seq1 = pF1KB7431.tfa, 924 bp
seq2 = pF1KB7431/gi568815574f_9489178.tfa (gi568815574f:9489178_9527925), 38748 bp

>pF1KB7431 924
>gi568815574f:9489178_9527925 (ChrY)

1-202  (18419-18620)   99% ->
203-486  (18638-18921)   96% ->
487-564  (19529-19606)   100% ->
565-676  (19735-19846)   99% ->
677-822  (19948-20093)   100% ->
823-904  (20200-20281)   100% ->
905-924  (20976-20995)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGCCCTGAGGGCTCGCTGACCTACCGGGTGCCAGAGAGGCTGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18419 ATGCGCCCTGAGGGCTCGCTGACCTACCGGGTGCCAGAGAGGCTGCGGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGTTCCTGTGGCGTGGGTCGGGCAGCACAGGCCTTGGTGTGTGCGAGTG
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18469 GGGTTTCTGTGGCGTGGGTCGGGCAGCACAGGCCTTGGTGTGTGCGAGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCAAGGAGGGCACCGCCTTCAGGATGGAGGCTGTGCAGGAGGGGGCGGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
  18519 CCAAGGAGGGCACCGCCTTCAGGATGGAGGCTGTACAGGAGGGGGCGGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGGTGGAGAGTGAGCAGGCGGCTTTGGGGGAGGAGGCGGTGCTGCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18569 GGGGTGGAGAGTGAGCAGGCGGCTTTGGGGGAGGAGGCGGTGCTGCTGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GG         ATG ACATAATGGCGGAGGTGGAGGTGGTGGCGGAGGAG
        ||>>>...>>> ||-|  |  |||||||||||||||||||||||||||||
  18619 GGATG...GAGGTGGAGGTGGTGGCGGAGGTGGAGGTGGTGGCGGAGGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    241 GAGGGCCTCGTGGAGCGGCGGGAGGAGGCCCAGCGGGCACAGCAGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |-||||||||||||
  18677 GAGGGCCTCGTGGAGCGGCGGGAGGAGGCCCAGCGCG ACAGCAGGCTGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    291 GCCTGGCCCTGGGCCCATGACCCCAGAGTCTGCACTGGAGGAGCTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18726 GCCTGGCCCTGGGCCCATGACCCCAGAGTCTGCACTGGAGGAGCTGCTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    341 CCGTTCAGGTGGAGCTGGAGCCGGTTAATGCCCAAGCCAGGAAGGCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18776 CCGTTCAGGTGGAGCTGGAGCCGGTTAATGCCCAAGCCAGGAAGGCCTTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    391 TCTCGGCAGCGGGAAAAGATGGAGCGGAGGCGCAAGCCCCACCTAGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
  18826 TCTCGGCAGCGGGAAAAGATGGAGCGGAGGCGCAAGCCCCAGCTAGACCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    441 CAGAGGCGCCGTCATCCAGAGCGTCCCTGGCTTCTGGGCCAATGTT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
  18876 CAGAGGCGCCGTCATCCAGAGCGTCCCTGGCTTCTGGGCCAATGTTGTA.

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    487      ATTGCAAACCACCCCCAGATGTCAGCCCTGATCACTGACGAAGAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  18926 ..CAGATTGCAAACCACCCCCAGATGTCAGCCCTGATCACTGACGAAGAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    532 GAAGACATGCTGAGCTACATGGTCAGCCTGGAG         GTGGAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
  19574 GAAGACATGCTGAGCTACATGGTCAGCCTGGAGGTG...CAGGTGGAAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    573 AGAGAAGCATCGTGTTCATCTCTGCAAGATCATGTTGTTCTTTCGGAGTA
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  19743 AGAGAAGCATCCTGTTCATCTCTGCAAGATCATGTTGTTCTTTCGGAGTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    623 ACCCCTACTTCCAGAATAAAGTGATTACCAAGGAATATCTGGTGAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  19793 ACCCCTACTTCCAGAATAAAGTGATTACCAAGGAATATCTGGTGAACATC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    673 ACAG         AATACAGGGCTTCTCATTCCACTCCAATTGAGTGGTA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  19843 ACAGGTG...TAGAATACAGGGCTTCTCATTCCACTCCAATTGAGTGGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    714 TCCGGATTATGAAGTGGAGGCCTATCGCCGCAGACACCACAACAGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  19985 TCCGGATTATGAAGTGGAGGCCTATCGCCGCAGACACCACAACAGCAGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    764 TTAACTTCTTCAACTGGTTCTCTGACCACAACTTCGCAGGATCTAACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  20035 TTAACTTCTTCAACTGGTTCTCTGACCACAACTTCGCAGGATCTAACAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    814 ATTGCTGAG         ATCCTATGTAAGGACCTGTGGCGCAATCCCCT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
  20085 ATTGCTGAGGTG...CAGATCCTATGTAAGGACCTGTGGCGCAATCCCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    855 GCAATACTACAAGAGGATGAAGCCACCTGAAGAGGGAACAGAGACGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  20232 GCAATACTACAAGAGGATGAAGCCACCTGAAGAGGGAACAGAGACGTCAG

    950     .    :    .    :    .
    905          GGGACTCCCAGTTGTTGAGT
        >>>...>>>||||||||||||||||||||
  20282 GTG...TAGGGGACTCCCAGTTGTTGAGT