGAGGCTGTGCAGGAGGGGGCGGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
  18567 CCAAGGAGGGCACCGCCTTCAGGATGGAGGCTGTACAGGAGGGGGCGGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGGTGGAGAGTGAGCAGGCGGCTTTGGGGGAGGAGGCGGTGCTGCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18617 GGGGTGGAGAGTGAGCAGGCGGCTTTGGGGGAGGAGGCGGTGCTGCTGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGATGACATAATGGCGGAGGTGGAGGTGGTGGCGGAGGAGGAGGGCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18667 GGATGACATAATGGCGGAGGTGGAGGTGGTGGCGGAGGAGGAGGGCCTCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGAGCGGCGGGAGGAGGCCCAGCGGGCACAGCAGGCTGTGCCTGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18717 TGGAGCGGCGGGAGGAGGCCCAGCGGGCACAGCAGGCTGTGCCTGGCCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGGCCCATGACCCCAGAGTCTGCACTGGAGGAGCTGCTGGCCGTTCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18767 GGGCCCATGACCCCAGAGTCTGCACTGGAGGAGCTGCTGGCCGTTCAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGAGCTGGAGCCGGTTAATGCCCAAGCCAGGAAGGCCTTTTCTCGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18817 GGAGCTGGAGCCGGTTAATGCCCAAGCCAGGAAGGCCTTTTCTCGGCAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GGGAAAAGATGGAGCGGAGGCGCAAGCCCCACCTAGACCGCAGAGGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18867 GGGAAAAGATGGAGCGGAGGCGCAAGCCCCACCTAGACCGCAGAGGCGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTCATCCAGAGCGTCCCTGGCTTCTGGGCCAATGTT         ATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
  18917 GTCATCCAGAGCGTCCCTGGCTTCTGGGCCAATGTTGTA...CAGATTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AAACCACCCCCAGATGTCAGCCCTGATCACTGACGAAGATGAAGACATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  19565 AAACCACCCCCAGATGTCAGCCCTGATCACTGACGAAGATGAAGACATGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGAGCTACATGGTCAGCCTGGAG         GTGGAAGAAGAGAAGCAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
  19615 TGAGCTACATGGTCAGCCTGGAGGTG...CAGGTGGAAGAAGAGAAGCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CGTGTTCATCTCTGCAAGATCATGTTGTTCTTTCGGAGTAACCCCTACTT
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  19784 CCTGTTCATCTCTGCAAGATCATGTTGTTCTTTCGGAGTAACCCCTACTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CCAGAATAAAGTGATTACCAAGGAATATCTGGTGAACATCACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
  19834 CCAGAATAAAGTGATTACCAAGGAATATCTGGTGAACATCACAGGTG...

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    677    AATACAGGGCTTCTCATTCCACTCCAATTGAGTGGTATCCGGATTAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  19976 TAGAATACAGGGCTTCTCATTCCACTCCAATTGAGTGGTATCCGGATTAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GAAGTGGAGGCCTATCGCCGCAGACACCACAACAGCAGCCTTAACTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  20026 GAAGTGGAGGCCTATCGCCGCAGACACCACAACAGCAGCCTTAACTTCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CAACTGGTTCTCTGACCACAACTTCGCAGGATCTAACAAGATTGCTGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
  20076 CAACTGGTTCTCTGACCACAACTTCGCAGGATCTAACAAGATTGCTGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    823         ATCCTATGTAAGGACCTGTGGCGCAATCCCCTGCAATACTAC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  20126 TG...CAGATCCTATGTAAGGACCTGTGGCGCAATCCCCTGCAATACTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 AAGAGGATGAAGCCACCTGAAGAGGGAACAGAGACGTCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
  20273 AAGAGGATGAAGCCACCTGAAGAGGGAACAGAGACGTCAGGTG...TAGG

    950     .    :    .
    906 GGACTCCCAGTTGTTGAGT
        |||||||||||||||||||
  21008 GGACTCCCAGTTGTTGAGT